Prevotella屬是人腸道微生物三大腸型代表菌之一,同時(shí)也是人腸道微生物的核心菌屬之一。多項(xiàng)研究表明Prevotella屬或P.copri與胰島素抵抗、類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎和高血壓等疾病呈正相關(guān),而與運(yùn)動(dòng)障礙癥帕金森病和自閉癥等呈負(fù)相關(guān)。然而對(duì)于如此重要的腸道微生物,對(duì)其分類學(xué)和基礎(chǔ)生物學(xué)研究存在許多不足乃至空白。一方面,對(duì)該屬甚至該科的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系和分類學(xué)缺乏系統(tǒng)認(rèn)識(shí),另一方面對(duì)其基因組成特征、代謝特性和人群分布差異等問(wèn)題也亟待回答。綜合以上因素,本研究以Prevotella菌為研究對(duì)象,通過(guò)生物信息學(xué)手段結(jié)合厭氧純培養(yǎng)實(shí)驗(yàn),利用公開(kāi)發(fā)表的數(shù)據(jù)和本實(shí)驗(yàn)室的調(diào)查實(shí)驗(yàn),在全球范圍內(nèi)對(duì)人腸道Prevotella菌的系統(tǒng)發(fā)生和宿主分布特征進(jìn)行研究,對(duì)P.copr 物種做比較基因組學(xué)分析,并且針對(duì)Prevotella屬不同分類學(xué)精度進(jìn)行引物設(shè)計(jì),結(jié)果表明:1)綜合利用16SrRNA基因和來(lái)自人腸道IGC數(shù)據(jù)庫(kù)的gyrB基因進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析,結(jié)果首次展示了在哺乳動(dòng)物腸道內(nèi)特異性共生且在Prevotella屬內(nèi)相對(duì)獨(dú)立的P.copri系統(tǒng)群的存在。2)基于對(duì)IGC數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)的深入挖掘和本研究在福州和廈... 

【文章來(lái)源】：廈門(mén)大學(xué)福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：110 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖３－２?７６份樣品的（ｉ多樣性

庫(kù)（ｎ＝５５８）、其他研究的分離菌株（ｎ＝２）和本研宄分離菌株（ｎ＝５）。經(jīng)過(guò)質(zhì)控??等步驟后，共有５２７條序列進(jìn)入后續(xù)系統(tǒng)發(fā)生分析。我們分別使用ＭＥＧＡ?６．０６??中的鄰接法和最大似然法構(gòu)建了?Ｐｒｅｖｏｆｃ／／ｆｌ屬的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（圖３－５），結(jié)果都顯??Ｉ??７Ｋ戶組成ｆ?Ｐｒｅｖｏｔｅ／／ａ屬內(nèi)的相對(duì)獨(dú)ａｌ演化的一個(gè)系統(tǒng)發(fā)生群（ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ??ｃｌａｄｅ）。該系統(tǒng)群共由來(lái)自本實(shí)驗(yàn)室的分離菌株和其他研宄的４０條序列組成，群??外與群內(nèi)Ｚ３?ｃｏｐｒ／最接近的１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因序列相似度小于９３％，基本上己達(dá)到??屬間差異［１５６］。然而需要特別指出的是，雖然該系統(tǒng)群內(nèi)來(lái)自本實(shí)驗(yàn)室的兩株菌??（Ｙ７ＸＰ和Ｙ７ＦＧ）以及來(lái)自印度的ＮＭＰＺ０１菌株［１２６］與Ｐ?ｃｏｐｒ／?ＤＳＭ?１８２０５的??１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因相似度約為９８％，但如圖３－４所示，它們基因組間平均核苷酸一??致性已低于同種的９５％?（與ＤＳＭ?１８２０５的基因組數(shù)據(jù)ＡＮＩ值８４％左右，且它們??之間也并非同種），這表明該系統(tǒng)群并非由單一物種組成，其中存在被錯(cuò)誤劃分??為戶的潛在新種。??（―?Ｙ８ＣＳ?▲??Ｌ－ＯＳＭ１８２０５?＞＜?９６，４?＞??ｒ￣??ｒ?ＹＦ２?Ｘ＾＇Ｘ?８４８?乂８５１?入??Ｌ??Ｌ?ＹＧ５??８４７?８Ｓ．２?８４．８?＾??—?Ｙ７ＦＧ?Ｘ?＞＜?８４?９?Ｘ??—?＊＊］＞－：??—Ｙ７ＸＰ?＾＾?８７８?Ｖ??今

庫(kù)（ｎ＝５５８）、其他研究的分離菌株（ｎ＝２）和本研宄分離菌株（ｎ＝５）。經(jīng)過(guò)質(zhì)控??等步驟后，共有５２７條序列進(jìn)入后續(xù)系統(tǒng)發(fā)生分析。我們分別使用ＭＥＧＡ?６．０６??中的鄰接法和最大似然法構(gòu)建了?Ｐｒｅｖｏｆｃ／／ｆｌ屬的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（圖３－５），結(jié)果都顯??Ｉ??７Ｋ戶組成ｆ?Ｐｒｅｖｏｔｅ／／ａ屬內(nèi)的相對(duì)獨(dú)ａｌ演化的一個(gè)系統(tǒng)發(fā)生群（ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ??ｃｌａｄｅ）。該系統(tǒng)群共由來(lái)自本實(shí)驗(yàn)室的分離菌株和其他研宄的４０條序列組成，群??外與群內(nèi)Ｚ３?ｃｏｐｒ／最接近的１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因序列相似度小于９３％，基本上己達(dá)到??屬間差異［１５６］。然而需要特別指出的是，雖然該系統(tǒng)群內(nèi)來(lái)自本實(shí)驗(yàn)室的兩株菌??（Ｙ７ＸＰ和Ｙ７ＦＧ）以及來(lái)自印度的ＮＭＰＺ０１菌株［１２６］與Ｐ?ｃｏｐｒ／?ＤＳＭ?１８２０５的??１６Ｓ?ｒＲＮＡ基因相似度約為９８％，但如圖３－４所示，它們基因組間平均核苷酸一??致性已低于同種的９５％?（與ＤＳＭ?１８２０５的基因組數(shù)據(jù)ＡＮＩ值８４％左右，且它們??之間也并非同種），這表明該系統(tǒng)群并非由單一物種組成，其中存在被錯(cuò)誤劃分??為戶的潛在新種。??（―?Ｙ８ＣＳ?▲??Ｌ－ＯＳＭ１８２０５?＞＜?９６，４?＞??ｒ￣??ｒ?ＹＦ２?Ｘ＾＇Ｘ?８４８?乂８５１?入??Ｌ??Ｌ?ＹＧ５??８４７?８Ｓ．２?８４．８?＾??—?Ｙ７ＦＧ?Ｘ?＞＜?８４?９?Ｘ??—?＊＊］＞－：??—Ｙ７ＸＰ?＾＾?８７８?Ｖ??今

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號(hào)：3402379