發(fā)布時(shí)間：2021-07-14 18:13

　　新發(fā)傳染病的快速篩查是及時(shí)發(fā)現(xiàn)和有效控制傳染病疫情的關(guān)鍵步驟之，高通量測(cè)序是目前發(fā)現(xiàn)未知病原體的最有效的手段。市場(chǎng)上流程化的高通量測(cè)序是對(duì)疑似病原體的樣品總核酸進(jìn)行提取，對(duì)病原體及大量的背景核酸進(jìn)行測(cè)序，這些背景核酸包括樣品宿主的gDNA和rRNA等核酸，占用了大量的測(cè)序資源，嚴(yán)重影響病原體的數(shù)據(jù)量，在數(shù)據(jù)分析時(shí)還會(huì)嚴(yán)重干擾病原體的篩查。而且，傳統(tǒng)的病原體高通量測(cè)序?qū)τ诤怂岬牧亢唾|(zhì)量要求較高，很多來(lái)之不易的珍貴樣品，由于樣品量少濃度低質(zhì)量差，難以滿足常規(guī)測(cè)序要求，而被很多測(cè)序公司拒之門(mén)外。本研究旨在研究高通量測(cè)序樣品的預(yù)處理方法和擴(kuò)增方法，不但能對(duì)常規(guī)樣品進(jìn)行病原體篩查，尤其是對(duì)量少、質(zhì)量差的樣品依然能進(jìn)行病原體篩查，并且盡可能多的獲得病原體的相關(guān)信息，為后期的生物信息分析提供更好的數(shù)據(jù)。在本論文中分別對(duì)不同來(lái)源的樣品進(jìn)行病原體篩查，包括來(lái)自于呼吸道的咽拭子樣品、來(lái)自于人體的血液樣品和來(lái)自環(huán)境的蟲(chóng)媒標(biāo)本等。本論文的主要研究?jī)?nèi)容如下：首先進(jìn)行了Sanger測(cè)序和高通量測(cè)序的比較，在初步判斷為腺病毒感染后，開(kāi)展病毒全基因組序列分析：Sanger測(cè)序+454深度測(cè)序，比較和分析各方法的適用性... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)人民解放軍軍事科學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】：129 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
縮略詞表
摘要
ABSTRACT
前言
全文技術(shù)路線
第一部分 利用高通量測(cè)序從咽拭子樣品獲取病原體信息
    第一章 直接從咽拭子樣品中獲得腺病毒全長(zhǎng)基因組
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第二章 直接從咽拭子樣品中獲取禽流感全序
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第三章 直接從咽拭子樣品中篩查疑似病原體
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第一部分小結(jié)
第二部分 利用高通量測(cè)序直接從血樣中篩查可疑病原體
    第一章 用 MDA 技術(shù)直接從血樣中獲取病毒核酸序列
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第二章 用 SISPA 技術(shù)直接從血樣中獲取病毒核酸序列
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第三章 用錨定隨機(jī) PCR 技術(shù)直接從血樣中獲取病毒核酸序列
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3 討論
    第二部分小結(jié)
第三部分 利用高通量測(cè)序調(diào)查自然界蟲(chóng)媒攜帶的病毒
    1 材料與方法
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3 討論
    第三部分小結(jié)
全文總結(jié)
本課題的創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
    1、主要儀器
    2、腺病毒引物
    3、綜述
        參考文獻(xiàn)
個(gè)人簡(jiǎn)歷
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]H7亞型禽流感病毒概述[J]. 朱聞斐,高榮保,王大燕,楊磊,朱云,舒躍龍.  病毒學(xué)報(bào). 2013(03)
[2]志賀氏菌基于核酸序列恒溫?cái)U(kuò)增檢測(cè)方法研究[J]. 李宏,姜英輝,張健,趙麗青,雷質(zhì)文,梁成珠.  檢驗(yàn)檢疫學(xué)刊. 2012(06)
[3]利用siRNA高通量測(cè)序技術(shù)篩查蚊子體內(nèi)攜帶的RNA病毒[J]. 陳斌,龔正達(dá),張麗云,朱大強(qiáng),李存,江曉芳,安小平,米志強(qiáng),范華昊,何后軍,陳禹保,童貽剛,劉瑋.  生物信息學(xué). 2011(03)



本文編號(hào)：3284638