目的建立針對(duì)麥?zhǔn)匣【亩辔稽c(diǎn)序列分型（MLST）方法,評(píng)價(jià)該方法的分型效果,并對(duì)收集的麥?zhǔn)匣【M(jìn)行MLST分析。方法篩選出7個(gè)管家基因（ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA）,設(shè)計(jì)特異引物,在17株麥?zhǔn)匣【蠵CR擴(kuò)增管家基因序列。用DnaSP 6.12.03軟件和Split tree 4.0軟件評(píng)價(jià)基因多態(tài)性、中性進(jìn)化和基因重組情況;根據(jù)7個(gè)管家基因的序列差異獲得對(duì)應(yīng)的序列分型（ST）型別,用BioNumerics 7.1軟件對(duì)不同ST型別構(gòu)建最小生成樹和聚類圖,并用eBURST 3.0軟件計(jì)算克隆復(fù)合體（CCs）。結(jié)果所選的管家基因具有足夠多的等位基因位點(diǎn)、序列差異和足夠高的分辨率;7個(gè)管家基因的Split tree對(duì)所有麥?zhǔn)匣【木垲愐恢?中性試驗(yàn)結(jié)果顯示,7個(gè)管家基因在進(jìn)化過(guò)程中受遺傳漂變的影響較小。MLST將17株麥?zhǔn)匣【殖?4個(gè)ST型別,大多數(shù)菌株（64.70%）均單獨(dú)形成一個(gè)ST型別,其中ST007形成了可能的優(yōu)勢(shì)克隆群。這些菌株之間存在相對(duì)較遠(yuǎn)的遺傳距離,在垂直傳播上呈現(xiàn)出潛在的地域聚集性。結(jié)論本研究建立的麥?zhǔn)匣【腗LST方法能分析麥... 

【文章來(lái)源】：疾病監(jiān)測(cè). 2020,35(01)

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

17株麥?zhǔn)匣【钚∩蓸渥ⅲ好總�(gè)圓圈代表一種ST型別，圓圈的大小代表包含有的菌株數(shù)量多少，實(shí)線表示ST型別相差1個(gè)或2個(gè)等位基因，虛線則表示ST型別存在≥3個(gè)等位基因差異

??型數(shù)多態(tài)性位點(diǎn)分離數(shù)多態(tài)性位點(diǎn)突變率（%）核苷酸多態(tài)性（Pi值）Ka/KsaftsZ82368648.419405.980.01760.0655gapA1027876～87745.8011475.710.016613.2041mreB1094929～93048.091012314.210.0390gyrB997834～83546.02108410.310.0302purM73466348.451213221.330.0410recA53837845.959308.990.0222ropA92278746.226121.520.00430.0001注：a.非同義平均突變頻率（Ka）與同義平均突變頻率（Ks）的比值；.無(wú)數(shù)據(jù)注：采用Jukes-Cantor模型構(gòu)建管家基因系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)圖圖17個(gè)管家基因Splittree進(jìn)化樹Figure1Splittreeevolutionaryanalysisof7housekeepinggenes疾病監(jiān)測(cè)2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.177www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017

多態(tài)性，是等位基因上特定位點(diǎn)上的基因序列存在差異，這些差異往往由于自然狀態(tài)下的中性進(jìn)化和受表4建立MLST分型法的基因中性試驗(yàn)分析Table4AnalysisongeneneutralitytestsforMLSTestablishment管家基因Tajima"sDFuandLi"sDFuandLi"sFftsZ0.015931.40964a1.15805gapA0.067230.721230.57242mreB0.309160.820440.57137gyrB0.047320.960220.77508purM1.496511.171811.46820recA0.674060.105690.13626ropA0.145661.072710.84378注：a.差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）圖217株麥?zhǔn)匣【鶶T型別分析Figure2AnalysisofSTsin17V.metschnikoviistrains78疾病監(jiān)測(cè)2020年1月30日第35卷第1期DISEASESURVEILLANCE,January30,2020,Vol.35,No.1www.jbjc.orgDOI:10.3784/j.issn.1003–9961.2020.01.017


本文編號(hào)：3250448