發(fā)布時間：2021-03-20 07:55

　　目的預(yù)測剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關(guān)序列（Toxoplasma gondii surface antigen glycoprotein 1-related sequences）SRS47D的結(jié)構(gòu)、修飾位點和免疫原性。方法利用在線軟件ProtParam、ProtScale、SignalP分別預(yù)測SRS47D的理化參數(shù)、親/疏水性、信號肽;利用SOPMA、ESPriit 3.0、Bcepred預(yù)測SRS47D蛋白的二級結(jié)構(gòu)及表面可極性,利用COLIS、TMHMM預(yù)測其卷曲螺旋和跨膜結(jié)構(gòu)域;利用KinasePhos、NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc、和NetPhos分析其修飾位點;利用SWISS-MODEL、VAST預(yù)測其三級結(jié)構(gòu)及其與SAG1三級結(jié)構(gòu)的差異,利用ABCpred和Syfpeithi預(yù)測其B、T細(xì)胞表位。結(jié)果 SRS47D蛋白含有376個氨基酸殘基,分子式為C₁₇₄₅H₂₇₉₇N₄₆₉O₅₈₇S₁₇,相對分子質(zhì)量約為40×10³... 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(10)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

圖１ＳＲＳ４７Ｄ親、疏水性分析

位和３４６位氨基酸殘基；有３個Ａｕｒｏｒａ相關(guān)激酶（ａｕｒｏｒａ－ｒｅｌａｔｅｄｋｉｎａｓｅ，Ａｕｒｏ－ｒａ）的磷酸激酶位點；其余２０個均為共濟失調(diào)癥突變蛋白（ａｔａｘｉａｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｓｉａｍｕｔａｔｅｄ，ＡＴＭ）磷酸激酶位點。注：Ｘ軸為ＳＲＳ４７Ｄ蛋白序列前７０個氨基酸殘基；Ｙ軸為計分（ｓｃｏｒｅ）；Ｃ值表示剪切位點的計分，用紅色標(biāo)示；Ｓ值為信號肽計分，用綠色顯示；Ｙ值是基于Ｓ值和Ｃ值的綜合計分值，用藍(lán)色表示。圖２蛋白信號肽分析Ｎｏｔｅ：ＴｈｅＸ－ａｘｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｎｔｈｅｆｉｒｓｔ７０ｐｏｓｉｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅＳＲＳ４７Ｄｓｅｑｕｅｎｃｅ．ＴｈｅＹａｘｉｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｖａｌｕｅｓｃｏｒｅ．Ｃｖａｌｕｅｉｎｄｉｃａ－ｔｅｄｔｈｅｓｃｏｒｅｓｏｆｔｈｅｓｈｅａｒｉｎｇｓｉｔｅ，ｍａｒｋｅｄｉｎｒｅｄ．Ｓｖａｌｕｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅｓｃｏｒｅｓ，ｗｈｉｃｈｗｅｒｅｄｉｓｐｌａｙｅｄｉｎｇｒｅｅｎ．ＴｈｅＹｖａｌｕｅｗｅｒｅｃｏｍ－ｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｓｃｏｒｅｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅＳｖａｌｕｅａｎｄｔｈｅＣｖａｌｕｅ，ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｂｌｕｅ．Ｆｉｇ．２ＰｒｏｔｅｉｎｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅａｎａｌｙｓｉｓＯ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點分析，當(dāng)給定閾值大于９０％時，預(yù)測在１７３位和３４６位絲氨酸殘基位點存在Ｏ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點。當(dāng)給定閾值大于９０％時，預(yù)測顯示無Ｎ－ＧｌｃＮＡｃ、Ｃ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點。磷酸化修飾位點分析，當(dāng)給定閾

基。有９個抗原傾向位點（臨界值為１．８），分別位于５５－５８、６７－６８、１３６－１３７、１４８－１５３、１５５－１５６、２０８－２０９、２８６－２９２、３１１－３１８、３６７－３７２氨基酸殘基。注：嚴(yán)格保守的氨基酸殘基用紅色背景白色字母表示；部分保守的氨基酸殘基被框起來；形成二硫鍵的Ｃｙｓ殘基在比對序列中由綠色數(shù)字表示。Ｄ１和Ｄ２結(jié)構(gòu)域中的β－鏈用水平箭頭表示。ＳＡＧ１序列之上的二級結(jié)構(gòu)元件來自ＳＡＧ１晶體結(jié)構(gòu)（ＰＤＢ１ＫＺＱ）。圖４ＳＲＳ４７Ｄ和ＳＲＳ／ＳＡＧ超家族其它蛋白氨基酸序列比對Ｎｏｔｅ：Ｓｔｒｉｃｔｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｓｈｏｗｅｄｗｉｔｈｗｈｉｔｅｌｅｔｔｅｒｓｏｎａｒｅｄｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ．Ｐａｒｔｉａｌｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｂｏｘｅｄ．Ｔｈｅｄｉｓｕｌｐｈｉｄｅｂｏｎｄ－ｆｏｒｍｉｎｇＣｙｓｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｂｙｇｒｅｅｎｎｕｍｂｅｒｓｕｎｄｅｒｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ．Ｔｈｅβ－ｓｔｒａｎｄｓｉｎｔｈｅＤ１ａｎｄＤ２ｄｏｍａｉｎｓｗｅｒｅｉｎｄｉｃａｔｅｄｂｙｈｏｒｉ－ｚｏｎｔａｌａｒｒｏｗｓ．ＴｈｅｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｅｌｅｍｅｎｔｓｉｎｄｉｃａｔｉｎｇａｂｏｖｅｔｈｅＳＡＧ１ｓｅｑｕｅｎｃｅｗｅｒｅｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｔｈｅＳＡＧ１ｃｒｙｓｔａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（ＰＤＢ１ＫＺＱ）．Ｆｉｇ．４ＡｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｏｆＳＲＳ４７ＤａｎｄｏｔｈｅｒｐｒｏｔｅｉｎｓｏｆＳＲＳ４７Ｄ／ＳＡＧｓｕｐｅｒｆａｍｉｌ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]幽門螺桿菌CagA基因編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 阿孜爾古麗·阿布都克日木,阿布都哈巴爾·阿布都克日木,劉玉梅,許海峰,孜拜旦·吐爾遜,熱比亞·努力,孜來古麗·米吉提,德力夏提·依米提,于濤.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(03)
[2]結(jié)核分枝桿菌Rv2629基因編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 張靜靜,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2017(08)
[3]蛋白質(zhì)O-GlcNAc糖基化與腫瘤[J]. 張肖冰,師以康.  腫瘤. 2013(11)
[4]O-GlcNAc糖基化功能研究最新進(jìn)展[J]. 鄧瑞萍,郭書娟,陶生策.  生命科學(xué). 2013(05)
[5]生物信息學(xué)及其在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用[J]. 馬袁君,程震龍,孫野青.  生物信息學(xué). 2008(01)
[6]蛋白質(zhì)O-GlcNAc糖基化及其細(xì)胞生物學(xué)功能[J]. 楊新穎,李靜,耿美玉.  細(xì)胞生物學(xué)雜志. 2007(05)
[7]O-GlcNAc修飾研究進(jìn)展[J]. 蒯學(xué)章,張令強,賀福初.  軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊. 2006(01)
[8]SARS病毒基因組所編碼的E蛋白的二級結(jié)構(gòu)和B細(xì)胞表位預(yù)測[J]. 呂燕波,萬瑛,吳玉章.  免疫學(xué)雜志. 2003(06)



本文編號：3090636