目的預(yù)測(cè)剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關(guān)序列（Toxoplasma gondii surface antigen glycoprotein 1-related sequences）SRS47D的結(jié)構(gòu)、修飾位點(diǎn)和免疫原性。方法利用在線軟件ProtParam、ProtScale、SignalP分別預(yù)測(cè)SRS47D的理化參數(shù)、親/疏水性、信號(hào)肽;利用SOPMA、ESPriit 3.0、Bcepred預(yù)測(cè)SRS47D蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)及表面可極性,利用COLIS、TMHMM預(yù)測(cè)其卷曲螺旋和跨膜結(jié)構(gòu)域;利用KinasePhos、NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc、和NetPhos分析其修飾位點(diǎn);利用SWISS-MODEL、VAST預(yù)測(cè)其三級(jí)結(jié)構(gòu)及其與SAG1三級(jí)結(jié)構(gòu)的差異,利用ABCpred和Syfpeithi預(yù)測(cè)其B、T細(xì)胞表位。結(jié)果 SRS47D蛋白含有376個(gè)氨基酸殘基,分子式為C₁₇₄₅H₂₇₉₇N₄₆₉O₅₈₇S₁₇,相對(duì)分子質(zhì)量約為40×10³... 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(10)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

圖１ＳＲＳ４７Ｄ親、疏水性分析

位和３４６位氨基酸殘基；有３個(gè)Ａｕｒｏｒａ相關(guān)激酶（ａｕｒｏｒａ－ｒｅｌａｔｅｄｋｉｎａｓｅ，Ａｕｒｏ－ｒａ）的磷酸激酶位點(diǎn)；其余２０個(gè)均為共濟(jì)失調(diào)癥突變蛋白（ａｔａｘｉａｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｓｉａｍｕｔａｔｅｄ，ＡＴＭ）磷酸激酶位點(diǎn)。注：Ｘ軸為ＳＲＳ４７Ｄ蛋白序列前７０個(gè)氨基酸殘基；Ｙ軸為計(jì)分（ｓｃｏｒｅ）；Ｃ值表示剪切位點(diǎn)的計(jì)分，用紅色標(biāo)示；Ｓ值為信號(hào)肽計(jì)分，用綠色顯示；Ｙ值是基于Ｓ值和Ｃ值的綜合計(jì)分值，用藍(lán)色表示。圖２蛋白信號(hào)肽分析Ｎｏｔｅ：ＴｈｅＸ－ａｘｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｎｔｈｅｆｉｒｓｔ７０ｐｏｓｉｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅＳＲＳ４７Ｄｓｅｑｕｅｎｃｅ．ＴｈｅＹａｘｉｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｖａｌｕｅｓｃｏｒｅ．Ｃｖａｌｕｅｉｎｄｉｃａ－ｔｅｄｔｈｅｓｃｏｒｅｓｏｆｔｈｅｓｈｅａｒｉｎｇｓｉｔｅ，ｍａｒｋｅｄｉｎｒｅｄ．Ｓｖａｌｕｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｔｈｅｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅｓｃｏｒｅｓ，ｗｈｉｃｈｗｅｒｅｄｉｓｐｌａｙｅｄｉｎｇｒｅｅｎ．ＴｈｅＹｖａｌｕｅｗｅｒｅｃｏｍ－ｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｓｃｏｒｅｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅＳｖａｌｕｅａｎｄｔｈｅＣｖａｌｕｅ，ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｉｎｂｌｕｅ．Ｆｉｇ．２ＰｒｏｔｅｉｎｓｉｇｎａｌｐｅｐｔｉｄｅａｎａｌｙｓｉｓＯ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點(diǎn)分析，當(dāng)給定閾值大于９０％時(shí)，預(yù)測(cè)在１７３位和３４６位絲氨酸殘基位點(diǎn)存在Ｏ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點(diǎn)。當(dāng)給定閾值大于９０％時(shí)，預(yù)測(cè)顯示無Ｎ－ＧｌｃＮＡｃ、Ｃ－ＧｌｃＮＡｃ糖基化位點(diǎn)。磷酸化修飾位點(diǎn)分析，當(dāng)給定閾

基。有９個(gè)抗原傾向位點(diǎn)（臨界值為１．８），分別位于５５－５８、６７－６８、１３６－１３７、１４８－１５３、１５５－１５６、２０８－２０９、２８６－２９２、３１１－３１８、３６７－３７２氨基酸殘基。注：嚴(yán)格保守的氨基酸殘基用紅色背景白色字母表示；部分保守的氨基酸殘基被框起來；形成二硫鍵的Ｃｙｓ殘基在比對(duì)序列中由綠色數(shù)字表示。Ｄ１和Ｄ２結(jié)構(gòu)域中的β－鏈用水平箭頭表示。ＳＡＧ１序列之上的二級(jí)結(jié)構(gòu)元件來自ＳＡＧ１晶體結(jié)構(gòu)（ＰＤＢ１ＫＺＱ）。圖４ＳＲＳ４７Ｄ和ＳＲＳ／ＳＡＧ超家族其它蛋白氨基酸序列比對(duì)Ｎｏｔｅ：Ｓｔｒｉｃｔｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｓｈｏｗｅｄｗｉｔｈｗｈｉｔｅｌｅｔｔｅｒｓｏｎａｒｅｄｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ．Ｐａｒｔｉａｌｌｙｃｏｎｓｅｒｖｅｄｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｂｏｘｅｄ．Ｔｈｅｄｉｓｕｌｐｈｉｄｅｂｏｎｄ－ｆｏｒｍｉｎｇＣｙｓｒｅｓｉｄｕｅｓｗｅｒｅｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄｂｙｇｒｅｅｎｎｕｍｂｅｒｓｕｎｄｅｒｔｈｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ．Ｔｈｅβ－ｓｔｒａｎｄｓｉｎｔｈｅＤ１ａｎｄＤ２ｄｏｍａｉｎｓｗｅｒｅｉｎｄｉｃａｔｅｄｂｙｈｏｒｉ－ｚｏｎｔａｌａｒｒｏｗｓ．ＴｈｅｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｅｌｅｍｅｎｔｓｉｎｄｉｃａｔｉｎｇａｂｏｖｅｔｈｅＳＡＧ１ｓｅｑｕｅｎｃｅｗｅｒｅｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｔｈｅＳＡＧ１ｃｒｙｓｔａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（ＰＤＢ１ＫＺＱ）．Ｆｉｇ．４ＡｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｏｆＳＲＳ４７ＤａｎｄｏｔｈｅｒｐｒｏｔｅｉｎｓｏｆＳＲＳ４７Ｄ／ＳＡＧｓｕｐｅｒｆａｍｉｌ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3090636