中國(guó)產(chǎn)志賀毒素大腸桿菌（STEC）O157:H7的單核苷酸多態(tài)性（SNP）分型研究
發(fā)布時(shí)間：2021-03-19 07:11
產(chǎn)志賀毒素大腸桿菌（Shiga toxin-producing Escherichia coli, STEC）O157:H7是一類(lèi)重要的人畜共患病病原,可引起人水樣腹瀉、出血性腸炎以及溶血性尿毒綜合征等。單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphisms, SNPs）分析是近年來(lái)用于揭示0157：H7群體基因組水平多樣性、流行病學(xué)關(guān)系以及詳細(xì)了解0157：H7演化過(guò)程的一種基因分型方法。我們對(duì)于中國(guó)0157：H7菌株之間以及中國(guó)菌株與其他國(guó)家菌株之間的遺傳關(guān)系所知甚少。本研究采用了Manning等人以及Clawson等人建立的SNPs分型體系,共計(jì)64個(gè)SNP位點(diǎn),將中國(guó)325株STECO157:H7菌株分為5個(gè)SNP基因型（SG-1～SG-5）。最常見(jiàn)的基因型為SG-5型（79.69%）及SG-1型（14.46%）。從患者分離的菌株集中在SG-1型及SG-5型,僅一株存在于SG-3型中。47株SG-1型菌株,通過(guò)Xuzhou21基因組特異SNPs位點(diǎn)可分為兩個(gè)亞型（SG-1.1和SG-1.2）。SG-1.1型菌株是導(dǎo)致1999蘇皖疫情相關(guān)菌株。1999年H...
【文章來(lái)源】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心北京市
【文章頁(yè)數(shù)】：133 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
中國(guó)0157:H7菌株的宿主和分離年代分布特點(diǎn)注：A圖：菌株地區(qū)分布；B圖：來(lái)源分布；C圖：分離時(shí)間，圖中標(biāo)注了菌株數(shù)和百分比，百分比小于1%的未標(biāo)注數(shù)字
中國(guó)疾病預(yù)防控制中心博士學(xué)位論文結(jié) 果1.中國(guó)菌株SNP基因型分析本研究采用Manning等人及Clawson等人設(shè)計(jì)分型體系的[22，27]各32個(gè)SNPs位點(diǎn)的分型體系共計(jì)64個(gè)SNPs位點(diǎn)，分析中國(guó)的325株0157:H7菌株。采用己經(jīng)發(fā)表的Sakai，EDL933, EC4115, TW14359和Xuzhou21菌株的全基因組序列作為參考序列。使用64個(gè)SNPs位點(diǎn)，可以將中國(guó)的325株0157:H7菌株分為5個(gè)基因型（SG-l~SG-5)。其中54個(gè)SNP位點(diǎn)在所有測(cè)試菌株中沒(méi)有差別，僅有10個(gè)SNPs位點(diǎn)表現(xiàn)出差異。使用其中3個(gè)SNPs位點(diǎn)，即可區(qū)分5個(gè)SG型（圖2)。
圖3.基于Manning和Clawson建立的SNP分型體系分析中國(guó)STEC 0157:H7 菌株注：各個(gè)基因型別用$同顏色橢圓標(biāo)示，綠色字體標(biāo)示參考菌株，藍(lán)色字體標(biāo)示中國(guó)菌株各基因型別代表菌株號(hào)G及菌株數(shù)量，圖3B中括號(hào)內(nèi)：（人源菌株比例/牛源菌株比例）2. PFGE 和 MLST 分型在325株中國(guó)STEC 0157:H7菌株中，我們對(duì)136株進(jìn)行了 MLST分型，對(duì)305株進(jìn)行了 PFGE分型（Tablel)。根據(jù)15個(gè)等位基因的MLST分型體系，可將136株菌株分為4個(gè)ST型別，ST%，ST97, ST23, ST24。其中13個(gè)等位基因相同，僅存在兩個(gè)等位基因、3個(gè)SNPs位點(diǎn)的差異（如表7)。ST96為我國(guó)新發(fā)現(xiàn)的ST型別，新的等位基因型clpXYl clpXMA與dpja僅有一個(gè)SNP30
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]雞、豬大腸桿菌ESBLs基因型檢測(cè)及耐藥性分析[J]. 曲志娜,張穎,李玉清,李梁梁,王娟,黃秀梅,劉煥奇. 中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2013(08)
[2]豬源分離大腸埃希菌產(chǎn)ESBLs的基因型及耐藥性分析[J]. 劉雅妮,商軍,郭士博. 中國(guó)獸藥雜志. 2011(09)
[3]雞豬源大腸桿菌CTX-M型ESBLs的分子檢測(cè)[J]. 杜向黨,焦顯芹,莫娟,張素梅,侯春彬,李新生. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2009(02)
[4]Escherichia Coli O157:H7 and Shiga-like-toxinproducing Excherichia Coli in China[J]. Xu jian-Guo; CHENG Bo-Kun and JING Hcai-Oi. World Journal of Gastroenterology. 1999(03)
本文編號(hào)：3089185
【文章來(lái)源】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心北京市
【文章頁(yè)數(shù)】：133 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
中國(guó)0157:H7菌株的宿主和分離年代分布特點(diǎn)注：A圖：菌株地區(qū)分布；B圖：來(lái)源分布；C圖：分離時(shí)間，圖中標(biāo)注了菌株數(shù)和百分比，百分比小于1%的未標(biāo)注數(shù)字
中國(guó)疾病預(yù)防控制中心博士學(xué)位論文結(jié) 果1.中國(guó)菌株SNP基因型分析本研究采用Manning等人及Clawson等人設(shè)計(jì)分型體系的[22，27]各32個(gè)SNPs位點(diǎn)的分型體系共計(jì)64個(gè)SNPs位點(diǎn)，分析中國(guó)的325株0157:H7菌株。采用己經(jīng)發(fā)表的Sakai，EDL933, EC4115, TW14359和Xuzhou21菌株的全基因組序列作為參考序列。使用64個(gè)SNPs位點(diǎn)，可以將中國(guó)的325株0157:H7菌株分為5個(gè)基因型（SG-l~SG-5)。其中54個(gè)SNP位點(diǎn)在所有測(cè)試菌株中沒(méi)有差別，僅有10個(gè)SNPs位點(diǎn)表現(xiàn)出差異。使用其中3個(gè)SNPs位點(diǎn)，即可區(qū)分5個(gè)SG型（圖2)。
圖3.基于Manning和Clawson建立的SNP分型體系分析中國(guó)STEC 0157:H7 菌株注：各個(gè)基因型別用$同顏色橢圓標(biāo)示，綠色字體標(biāo)示參考菌株，藍(lán)色字體標(biāo)示中國(guó)菌株各基因型別代表菌株號(hào)G及菌株數(shù)量，圖3B中括號(hào)內(nèi)：（人源菌株比例/牛源菌株比例）2. PFGE 和 MLST 分型在325株中國(guó)STEC 0157:H7菌株中，我們對(duì)136株進(jìn)行了 MLST分型，對(duì)305株進(jìn)行了 PFGE分型（Tablel)。根據(jù)15個(gè)等位基因的MLST分型體系，可將136株菌株分為4個(gè)ST型別，ST%，ST97, ST23, ST24。其中13個(gè)等位基因相同，僅存在兩個(gè)等位基因、3個(gè)SNPs位點(diǎn)的差異（如表7)。ST96為我國(guó)新發(fā)現(xiàn)的ST型別，新的等位基因型clpXYl clpXMA與dpja僅有一個(gè)SNP30
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]雞、豬大腸桿菌ESBLs基因型檢測(cè)及耐藥性分析[J]. 曲志娜,張穎,李玉清,李梁梁,王娟,黃秀梅,劉煥奇. 中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2013(08)
[2]豬源分離大腸埃希菌產(chǎn)ESBLs的基因型及耐藥性分析[J]. 劉雅妮,商軍,郭士博. 中國(guó)獸藥雜志. 2011(09)
[3]雞豬源大腸桿菌CTX-M型ESBLs的分子檢測(cè)[J]. 杜向黨,焦顯芹,莫娟,張素梅,侯春彬,李新生. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2009(02)
[4]Escherichia Coli O157:H7 and Shiga-like-toxinproducing Excherichia Coli in China[J]. Xu jian-Guo; CHENG Bo-Kun and JING Hcai-Oi. World Journal of Gastroenterology. 1999(03)
本文編號(hào)：3089185
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