目的:發(fā)展人腸道病毒抗原表位的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)方法,并應(yīng)用到人腸道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）和柯薩奇病毒A16型（Coxasckievirus A16,CVA16）的抗原表位預(yù)測(cè)和研究中。通過(guò)建立完整的人腸道病毒B細(xì)胞構(gòu)象表位（簡(jiǎn)稱構(gòu)象表位）和B細(xì)胞線性表位（簡(jiǎn)稱線性表位）的預(yù)測(cè)流程,系統(tǒng)性的預(yù)測(cè)EV71和CVA16的構(gòu)象表位和線性表位,比較和分析EV71和CVA16抗原表位的差異及其結(jié)構(gòu)生物學(xué)基礎(chǔ)（包括一級(jí)、二級(jí)、三級(jí)和衣殼表面結(jié)構(gòu)）,并應(yīng)用到病毒致病機(jī)理的研究中。方法:1.從RCSB PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載EV71和CVA16代表株的結(jié)構(gòu)蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)信息文件,從NCBI的Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)下載EV71和CVA16代表株以及30株基因型已確定的EV71病毒株的結(jié)構(gòu)蛋白的氨基酸序列。2.發(fā)展人腸道病毒構(gòu)象表位的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)方法并構(gòu)建預(yù)測(cè)流程。系統(tǒng)性的預(yù)測(cè)和比較EV71和CVA16的構(gòu)象表位。分別采用MUSCLE、Clustal X、ESPript、Pymol、UCSF Chimera和RIVEM等軟件工具和在線工具比較EV71和CVA16的一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)... 

【文章來(lái)源】：寧波大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
引言
第一部分 EV71和CVA16構(gòu)象表位的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)
    1 背景
    2 材料與方法
        2.1 EV71和CVA16代表株的一級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)來(lái)源
        2.2 EV71結(jié)構(gòu)蛋白保守性分析
        2.3 構(gòu)建EV71和CVA16構(gòu)象表位預(yù)測(cè)流程
        2.4 EV71和CVA16結(jié)構(gòu)蛋白的一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)比較
        2.5 EV71中和抗體以及宿主細(xì)胞受體在病毒衣殼表面的結(jié)合部位
        2.6 病毒衣殼表面結(jié)構(gòu)可視化作圖
    3 結(jié)果
        3.1 復(fù)合鏈基本特征
        3.2 EV71和CVA16構(gòu)象表位的預(yù)測(cè)結(jié)果
            3.2.1 EV71和CVA16構(gòu)象表位的預(yù)測(cè)結(jié)果
            3.2.2 預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性
        3.3 EV71和CVA16結(jié)構(gòu)蛋白的一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)比較
        3.4 EV71結(jié)構(gòu)蛋白的氨基酸保守性分析
        3.5 預(yù)測(cè)的構(gòu)象表位與受體結(jié)合部位之間的關(guān)系
    4 討論
    5 結(jié)論
第二部分 EV71和CVA16線性表位的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)
    1 背景
    2 材料與方法
        2.1 EV71和CVA16線性表位的預(yù)測(cè)算法
        2.2 比較線性表位和構(gòu)象表位的預(yù)測(cè)結(jié)果
        2.3 線性表位的保守性分析
    3 結(jié)果
    4 討論
    5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄A 綜述
    參考文獻(xiàn)
在學(xué)研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]人腸道病毒71型抗原表位的研究進(jìn)展[J]. 祝苗,張?zhí)矸?高柳鶯,董長(zhǎng)征.  中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2017(09)
[2]人腸道病毒71型與手足口病的分子流行病學(xué)及其分子進(jìn)化[J]. 劉志芳,桂娟娟,華啟航,董長(zhǎng)征.  遺傳. 2015(05)



本文編號(hào)：2994850