基于多重PCR-質(zhì)譜的冠狀病毒高通量檢測方法的建立與應(yīng)用
發(fā)布時(shí)間:2021-01-20 10:13
冠狀病毒(CoVs)屬于冠狀病毒科,是自然界廣泛存在能夠感染人和動(dòng)物的一大類病毒家族;谙到y(tǒng)發(fā)育樹分析,國際病毒分類學(xué)會(International committee on taxonomy of viruses,ICTV)將 CoVs 分為 alpha-CoV(α 屬),beta-CoV(β 屬),gamma-CoV(γ屬)和delta-CoV(δ屬)。目前已知的六種人冠狀病毒(HCoV):HCoV-229E、HCoV-OC43、SARS-CoV、HCoV-NL63、HCoV-HKUl 和 MERS-CoV 均屬于α屬和β屬。人冠狀病毒通常引起輕微的上呼吸道感染癥狀,而2003中國暴發(fā)的SARS-CoV引起的嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS)和2012年中東地區(qū)流行的MERS-CoV引起中東呼吸綜合征(MERS),分別造成高達(dá)10%和40%的死亡率。SARS和MERS的暴發(fā),表明高致病性的人冠狀病毒嚴(yán)重地威脅著人類的生命健康,因此建立快速、靈敏的檢測方法對于及時(shí)實(shí)施有效的預(yù)防控制措施、阻止疾病的進(jìn)一步傳.播至關(guān)重要。一方面,大量來自全球各地的朝圣者和游客前往中東地區(qū),增加了 MERS...
【文章來源】:北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:83 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表
引言
實(shí)驗(yàn)材料
1.1 實(shí)驗(yàn)載體和菌株
1.2 實(shí)驗(yàn)試劑和耗材
1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
1.4 試劑配制
1.4.1 LB培養(yǎng)基配制
1.4.2 瓊脂糖凝膠配置
1.4.3 其他溶液的配制
1.5 軟件
1.5.1 序列比對和拼接
1.5.2 擴(kuò)增引物和延伸探針的設(shè)計(jì)和評價(jià)
1.5.3 數(shù)據(jù)收集和分析
實(shí)驗(yàn)方法
2.1 冠狀病毒特異性和保守序列的分析與篩選
2.2 引物探針的設(shè)計(jì)、配制與測試
2.3 質(zhì)粒構(gòu)建和標(biāo)準(zhǔn)品制備
2.4 樣本采集
2.5 樣本總RNA的提取和逆轉(zhuǎn)錄
2.6 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法實(shí)驗(yàn)過程
2.6.1 多重PCR擴(kuò)增反應(yīng)
2.6.2 SAP酶消化反應(yīng)
2.6.3 單堿基延伸反應(yīng)
2.6.4 樣本的樹脂純化
2.6.5 MALDI-TOF質(zhì)譜檢測
2.7 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法的應(yīng)用
2.8 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測(mCoV-MS)方法的建立
3.1.1 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法靈敏度分析
3.1.2 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法特異性分析
3.1.3 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法重復(fù)性分析
3.2 蝙蝠和嚙齒類動(dòng)物樣本冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測結(jié)果
3.3 臨床樣本冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測結(jié)果
小結(jié)
討論
文獻(xiàn)綜述
1 HCoV的致病性及流行情況
HCoV-229E(α屬)
HCoV-OC43(β屬A譜系)
SARS-CoV(β屬B譜系)
HCoV-NL63 (α屬)
HCoV-HKU1(β屬A譜系)
MERS-CoV(β屬C譜系)
2 HCoV的發(fā)育進(jìn)化及變異重組
3 HCoV的檢測診斷及預(yù)防治療
HCoV分離培養(yǎng)
HCoV血清學(xué)試驗(yàn)
HCoV分子檢測
HCoV預(yù)防治療
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]The prevalence, origin, and prevention of six human coronaviruses[J]. Lanlan Liu,Tao Wang,Jiahai Lu. Virologica Sinica. 2016(01)
本文編號:2988858
【文章來源】:北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市 211工程院校 985工程院校
【文章頁數(shù)】:83 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表
引言
實(shí)驗(yàn)材料
1.1 實(shí)驗(yàn)載體和菌株
1.2 實(shí)驗(yàn)試劑和耗材
1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
1.4 試劑配制
1.4.1 LB培養(yǎng)基配制
1.4.2 瓊脂糖凝膠配置
1.4.3 其他溶液的配制
1.5 軟件
1.5.1 序列比對和拼接
1.5.2 擴(kuò)增引物和延伸探針的設(shè)計(jì)和評價(jià)
1.5.3 數(shù)據(jù)收集和分析
實(shí)驗(yàn)方法
2.1 冠狀病毒特異性和保守序列的分析與篩選
2.2 引物探針的設(shè)計(jì)、配制與測試
2.3 質(zhì)粒構(gòu)建和標(biāo)準(zhǔn)品制備
2.4 樣本采集
2.5 樣本總RNA的提取和逆轉(zhuǎn)錄
2.6 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法實(shí)驗(yàn)過程
2.6.1 多重PCR擴(kuò)增反應(yīng)
2.6.2 SAP酶消化反應(yīng)
2.6.3 單堿基延伸反應(yīng)
2.6.4 樣本的樹脂純化
2.6.5 MALDI-TOF質(zhì)譜檢測
2.7 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法的應(yīng)用
2.8 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測(mCoV-MS)方法的建立
3.1.1 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法靈敏度分析
3.1.2 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法特異性分析
3.1.3 冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測方法重復(fù)性分析
3.2 蝙蝠和嚙齒類動(dòng)物樣本冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測結(jié)果
3.3 臨床樣本冠狀病毒多重PCR-質(zhì)譜檢測結(jié)果
小結(jié)
討論
文獻(xiàn)綜述
1 HCoV的致病性及流行情況
HCoV-229E(α屬)
HCoV-OC43(β屬A譜系)
SARS-CoV(β屬B譜系)
HCoV-NL63 (α屬)
HCoV-HKU1(β屬A譜系)
MERS-CoV(β屬C譜系)
2 HCoV的發(fā)育進(jìn)化及變異重組
3 HCoV的檢測診斷及預(yù)防治療
HCoV分離培養(yǎng)
HCoV血清學(xué)試驗(yàn)
HCoV分子檢測
HCoV預(yù)防治療
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]The prevalence, origin, and prevention of six human coronaviruses[J]. Lanlan Liu,Tao Wang,Jiahai Lu. Virologica Sinica. 2016(01)
本文編號:2988858
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