目的探討鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的組成結(jié)構(gòu)及生物學(xué)功能。方法運用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息學(xué)軟件分析鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的氨基酸序列組成、理化性質(zhì)、親疏水性、信號肽、磷酸化位點、糖基化位點、二、三級結(jié)構(gòu)和B、T細胞抗原表位等。結(jié)果 CAF-1是由170個氨基酸構(gòu)成的富含蘇氨酸的穩(wěn)定親水蛋白,相對分子質(zhì)量為17.7×10³,理論等電點為4.83,不含跨膜區(qū)且磷酸化程度較高。二級結(jié)構(gòu)中β轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲為主要結(jié)構(gòu)原件,分別占41.18%和32.35%。同源建模顯示,GMQE和QMEAN評估分值分別為0.90和0.76。抗原表位預(yù)測顯示,該蛋白含有多個B細胞優(yōu)勢抗原表位和7個優(yōu)勢CTL表位。結(jié)論生物信息學(xué)預(yù)測CAF-1基因編碼蛋白為穩(wěn)定分泌蛋白和外膜蛋白,含有較多的B、T細胞抗原表位,具有較好的抗原性,可作為新型疫苗的潛在候選基因。 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測

第一個氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用來區(qū)分該位置是否存在信號肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ為Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的幾何平均數(shù)。運用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ軟件預(yù)測該蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ為０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定為非典型分泌蛋白），即屬于分泌蛋白。圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ預(yù)測Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖３ＣＡＦ－１蛋白跨膜區(qū)預(yù)測Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位點利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位點，結(jié)果顯示，當潛在磷酸化位點的閾值為０．５時，該蛋白含有１個糖基化位點（圖５），含有２６個磷酸化位點，其中１１個絲氨酸位點，１３個蘇氨酸位點，２個酪氨酸位點（圖６）。·３４１１·中國病原生物學(xué)雜志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

第一個氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用來區(qū)分該位置是否存在信號肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ為Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的幾何平均數(shù)。運用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ軟件預(yù)測該蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ為０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定為非典型分泌蛋白），即屬于分泌蛋白。圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ預(yù)測Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖３ＣＡＦ－１蛋白跨膜區(qū)預(yù)測Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位點利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位點，結(jié)果顯示，當潛在磷酸化位點的閾值為０．５時，該蛋白含有１個糖基化位點（圖５），含有２６個磷酸化位點，其中１１個絲氨酸位點，１３個蘇氨酸位點，２個酪氨酸位點（圖６）。·３４１１·中國病原生物學(xué)雜志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

【參考文獻】：
期刊論文
[1]不可分型流感嗜血桿菌外膜蛋白P6的生物信息學(xué)分析[J]. 馬玉帥,張彥霞,孫皖如,常月立,王文棟,張玉妥.  中國病原生物學(xué)雜志. 2019(03)
[2]結(jié)核分枝桿菌pyrF基因的生物信息學(xué)分析[J]. 黃勁,王潔,牛雪可,邱文,趙亮,王梅竹,康穎倩,馮永紅,秦蓮花.  中國病原生物學(xué)雜志. 2019(02)
[3]結(jié)核分枝桿菌LepB蛋白的功能預(yù)測及生物信息學(xué)分析[J]. 袁秋露,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(08)
[4]結(jié)核分枝桿菌eis基因及其編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 張西燕,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(02)



本文編號：2971801