轉(zhuǎn)錄組是某個物種或特定細胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的總和,對于不同樣本中轉(zhuǎn)錄組差異的研究不僅可以了解特定時間和空間條件下疾病的發(fā)生發(fā)展狀態(tài),同時也能夠作為發(fā)現(xiàn)疾病診斷和預(yù)后的標志物的重要研究手段。對于芯片或者高通量測序產(chǎn)生的海量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),如何解讀其中蘊含的生命規(guī)律和特征,生物信息學(xué)方法顯得尤為重要。差異轉(zhuǎn)錄組的分析大致可以分為以下幾個方面：（1）表達差異；（2）lncRNA-靶基因；（3）表觀修飾調(diào)控；（4）順反調(diào)控等生物信息學(xué)分析過程及后續(xù)的一些實驗驗證。我們首先建立了差異轉(zhuǎn)錄組的生物信息學(xué)研究體系,利用RNA-seq對鎘中毒后小鼠睪丸轉(zhuǎn)錄組進行研究,通過利用該體系對獲得的原始數(shù)據(jù)的分析,成功的研究了鎘中毒后小鼠睪丸轉(zhuǎn)錄組的變化和調(diào)控機制,并篩選到一些潛在的生物標志物。隨后,將該體系用于我們實驗室得到的人心臟組織的RNA-seq數(shù)據(jù),并整合公共數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組高通量數(shù)據(jù),我們成功研究了人類心臟發(fā)育過程中的動態(tài)變化規(guī)律。第一部分差異轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)研究體系的建立轉(zhuǎn)錄組的研究能夠深刻的理解基因組的功能,并且了解某種細胞或組織的分子組成,最終為發(fā)育和疾病的研究提供重要... 

【文章來源】：武漢大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：116 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

體重、血清和睪丸錫含量及血清睪爾含量

Number of Mapped Reads per Chromosome圖3.2比對上的reads在小鼠全基因組中的分布。Figure 3.2 Number of aligned reads distributions across mouse genome.dull >1

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【參考文獻】：
期刊論文
[1]Systematic study of human long intergenic non-coding RNAs and their impact on cancer[J]. SUN Liang,LUO HaiTao,LIAO Qi,BU DeChao,ZHAO GuoGuang,LIU ChangNing,LIU YuanNing,ZHAO Yi.  Science China(Life Sciences). 2013(04)



本文編號：2945325