長期以來,流感一直困擾著人們。變異性極強的甲型流感病毒,自1876年之后,已經(jīng)在全球范圍內(nèi)發(fā)生過幾次大規(guī)模的傳播。2009年世界范圍內(nèi)爆發(fā)的甲型H1N1流感給人類的生命、財產(chǎn)以及其他方面帶來了嚴(yán)重的威脅。那么,流感病毒變異特性的研究對于制定流感的防控措施就顯得尤為重要。本文主要針對2007年至2011年人源甲型H1N1流感病毒的8個基因組片段的10種蛋白序列在傳播過程的變異規(guī)律進行分析研究。通過對變異參數(shù)的定義及可視化研究,深入探索流感病毒爆發(fā)前后,流感病毒基因組蛋白序列內(nèi)部氨基酸的變異情況。論文的主要工作總結(jié)如下:（1）本文對2007年至2011年這5年來的人源甲型H1N1流感病毒的HA,NP,NA,PB1,PB2,PA,M,NS這八個基因片段所對應(yīng)的全蛋白序列HA,NP,NA,PB1,PB2,PA,M1,M2,NS1,NS2進行研究。首先,利用每條序列中氨基酸的頻率來唯一地表示對應(yīng)的蛋白序列,并由此得到一組蛋白質(zhì)序列數(shù)字化映射后的矩陣。而后,利用PCA降維后進行特征提取,并將特征矩陣選用K-means++聚類方法進行聚類,獲得序列聚類后的子群。（2）定義蛋白序列的相對偏移度和突變活... 

【文章來源】：石家莊鐵道大學(xué)河北省

【文章頁數(shù)】：85 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

007年1月1號到2011年12月31號人源甲型H1N1流感病毒HA基因全序列

位的處理上選擇 MATTF，不僅在準(zhǔn)確性上得到保證，在處理時間上亦是較暫的。為了測試 MAFFT 的比對結(jié)果，本文中給出三條序列作為驗證 MAFFT 準(zhǔn)確測試序列，具體如下所示。>1ACDEFGHIKLMCCANMNTIHE>2GHIKMIHE>3ACIIH，>1、>2 和>3 分別表示序列的編號。選取 Clustalx 與 MAFFT 進行三條測列的比對工作，具體如圖 5-1 所示。

>AET84262 A/Alabama/WRAIR1235P/2009 2009/04/01 HA---------MKVKLLVLLCTFT…N---SCLPFQNVH…CSN-G--S-LQCRICI>ADW09120 A/Boston/95/2009 2009/04/01 HA---------MKVKLLVLLCTFT…N---SSLPFQNVH…CSN-G--S-LQCRICI>ACQ76318 A/California/04/2009 2009/04/01 HA---------MKAILVVLLYTFAT…N---TSLPFQNIH…CSN-G--S-LQCRICI>ACR09372 A/Mexico/3955/2009 2009/04/02 HA---------MKAILVVLLYTFAT…N---TSLPFQNIH…CSN-G--S-LQCRICI5.3 甲型 H1N1 流感病毒變異參數(shù)分析5.2 章節(jié)對甲型 H1N1 流感病毒基因組的數(shù)據(jù)進行處理之后，在本小節(jié)中通過對處理后的序列分析定義相關(guān)參數(shù)來分析病毒的變異情況。為了更加直觀的顯示蛋白質(zhì)的變異情況，本文中先給出甲型 H1N1 流感病毒經(jīng)過 MEGA7 比對出的結(jié)果，節(jié)選 HA 基因的比對結(jié)果，如圖 5-2 所示。

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：2924807