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白假絲酵母菌毒力相關(guān)的RAPD條帶的克隆及其生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2020-11-18 16:49
   [目的]研究與白假絲念珠菌毒力相關(guān)的RAPD電泳條帶的基因信息,明確這些條帶是否來源于已知的毒力調(diào)控基因。[方法]通過對相關(guān)的白假絲酵母菌重新進(jìn)行RAPD-PCR,切膠回收,以回收的DNA作為模板進(jìn)行大量擴(kuò)增,構(gòu)建TA克隆,送測序。將獲得的DNA信息登錄Gen Bank數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,尋找與包含這些條帶信息的蛋白質(zhì)。查閱文獻(xiàn),進(jìn)行生物信息學(xué)分析,明確條帶的基因信息與已發(fā)現(xiàn)的白假絲酵母菌調(diào)控基因之間的關(guān)系。[結(jié)果]白假絲酵母菌RAPD的450 bp條帶為Abp1p(ABP1)蛋白的基因片段。[結(jié)論]Abp1p(ABP1)基因的過表達(dá)可能與下調(diào)磷脂酶表達(dá)有關(guān),但具體機(jī)制有待進(jìn)一步研究。
【部分圖文】:

電泳圖,菌株,電泳,磷脂


采用隨機(jī)引物P2對5株菌株進(jìn)行RAPD擴(kuò)增。根據(jù)前期研究結(jié)果,450 bp與磷脂酶、蛋白酶具有較高的相關(guān)性。該試驗(yàn)中,菌株1、菌株5中擴(kuò)增出450 bp條帶。2.2 切膠回收

菌落,測序


經(jīng)切膠回收的450 bp DNA與T載體連接后,經(jīng)轉(zhuǎn)化、涂板,挑取白色菌落,進(jìn)行菌落PCR鑒定。其中菌株5的5-3、5-4為陽性菌落。挑取菌落5-3、5-4,經(jīng)搖菌后送測序。2.4 測序結(jié)果

測序,酵母菌,基因,相似度


將上述結(jié)果在NCBI網(wǎng)站上使用Blast功能(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)進(jìn)行比對。該結(jié)果與白假絲酵母菌SC5314的Abp1p(ABP1)蛋白編碼基因相似度最高(98%),見圖5。因此,可以確定,該基因?yàn)榘准俳z酵母菌ABP1的編碼基因。圖5 測序比對結(jié)果圖
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