【摘要】：長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的保守性表現(xiàn)在一級(jí)結(jié)構(gòu)、空間結(jié)構(gòu)、轉(zhuǎn)錄位置、剪接模式及組織分布等方面,是目前l(fā)ncRNA研究的熱點(diǎn)和難點(diǎn)。不斷深入的lncRNA保守性研究可應(yīng)用于參考基因組相對(duì)匱乏的非模式生物lncRNA的篩選過程,并且極大地提升了非模式生物lncRNA數(shù)據(jù)庫建立的完整性和準(zhǔn)確性。借助針對(duì)開放閱讀框長(zhǎng)度、密碼子分布與出現(xiàn)頻率、功能性結(jié)構(gòu)域等保守信息開發(fā)而來的lncRNA篩選工具或流程如CPC、PLAR(pipeline for lncRNA annotation from RNA-seq data)等,已成為目前非模式生物lncRNA的篩選及其參考數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的新策略。本文就lncRNA的保守性及其在非模式生物lncRNA篩選中的應(yīng)用作一綜述,并簡(jiǎn)要介紹了一種運(yùn)用其保守性的篩選方法——PLAR。
【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學(xué)學(xué)員旅學(xué)2隊(duì);第二軍醫(yī)大學(xué)學(xué)員旅學(xué)員8隊(duì);山西農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院;第二軍醫(yī)大學(xué)海軍醫(yī)學(xué)系海洋生物技術(shù)教研室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(81470518) 上海市浦江人才項(xiàng)目(16PJ1411000)~~
【分類號(hào)】：R3416

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本文編號(hào)：2536697