【摘要】：目的闡明云南省中緬邊境地區(qū)2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因組序列特征。方法采用C6/36細(xì)胞培養(yǎng)法分離病毒,用RT-PCR法擴增新分離DENV-1的全基因組序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息學(xué)軟件進行核苷酸和推導(dǎo)氨基酸序列同源性及系統(tǒng)進化分析。結(jié)果從登革熱患者血清中分離到14株DENV-1,其中瑞麗市9株,臨滄市3株,昆明市2株。經(jīng)RT-PCR和序列測定,獲得這14株DENV-1的全基因組序列(10 735nt),其開放讀碼框(95-10 271)編碼3 392個氨基酸。系統(tǒng)進化和同源性分析表明,13株為基因I型(G-I),其中瑞麗和臨滄本地病例7株,緬甸輸入性病例6株;1株為G-III(昆明的印度輸入性病例)。云南13株G-I可分為2個進化群,但均與緬甸、泰國等東南亞流行株具有較近的親緣關(guān)系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分別為97.02%-100%和98.78%-100%,它們與6株東南亞G-I參考株的核苷酸和氨基酸同源性分別為96.53%-99.53%和97.33%-100%,與DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分別為93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和東南亞參考株與US_Hawaii株在結(jié)構(gòu)蛋白或非結(jié)構(gòu)蛋白的氨基酸位點分別存在44和150個位點差異。結(jié)論云南中緬邊境地區(qū)2013-2015年流行的DENV-1均為G-I,并具有基因多樣性特點但均為來自緬甸的多個傳播來源。
[Abstract]:Objective to elucidate the genomic sequence characteristics of 14 dengue type 1 virus (DENV-1) strains from 2013 to 2015 in Yunnan Province. Methods the virus was isolated by C6 / 36 cell culture method. The whole genome sequence of newly isolated DENV-1 was amplified by RT-PCR. The nucleotide sequence, amino acid sequence homology and phylogenetic analysis were analyzed by bioinformatics software such as ClastalX1.83 and MEGA6. Results 14 strains of DENV-1, were isolated from serum of dengue fever patients, including 9 strains in Ruili city, 3 strains in Linchang city and 2 strains in Kunming city. The whole genome sequence (10 735nt) of the 14 DENV-1 strains was obtained by RT-PCR and sequencing. The open reading frame (95-10 271) encodes 3 392 amino acids. Phylogeny and homology analysis showed that 13 strains were genotype I (G-I), among which 7 were local cases of Ruili and Lincang, 6 were imported from Myanmar, and 1 was G-III (Indian imported case from Kunming). The 13 G-I strains in Yunnan can be divided into two groups, but they are closely related to the epidemic strains in Southeast Asia, such as Burma and Thailand. The nucleotide and amino acid homology of G-I gene were 97.02-100% and 98.78-100%, respectively. The homology of nucleotide and amino acid between them and 6 G-I reference strains in Southeast Asia were 96.53-99.53% and 97.33-100%, respectively. The nucleotide and amino acid homology of US_Hawaii was 93.76% -94.45% and 95.86% -96.91% respectively. There were 44 and 150 amino acid loci of structural or non-structural proteins between Yunnan and Southeast Asia reference strains and US_Hawaii strains, respectively. Conclusion the prevalence of DENV-1 from 2013 to 2015 in the border areas of Yunnan Province is G-I, with the characteristics of genetic diversity, but all of them are multiple transmission sources from Myanmar.
【作者單位】： 成都軍區(qū)疾病預(yù)防控制中心;瑞麗市疾病預(yù)防控制中心;臨滄市疾病預(yù)防控制中心;昆明市第三人民醫(yī)院;
【基金】：國家十三、五重大專項(No.2016YFC1200100) 全軍青年培育項目(15QNP035) 中國博士后基金(No.2015M582907、2016T91009)聯(lián)合資助~~
【分類號】：R373

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本文編號：2337181