發(fā)布時間：2018-07-27 11:45

【摘要】：目的:探討脂多糖(LPS)誘導的腸巨噬細胞炎癥反應與長鏈非編碼RNA(lncRNA)表達的關系。方法:分離培養(yǎng)大鼠腸巨噬細胞,用lncRNA表達譜芯片技術檢測LPS處理的大鼠腸巨噬細胞(實驗組)和無處理的大鼠腸巨噬細胞(對照組)之間差異表達的lncRNA,并用分層聚類的方法分析了基因芯片數(shù)據(jù);構建差異表達的lncRNA-mRNA共表達網(wǎng)絡,利用GO分析和通路分析預測其生物學功能;最后用RT-qPCR對部分差異表達的lncRNA進行驗證。結果:與對照組比較,實驗組共檢測出357個差異表達的lncRNA(差異表達倍數(shù)1.5),其中上調(diào)的有245個,下調(diào)的有112個。GO分析和通路分析顯示差異表達的lncRNA參與多種生物過程,包括炎癥反應,免疫應答和細胞凋亡,其中l(wèi)ncRNA NONMMUT024673、NONMMUT047081在網(wǎng)絡中可能起重要作用。RT-qPCR驗證NONMMUT024673、NONMMUT047081的表達,結果與基因芯片數(shù)據(jù)一致。結論:LPS可誘導大鼠腸巨噬細胞lncRNA表達改變,這些差異表達的lncRNA可能參與調(diào)控LPS誘導的腸巨噬細胞的炎癥反應。
[Abstract]:Aim: to investigate the relationship between the inflammatory response of intestinal macrophages induced by lipopolysaccharide (LPS) and the expression of long chain non-coding RNA (lncRNA). Methods: rat intestinal macrophages were isolated and cultured. LncRNA microarray technique was used to detect the differentially expressed LNcRNAs between LPS treated rat intestinal macrophages (experimental group) and untreated rat intestinal macrophages (control group). The co-expression network of differentially expressed lncRNA-mRNA was constructed, and its biological function was predicted by go analysis and pathway analysis. Finally, partial differentially expressed lncRNA was verified by RT-qPCR. Results: compared with the control group, 357 differentially expressed lncRNA (differential expression multiple 1.5) were detected in the experimental group, including 245 up-regulated, 112 .GO and pathway analysis showed that the differentially expressed lncRNA were involved in a variety of biological processes. Including inflammatory response, immune response and apoptosis, the expression of NONMMUT024673, NONMMUT047081 may play an important role in the network. RT-qPCR was used to verify the expression of NONMMUT024673 and NONMMUT047081. The results were consistent with the gene chip data. Conclusion lncRNA expression in rat intestinal macrophages can be induced by lncRNA. These differentially expressed lncRNA may be involved in regulating the inflammatory response of intestinal macrophages induced by LPS.
【作者單位】： 江蘇大學附屬醫(yī)院普通外科;
【基金】：國家自然科學基金資助項目(81070287)
【分類號】：R392

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