本文選題：鮑曼不動桿菌 + LpxC�。� 參考：《分子科學(xué)學(xué)報》2017年01期

【摘要】：鮑曼不動桿菌已成為最普遍的醫(yī)院致病菌,且耐藥情況嚴(yán)峻.LpxC作為新抗菌藥物靶點(diǎn)被大量研究,但鮑曼不動桿菌LpxC晶體尚未解析得到,基于其結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)等工作無法開展.以銅綠假單胞菌LpxC晶體結(jié)構(gòu)為模板,通過同源模建方法獲得鮑曼不動桿菌LpxC結(jié)構(gòu)模型.較好的Ramachandran plot分布和Profile-3D結(jié)果驗(yàn)證了模型的合理性.用分子動力學(xué)模擬優(yōu)化鮑曼不動桿菌LpxC模型,修補(bǔ)部分不合理構(gòu)象.后續(xù)分子對接結(jié)果顯示S構(gòu)型的芐氧乙�；u肟酸類抑制劑比R構(gòu)型分子能更有效地結(jié)合在F191,H237和K238組成的較淺口袋中,這可能是S構(gòu)型抑制劑活性更高的主要因素,模擬結(jié)果與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)吻合較好.
[Abstract]:Acinetobacter baumannii (Acinetobacter baumannii) has become the most common pathogenic bacteria in hospitals, and the drug resistance of Acinetobacter baumannii. LpxC as a new antimicrobial target has been extensively studied. However, the LpxC crystal of Acinetobacter baumannii has not been obtained, and the drug design based on its structure can not be carried out. The LpxC structural model of Acinetobacter baumannii was obtained by homologous modeling using LpxC crystal structure of Pseudomonas aeruginosa as template. Good Ramachandran plot distribution and Profile-3D results verify the rationality of the model. The LpxC model of Acinetobacter baumannii was optimized by molecular dynamics simulation to repair some unreasonable conformation. The results of subsequent molecular docking showed that the S-type benzoxyacetyl hydroxamic acid inhibitors could bind more effectively to the shallow pockets of F191 H237 and K238 than R configuration molecules, which may be the main reason for the higher activity of S-configuration inhibitors. The simulation results are in good agreement with the experimental data.
【作者單位】： 成都大學(xué)四川抗菌素工業(yè)研究所藥食同源植物資源開發(fā)四川省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;樂山師范學(xué)院化學(xué)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(11247018) 四川省教育廳科研重點(diǎn)資助項(xiàng)目(12ZA066) 樂山市科技計(jì)劃項(xiàng)目(14SZD018)
【分類號】：R378

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本文編號：1902176