本文選題：B細(xì)胞表位 + 多肽鏈��； 參考：《東北師范大學(xué)》2012年碩士論文

【摘要】：在免疫學(xué)領(lǐng)域，B細(xì)胞表位預(yù)測作為一個核心的問題在近些年被深入的討論。B細(xì)胞表位是在抗原表面的一個可以被B細(xì)胞表面受體特異性識別并引發(fā)機(jī)體免疫的表面區(qū)域。它在疫苗研制、分子識別領(lǐng)域中都有很高的研究價(jià)值。然而由于鑒定表位的主要手段X射線晶體衍射和核磁共振方法周期很長、成本很高，目前只有一少部分的表位被鑒定出來。因此通過計(jì)算的方法預(yù)測表位被廣泛的應(yīng)用于表位鑒定中。該研究的重點(diǎn)是如何利用模擬表位信息準(zhǔn)確的預(yù)測表位。 在生存壓力下，位于抗原表面的B細(xì)胞表位為了避免被抗體識別、特異性結(jié)合，構(gòu)成表位的氨基酸進(jìn)化得更快。因而與其它的蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)相互作用區(qū)域相比，表位具有較低的保守型。另外一些研究表明一個抗原表面上可能存在多個潛在的表位，但是哪個表位起作用決定于發(fā)生作用的抗體。為了解決這一復(fù)雜問題，，一種基于實(shí)驗(yàn)獲取的多肽鏈的表位預(yù)測方法被提出。這些實(shí)驗(yàn)篩選獲得的多肽鏈由于并認(rèn)為與真實(shí)表位具有功能等價(jià)性，也稱作模擬表位。因此，基于模擬表位的預(yù)測方法的主要是思路就是將模擬表位映射到抗原表面相似的區(qū)域，從而找到真實(shí)表位。 模擬表位映射的方法有很多，本文嘗試使用并改進(jìn)了現(xiàn)有的圖搜索模型。該算法采用了可變的距離閾值和緊湊因子來定義由抗原表面氨基酸構(gòu)成的頂點(diǎn)間的連接，從而更好的描述抗原表面氨基酸相互作用的靈活性；優(yōu)化了原有模型。此外本文還首次引入劃分思想，通過表面補(bǔ)丁將抗原表面氨基酸劃分成為一些連續(xù)的集合，從而降低了搜索的復(fù)雜度，提高了搜索的效率。在包含17個數(shù)據(jù)的測試集上，該算法與同類算法相比表現(xiàn)出了更高的敏感性和準(zhǔn)確性。此外，該算法還具有最高的時間效率。 在此基礎(chǔ)之上，本文還提出了軟件融合的思想來進(jìn)一步提高預(yù)測的性能。通過分析判斷多個軟件的預(yù)測結(jié)果，集成的軟件可以判斷出獨(dú)立的軟件預(yù)測的可靠性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示集成的軟件與每個軟件相比具有更高的特異性和準(zhǔn)確性。此外，通過分析發(fā)現(xiàn)，預(yù)測結(jié)果的一致性與預(yù)測的可靠性呈現(xiàn)出明顯的正相關(guān)。為了方便使用和進(jìn)一步驗(yàn)證該方法，該集成軟件被部署為一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的軟件，鏈接為http://informatics.nenu.edu.cn。
[Abstract]:The prediction of B cell epitopes as a core issue in immunology has been discussed in depth in recent years. B cell epitopes are a surface region on the surface of antigen that can be specifically recognized by B cell surface receptors and trigger immunity. It has high research value in the field of vaccine development and molecular recognition. However, due to the long period and high cost of X-ray crystal diffraction and nuclear magnetic resonance methods, only a few epitopes have been identified. Therefore, the predicted epitopes are widely used in epitope identification. This study focuses on how to accurately predict epitopes using analog epitope information. Under survival pressure, B cell epitopes located on the surface of antigens evolve faster in order to avoid being recognized and specifically bound by antibodies. Therefore, the epitope has a lower conserved type than other protein and protein interaction regions. Other studies have shown that multiple potential epitopes may exist on the surface of an antigen, but which epitope acts depends on the antibody that acts. In order to solve this complex problem, an epitope prediction method based on experimental polypeptide chain was proposed. The polypeptide chains obtained by these experiments are also known as analog epitopes due to their functional equivalence with real epitopes. Therefore, the main idea of the analog epitope prediction method is to map the analog epitopes to the similar regions on the surface of the antigen, so as to find the real epitopes. There are many methods to simulate epitope mapping. This paper tries to use and improve the existing graph search model. In this algorithm, variable distance threshold and compact factor are used to define the connection between the peaks composed of amino acids on the surface of antigen, so that the flexibility of describing the interaction of amino acids on the surface of antigen is better, and the original model is optimized. In addition, the partition idea is introduced for the first time, and the amino acid on the surface of antigen is divided into some successive sets by surface patch, which reduces the complexity of search and improves the efficiency of search. On the test set containing 17 data, the algorithm is more sensitive and accurate than the similar algorithm. In addition, the algorithm also has the highest time efficiency. On this basis, this paper also proposes the idea of software fusion to further improve the performance of prediction. By analyzing and judging the prediction results of multiple software, the integrated software can judge the reliability of independent software prediction. Experimental results show that the integrated software is more specific and accurate than each software. In addition, it is found that the consistency of prediction results is positively correlated with the reliability of prediction. To facilitate the use and further validation of the method, the integrated software is deployed as a network service software linked to http: / / informatics.nenu.edu.cn.
【學(xué)位授予單位】：東北師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號】：R392

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 李天群,雷家慧,姜昌富;囊蟲抗原模擬表位的篩選和序列分析[J];中國人獸共患病雜志;2004年11期

2 曹鳳!610041成都,史宣玲,杜勇,侯利華,季陽,王海濤;丙型肝炎病毒E1蛋白的模擬表位研究[J];中華肝臟病雜志;2001年04期

3 潘虹,姜昌富,李天群,時紅波,朱曉華,雷家慧,魏蘭英;旋毛蟲抗原模擬表位抗原性的鑒定[J];中國人獸共患病雜志;2004年04期

4 鐘彥偉,成軍,陳新華,王剛,洪源,王琳,李莉,張玲霞,陳菊梅;應(yīng)用噬菌體隨機(jī)肽庫技術(shù)篩選丙肝病毒NS3抗原模擬表位[J];中國病毒學(xué);2002年03期

5 成軍;丙型肝炎病毒致病的分子生物學(xué)機(jī)制[J];解放軍醫(yī)學(xué)雜志;2003年01期

6 鐘彥偉,成軍,陳新華,王剛,洪源,王琳,李莉,張玲霞,陳菊梅;丙型肝炎病毒非結(jié)構(gòu)蛋白NS4A抗原模擬表位的篩選和鑒定[J];免疫學(xué)雜志;2002年05期

7 郭長存,丁杰,喻召才,韓全利,孟繁平,劉娜,樊代明;胃癌MG_7-Ag模擬表位口服DNA疫苗的研制[J];中華腫瘤雜志;2002年02期

8 袁仕善,易新元,曾憲芳,王敏,張順科,Larry Mc Reynolds;日本血吸蟲成蟲67kD抗原模擬表位的篩選及其免疫原性[J];中國熱帶醫(yī)學(xué);2002年04期

9 鐘彥偉 ,成軍,王剛 ,田小軍 ,陳新華 ,劉妍,李莉 ,張玲霞 ,陳菊梅;丙型肝炎病毒非結(jié)構(gòu)蛋白NS_5抗原模擬表位的篩選和鑒定[J];中華肝臟病雜志;2002年04期

10 鐘彥偉,成軍,王剛,洪源,王琳,李莉,張玲霞,陳菊梅;應(yīng)用噬菌體表面展示技術(shù)篩選丙型肝炎病毒核心蛋白抗原模擬表位[J];解放軍醫(yī)學(xué)雜志;2003年01期

相關(guān)會議論文 前10條

1 徐立;樊代明;金伯泉;;胃癌相關(guān)抗原MG7模擬表位的篩選及鑒定[A];西部大開發(fā) 科教先行與可持續(xù)發(fā)展——中國科協(xié)2000年學(xué)術(shù)年會文集[C];2000年

2 張揚(yáng);焦新安;劉文博;潘志明;高崧;張如寬;劉秀梵;;利用噬菌體展示肽庫篩選和鑒定沙門氏菌O9抗原的模擬表位[A];中國免疫學(xué)會第四屆學(xué)術(shù)大會會議議程及論文摘要集[C];2002年

3 金洪濤;金寧一;李臻;藺祥清;;表位及多表位疫苗的研究進(jìn)展[A];第六屆全國會員代表大學(xué)暨第11次學(xué)術(shù)研討會論文集（上）[C];2005年

4 孫林;焦新安;劉文博;潘志明;劉秀梵;;從噬菌體隨機(jī)十二肽庫中篩選新城疫病毒血凝素—神經(jīng)氨酸酶模擬表位[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜傳染病學(xué)分會成立20周年慶典暨第十次學(xué)術(shù)研討會論文集（下）[C];2003年

5 王欣之;傅志強(qiáng);石耀軍;劉金明;林矯矯;蔡幼民;;噬菌體展示日本血吸蟲模擬表位合成肽的免疫保護(hù)性研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜寄生蟲學(xué)分會第九次學(xué)術(shù)研討會論文摘要集[C];2006年

6 楊華;周新剛;丁元生;唐宇龍;馬占忠;秦蓮花;胡忠義;;結(jié)核分枝桿菌CFP-10-ESAT-6融合蛋白模擬表位的篩選研究[A];2007年中國防癆協(xié)會全國學(xué)術(shù)會議論文集[C];2007年

7 顏玲娣;宮澤輝;高亞萍;柳川;秦伯益;;嗎啡的抗原模擬表位篩選及其初步的結(jié)構(gòu)功能研究[A];第七屆全國藥物依賴性學(xué)術(shù)會議論文摘要匯編[C];2003年

8 楊喬欣;馬文煜;余穎;任君萍;黎志東;;單純皰疹病毒囊膜糖蛋白模擬短肽的篩選[A];新世紀(jì) 新機(jī)遇 新挑戰(zhàn)——知識創(chuàng)新和高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展（上冊）[C];2001年

9 王祥衛(wèi);葉鋼;張遠(yuǎn)寧;康俊;;負(fù)載MUC1模擬表位肽疫苗實(shí)驗(yàn)研究[A];2010’全國腫瘤分子標(biāo)志及應(yīng)用學(xué)術(shù)研討會暨第五屆中國中青年腫瘤專家論壇論文匯編[C];2010年

10 陳麗萍;李端;賈戰(zhàn)生;;丙型肝炎病毒B細(xì)胞表位與中和抗體的研究現(xiàn)狀[A];中華醫(yī)學(xué)會第四次全國艾滋病、病毒性丙型肝炎暨全國熱帶病學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2009年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 何慶華;基于模擬表位的玉米赤霉烯酮全抗原生物合成及其免疫學(xué)檢測性能的研究[D];南昌大學(xué);2012年

2 張亮;抗角蛋白抗體特異識別的角蛋白模擬表位的研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2001年

3 曾q諢

本文編號：1857232