本文關(guān)鍵詞： 日本血吸蟲 熒光原位雜交 細菌人工染色體 C帶 基因組物理圖譜 中期染色體 序列分析　出處：《中國疾病預防控制中心》2011年碩士論文　論文類型：學位論文

【摘要】：[目的]應用熒光原位雜交技術(shù)構(gòu)建日本血吸蟲基因組物理圖譜草圖,明確日本血吸蟲BAC克隆在日本血吸蟲染色體上的定位,獲取更多相關(guān)信息,探尋定位在性染色體上的BAC克隆,為新的潛在藥物和候選疫苗靶點提供線索,為日本血吸蟲精細測序提供基礎,為改善現(xiàn)有日本血吸蟲藥物靶點和疫苗研究現(xiàn)況提供幫助。 [方法]從日本血吸蟲細菌人工染色體克隆文庫中,隨機挑選100個細菌人工染色體單克隆,抽提獲得這100個細菌人工染色體克隆DNA。以安徽貴池陽性釘螺為原料,制備獲得日本血吸蟲中期染色體玻片。采用C顯帶方法識別日本血吸蟲8對染色體,并計算20個日本血吸蟲染色體分裂相中所有染色體的相對長度和臂比值。采用熒光原位雜交方法或雙色熒光原位雜交方法,將隨機挑選的100個日本血吸蟲BAC克隆DNA標記生物素或地高辛作為探針,先與日本血吸蟲中期染色體進行雜交,后與FITC-親和素或羅丹明-抗地高辛抗體結(jié)合,最后經(jīng)DAPI熒光染料復染,觀察BAC克隆在日本血吸蟲中期染色體上的定位。采用雙色熒光原位雜交方法,將分屬于9個重疊群支架(supercontig)的20個BAC克隆定位在日本血吸蟲染色體上。選擇9個經(jīng)全序列測序的BAC克隆,用生物學信息分析軟件進行基因預測和基因注釋分析。 [結(jié)果]抽提獲得隨機挑選的100個BAC克隆DNA,并預測BAC克隆大小主要集中在75kb-140kb之間。以日本血吸蟲陽性釘螺為原料,制備獲得300張日本血吸蟲中期染色體玻片。計算日本血吸蟲染色體臂比值,得到日本血吸蟲核型公式為：2n=6m+6st+4sm(ZZ)和2n=5m+6st+5sm(ZW)。日本血吸蟲染色體經(jīng)C帶分析,獲得日本血吸蟲8對染色體C帶模式圖。采用熒光原位雜交技術(shù)或雙色熒光原位雜交技術(shù)將隨機挑選的100個BAC克隆中的97個BAC克隆分別定位在日本血吸蟲7對常染色體和1對性染色體上,其中有22個定位在1號染色體；各有14個定位在2號和3號染色體；有9個定位在4號染色體；各有3個定位在5號、6號和7號染色體；有38個定位在2條性染色體。應用雙色熒光原位雜交技術(shù)驗證并非所有屬于同一個supercontig的BAC克隆都定位在相同染色體的同一部位。預測9個經(jīng)全長測序的BAC克隆所含的基因和其功能,并選擇蛋白長度大于90個氨基酸的序列進行翻譯,發(fā)現(xiàn)每個BAC克隆包含12-25個不等的蛋白序列。 [結(jié)論]采用熒光原位雜交和雙色熒光原位雜交技術(shù),首次構(gòu)建日本血吸蟲基因組物理圖譜。日本血吸蟲有7對常染色體和1對性染色體,按染色體大小,將這8對染色體分為3組：第一組為1號染色體和性染色體；第二組為2號、3號和4號染色體；第三組為5號、6號和7號染色體。按染色體臂比值計算結(jié)果,獲得日本血吸蟲染色體核型公式為2n=6m+6st+4smm(ZZ)和2n=5m+6st+5sm(ZW),初步認為日本血吸蟲性染色體Z屬于中部著絲粒染色體,W屬于亞中部著絲粒染色體,不屬于亞端部著絲粒染色體,與曼氏血吸蟲性染色體不同。明確從基因組文庫中隨機挑選的97個BAC克隆在日本血吸蟲8對染色體上的定位,其中有38個BAC克隆定位在日本血吸蟲性染色體,這些BAC克隆的序列信息可為今后尋找新的潛在的藥物靶點和疫苗靶點提供線索。對于前期基因組草圖研究中獲得的supercontig,本研究應用雙色熒光原位雜交技術(shù)驗證并非所有同屬于一個supercontig的BAC克隆都定位在同一個染色體的相同或相近部位,說明日本血吸蟲基因組草圖拼裝方法有待改進。用生物學信息軟件分析了9個BAC克隆序列,并預測每個BAC克隆包含12-25個不等的蛋白序列及其功能,為將來目的基因信息挖掘提供幫助。
[Abstract]:......
【學位授予單位】：中國疾病預防控制中心
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2011
【分類號】：R346

【參考文獻】

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