本文關(guān)鍵詞： 噬菌體 質(zhì)粒 病原菌 CRISPR 間隔序列　出處：《揚州大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版)》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：成簇的規(guī)律間隔短回文重復(fù)序列(CRISPR)是大多數(shù)細菌和古菌在生存壓力下進化出的一套抵抗噬菌體干擾的防御系統(tǒng)。采用生物信息學(xué)方法,首先根據(jù)VFDB、PHI-base和NMPDR病原菌數(shù)據(jù)庫確定了CRISPR數(shù)據(jù)庫中2 612株細菌中的549株植物、動物及人體病原菌菌株,然后對病原菌菌株和總菌株的CRISPR結(jié)構(gòu)進行比較分析。結(jié)果表明:病原菌菌株中含有CRISPR結(jié)構(gòu)的菌株比例為48.5%,略高于總菌株中的比例;但間隔序列的數(shù)量在總菌株和病原菌菌株中的差異顯著,病原菌菌株間隔序列分布情況均低于細菌的平均水平;病原菌菌株CRISPR結(jié)構(gòu)中病毒來源的間隔序列比質(zhì)粒來源所占比例大。通過對病原菌CRISPR結(jié)構(gòu)的分析,為進一步理解病原菌的生活和動植物宿主菌的獲得性免疫防御系統(tǒng)提供了理論指導(dǎo)。
[Abstract]:Cris PRR, a regular cluster of short palindrome repeats, is a system of defense against phage interference developed by most bacteria and archaea under survival pressure, using bioinformatics, First of all, 549 strains of plant, animal and human pathogens were identified in CRISPR database according to PHI-base and NMPDR pathogenic bacteria database. Then the CRISPR structure of pathogen strain and total strain were compared and analyzed. The results showed that the proportion of pathogen strain with CRISPR structure was 48.5, which was slightly higher than that of total strain. However, the number of spacer sequences was significantly different between the total strains and the pathogenic strains, and the distribution of the spacer sequences of the pathogens was lower than the average level of the bacteria. The spacer sequence of the virus source in the CRISPR structure of the pathogen strain was larger than that of the plasmid source. The CRISPR structure of the pathogen strain was analyzed. It provides theoretical guidance for further understanding the life of pathogens and the acquired immune defense system of plant and animal host bacteria.
【作者單位】： 揚州大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院;
【基金】：國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃項目(973-2015CB150503)
【分類號】：R37

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前2條

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【共引文獻】

相關(guān)期刊論文 前3條

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【二級參考文獻】

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本文編號：1524212