本文關(guān)鍵詞：人類K562細(xì)胞系中組蛋白修飾的調(diào)控分析　出處：《內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版)》2017年06期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 組蛋白修飾 致癌基因 抑癌基因 GO分析

【摘要】：利用10種組蛋白修飾和1種組蛋白變體的ChIP-seq數(shù)據(jù),統(tǒng)計了K562細(xì)胞系和GM12878細(xì)胞系中11種組蛋白修飾在癌基因啟動子區(qū)域的分布.比較了兩個細(xì)胞系中致癌基因和抑癌基因啟動子區(qū)域的組蛋白修飾分布密度,并計算了11種組蛋白修飾與基因表達(dá)的相關(guān)性,分別在致癌基因和抑癌基因中構(gòu)建了組蛋白修飾和基因表達(dá)的多元線性回歸方程,從而發(fā)現(xiàn)K562細(xì)胞系中癌癥發(fā)生過程中組蛋白修飾的調(diào)控特征.最后對K562細(xì)胞系中超級增強子調(diào)控的致癌基因和抑癌基因進(jìn)行GO功能分析,研究這些基因的生物學(xué)功能,進(jìn)一步找出K562細(xì)胞系中癌癥發(fā)生的5個關(guān)鍵基因GATA1、GATA2、H3F3B、LYL1和SH_2B3.
[Abstract]:The ChIP-seq data of 10 histone modifications and 1 histone variant were used. The distribution of 11 histone modifications in oncogene promoter region of K562 cell line and GM12878 cell line was analyzed. The histone of oncogene and suppressor gene promoter was compared between the two cell lines. Modified distribution density. The correlation between histone modification and gene expression was calculated. The multivariate linear regression equations of histone modification and gene expression were constructed in oncogene and tumor suppressor gene respectively. Finally, the oncogenes and tumor suppressor genes regulated by super enhancer in K562 cell line were analyzed by go. By studying the biological function of these genes, five key genes of carcinogenesis in K562 cell line, GATA1, GATA2H3F3BNLYL1 and SH2B3, were further identified.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古大學(xué)物理科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項目(31460234,11647310)
【分類號】：R3416
【正文快照】： 組蛋白修飾是表觀遺傳學(xué)中的重要內(nèi)容之一,組蛋白修飾受到多種共價修飾,包括甲基化和乙�；�,它們主要發(fā)生在N的末端,并且它們能夠影響基因的轉(zhuǎn)錄[1].組蛋白修飾主要包括分化、發(fā)育和癌癥兩個研究領(lǐng)域.而癌癥是一種多因素控制的復(fù)雜性疾病,它的發(fā)生不僅受到基因突變的影響,還受

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本文編號：1375024