研究目的結(jié)腸腺癌(Colon Adenocarcinoma,COAD)是結(jié)直腸癌(Colorectal Cancer,CRC)中最常見的病理類型,早期診斷、及時干預(yù)以提高COAD患者的生存率是臨床面臨的一個挑戰(zhàn)。代謝改變是癌癥的特征之一。本研究通過生物信息學(xué)方法,基于公共數(shù)據(jù)庫中COAD患者轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)和代謝相關(guān)基因,構(gòu)建代謝相關(guān)ce RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和預(yù)后模型,以期找到對COAD發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后有影響的潛在生物標志物和相關(guān)的作用機制,發(fā)現(xiàn)COAD代謝相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組特征。研究方法從TCGA數(shù)據(jù)庫和GEO數(shù)據(jù)庫中下載COAD的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),根據(jù)來自MSig DB數(shù)據(jù)庫的代謝基因,通過差異分析獲得與COAD相關(guān)的差異代謝基因,并通過基因功能富集分析和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)獲取核心基因。從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲取COAD的lnc RNA和mi RNA數(shù)據(jù),分別進行差異分析后,結(jié)合前述所得差異代謝基因,通過mi Rcode、star Base、mi RDB、mi RTar Base、Target Scan等數(shù)據(jù)庫獲取差異lnc RNA和差異mi RNA關(guān)系對、差異mi RNA和差異代謝基因關(guān)系對,并通過cytosc...

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1研究路線圖

山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文9在第四章中，采用單因素Cox回歸分析、最小絕對收縮和選擇算子（LASSO）Cox回歸分析和多因素Cox回歸分析，篩選預(yù)后代謝基因、構(gòu)建代謝預(yù)后模型。根據(jù)K-M生存分析、風(fēng)險評分與生存狀態(tài)分布關(guān)系分析、獨立預(yù)后分析、受試者工作特征曲線下面積（AUROC）以....

圖2-1代謝基因表達矩陣（部分）

山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文1mRNA表達矩陣后，用于后續(xù)分析。在GEO數(shù)據(jù)庫中進行檢索和篩選，最終確定GSE39582數(shù)據(jù)集進行后續(xù)分析。該數(shù)據(jù)集使用GPL570平臺，來源于法國國家癌癥聯(lián)盟的CIT計劃，于2012年7月23日首次提交，最近更新日期為2021年6月18日。該數(shù)據(jù)集包....

圖2-2差異代謝基因的分布情況

山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文1正后P＜0.05為條件，篩選得到71個差異表達的代謝基因，包括28個上調(diào)基因和43個下調(diào)基因（圖2-2）。圖2-2差異代謝基因的分布情況2.2.3結(jié)腸腺癌差異代謝基因的功能富集分析利用clusterProfiler軟件包對差異代謝基因進行功能富集分析，篩....

圖2-3差異代謝基因富集數(shù)目最多的前10個BP、CC和MF條目

山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文1圖2-3差異代謝基因富集數(shù)目最多的前10個BP、CC和MF條目圖2-4按代謝基因富集數(shù)目排名前30的KEGG信號通路2.2.4差異代謝基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及核心基因篩選利用STRING數(shù)據(jù)庫對71個差異代謝基因構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，以可信度＞0.4為閾值，....

本文編號：4029974