目前,識(shí)別藥物-靶點(diǎn)相互作用(Drug-Target Interactions,DTIs)已成為多藥學(xué)、藥物重定位、藥物發(fā)現(xiàn)、副作用預(yù)測(cè)和藥耐性等認(rèn)知領(lǐng)域的重要前提條件。其次,針對(duì)未發(fā)現(xiàn)的藥物-靶點(diǎn)相互作用生化實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)涉及到大量的成本、時(shí)間和挑戰(zhàn)性的工作,使得藥物-靶點(diǎn)對(duì)的實(shí)驗(yàn)和確認(rèn)一直是許多藥物研究的重大挑戰(zhàn)。用于DTIs的自動(dòng)預(yù)測(cè)方法不僅能為藥物作用機(jī)制提供寶貴意見,還可以節(jié)省巨大的資源成本。然而現(xiàn)有的許多方法只使用有限數(shù)量的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)集實(shí)現(xiàn)預(yù)測(cè)任務(wù),除了已經(jīng)存儲(chǔ)在各種數(shù)據(jù)庫(kù)中的已知藥物靶點(diǎn)外,非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)中還隱藏著大量未知的藥物-靶點(diǎn)相互作用。因此,本文提出融合注意力與醫(yī)學(xué)知識(shí)圖譜的多關(guān)系預(yù)測(cè)方法(Drug Target Prediction Based Medical Knowledge Graph and Attention Network,DITGAT)。首先確立以藥物數(shù)據(jù)集為中心的非結(jié)構(gòu)化文本數(shù)據(jù)集,并選擇與藥物數(shù)據(jù)集相關(guān)聯(lián)的基因數(shù)據(jù)集和生物文獻(xiàn)數(shù)據(jù)集作為補(bǔ)充,使用醫(yī)學(xué)實(shí)體和關(guān)系抽取工具獲得醫(yī)學(xué)三元組并構(gòu)建醫(yī)學(xué)知識(shí)圖譜。然后利用空間嵌入模型初始化知識(shí)圖譜中實(shí)體與關(guān)系、實(shí)...

【文章頁(yè)數(shù)】：53 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２．！知識(shí)圖譜構(gòu)建方法??－８－??

方法和蛋白質(zhì)組學(xué)方法［＃。這些傳統(tǒng)方法受限??于對(duì)實(shí)驗(yàn)操作和可用資源的依賴，只能處理有限數(shù)量的可能藥物和靶點(diǎn)。而計(jì)算預(yù)測(cè)方法憑借圖??結(jié)構(gòu)和相似性度量的算法大幅提升了傳統(tǒng)方法的效率問題，但其受限于算法本身，仍然具有很高??的計(jì)算復(fù)雜度。作為替代，利用現(xiàn)有的藥物靶點(diǎn)知識(shí)圖譜，將藥物....

圖２．２知識(shí)圖譜構(gòu)建過(guò)程??２．３數(shù)據(jù)選擇依據(jù)及來(lái)源??

寧夏大學(xué)碩士學(xué)位論文?第二章構(gòu)建醫(yī)學(xué)知識(shí)圖譜??在非結(jié)構(gòu)化的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)中，大多數(shù)知識(shí)是分散的、自治的、異構(gòu)的，而不是一個(gè)整體，??這源于網(wǎng)絡(luò)的分散式結(jié)構(gòu)。在構(gòu)建知識(shí)圖譜的過(guò)程中，若只采用結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)作為知識(shí)源，通常無(wú)??法滿足構(gòu)建需求，需要挖掘非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)中潛在的知識(shí)作為補(bǔ)充。由....

圖２．４醫(yī)學(xué)知識(shí)抽取過(guò)程??２．５．１統(tǒng)一醫(yī)學(xué)語(yǔ)言系統(tǒng)??

寧夏大學(xué)碩士學(xué)位論文?第二章構(gòu)建醫(yī)學(xué)知識(shí)圖譜??ＤｒｕｇＢａｎｋ數(shù)據(jù)庫(kù)中提供了鏈接至其他數(shù)據(jù)庫(kù)的字段，包括藥物描述的ＰｕｂＭｅｄ數(shù)據(jù)庫(kù)、藥物??作用基因的ＫＥＧＧ數(shù)據(jù)庫(kù)等，以這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)為例，鏈接分析如圖２．?３所示，本文以ＤｍｇＢａｎｋ??數(shù)據(jù)庫(kù)為出發(fā)點(diǎn)，首先提�。模颍酰纾拢幔�....

圖２．３不同源數(shù)據(jù)庫(kù)的關(guān)聯(lián)關(guān)系??２．５醫(yī)學(xué)關(guān)系提取??

寧夏大學(xué)碩士學(xué)位論文?第二章構(gòu)建醫(yī)學(xué)知識(shí)圖譜??ＤｒｕｇＢａｎｋ數(shù)據(jù)庫(kù)中提供了鏈接至其他數(shù)據(jù)庫(kù)的字段，包括藥物描述的ＰｕｂＭｅｄ數(shù)據(jù)庫(kù)、藥物??作用基因的ＫＥＧＧ數(shù)據(jù)庫(kù)等，以這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)為例，鏈接分析如圖２．?３所示，本文以ＤｍｇＢａｎｋ??數(shù)據(jù)庫(kù)為出發(fā)點(diǎn)，首先提�。模颍酰纾拢幔�....

本文編號(hào)：3953269