本文關(guān)鍵詞：山羊MEF2C基因選擇性剪接鑒定及其單核苷酸多態(tài)性與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：肌細(xì)胞增強(qiáng)因子2C(Myocyte Enhancer Factor 2C, MEF2C)屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子MADS-Box家族下屬的MEF2基因家族,廣泛存在于心肌、骨骼肌和平滑肌中,通過控制肌細(xì)胞分化過程中的基因轉(zhuǎn)錄參與肌肉形成,但家畜尤其是山羊MEF2C基因的可變剪接體有待研究。本研究以南江黃羊?yàn)樵囼?yàn)材料,克隆了山羊MEF2C基因的選擇性剪接體,并采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法檢測(cè)MEF2C基因的選擇性剪接體的時(shí)空表達(dá)情況。同時(shí),我們測(cè)序檢測(cè)MEF2C外顯子的單核苷酸多態(tài)性,并進(jìn)行了部分位點(diǎn)基因型與南江黃羊生長性狀的關(guān)聯(lián)分析。主要結(jié)果如下：(1)克隆獲得山羊MEF2C基因的三個(gè)選擇性剪接體：MEF2C-AS1、MEF2C-AS2和MEF2C-AS3,分別編碼433、431和385個(gè)氨基酸。其中MEF2C-AS1缺失第7外顯子；MEF2C-AS2缺失第6外顯子；而MEF2C-AS3同時(shí)缺失第6和第7外顯子。(2) MEF2C-AS1、MEF2C-AS2和MEF2C-AS3 mRNA在半膜肌和背最長肌中表達(dá)量較高,而在心肌中表達(dá)量較低。隨著羔羊的生長,MEF2C-AS1在心肌中的表達(dá)量呈升高的趨勢(shì),MEF2C-AS2和MEF2C-AS3在心肌中的表達(dá)量呈下降的趨勢(shì)。(3)山羊MEF2C基因的第4個(gè)外顯子、第8個(gè)外顯子中分別發(fā)現(xiàn)1個(gè)突變位點(diǎn)(C61T和C715T),在第14外顯子發(fā)現(xiàn)6個(gè)突變位點(diǎn)(C4114T, A4486G, A4728C, C4869T, C5044T和A6658G)。對(duì)A4486G, A4728C, C4869T, C5044T四個(gè)位點(diǎn)在南江黃羊群體(n=215)中的多態(tài)性分析,發(fā)現(xiàn)A4486G位點(diǎn)處于低度多態(tài)(PIC0.25),其余三個(gè)位點(diǎn)均處于中度多態(tài)(0.25PIC0.5),但都處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。(4)對(duì)南江黃羊MEF2C基因多態(tài)性與生長性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,發(fā)現(xiàn)在A4728C位點(diǎn)和C4869T位點(diǎn)為CC基因型公羊體高分別在2月齡和6月齡高于其他基因型。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)四個(gè)位點(diǎn)的H4H5雙倍型(CTAATTCC)母羊的初生體重顯著高于H2H5雙倍型個(gè)體(CCACCTCC)個(gè)體(P0.05)。(5)各生長階段南江黃羊的體長、體高和胸圍對(duì)體重有極顯著的影響,其中胸圍對(duì)體重的影響作用最大,且主要通過直接作用影響體重。其中用胸圍數(shù)據(jù)以生長曲線模型(y=e(a+bx))對(duì)體重的估測(cè)最為準(zhǔn)確。
【關(guān)鍵詞】：南江黃羊 MEF2C基因 選擇性剪接 單核苷酸多態(tài)性
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S827
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 符號(hào)說明8-11
• 前言11
• 1 文獻(xiàn)綜述11-18
• 1.1 MEF2C結(jié)構(gòu)和基因定位11-12
• 1.2 MEF2C的組織表達(dá)12
• 1.3 MEF2C的生物學(xué)功能12-13
• 1.4 MEF2C選擇性剪接體的種類13-14
• 1.5 MEF2C剪接體的表達(dá)及分布14-15
• 1.6 MEF2C剪接變異體的功能15-16
• 1.7 MEF2C可變剪接在在畜禽中的研究16-17
• 1.8 MEF2C基因的多態(tài)性研究進(jìn)展17
• 1.9 南江黃羊養(yǎng)殖研究17-18
• 1.10 本研究的目的及意義18
• 2 試驗(yàn)材料與方法18-29
• 2.1 試驗(yàn)材料18-21
• 2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物與組織樣品采集18-19
• 2.1.2 儀器與試劑19-21
• 2.2 試驗(yàn)方法21-29
• 2.2.1 總RNA的提取及反轉(zhuǎn)錄21-22
• 2.2.2 MEF2C基因的可變剪接體鑒定22-23
• 2.2.3 山羊MEF2C基因三個(gè)剪接體的表達(dá)研究23-26
• 2.2.4 山羊MEF2C基因的單核苷酸多態(tài)性研究26-28
• 2.2.5 南江黃羊生長性狀的分析28-29
• 3 結(jié)果與分析29-49
• 3.1 總RNA提取結(jié)果29
• 3.2 山羊MEF2C基因選擇性剪接體的序列分析29-33
• 3.2.1 RT-PCR擴(kuò)增29
• 3.2.2 山羊MEF2C基因選擇性剪接體的測(cè)序結(jié)果29-30
• 3.2.3 山羊MEF2C基因選擇性剪接體蛋白理化性質(zhì)預(yù)測(cè)30-31
• 3.2.4 山羊MEF2C基因選擇性剪接體蛋白磷酸化分析31
• 3.2.5 山羊MEF2C基因選擇性剪接體蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)31-32
• 3.2.6 MEF2C基因剪接體系統(tǒng)發(fā)育樹分析32
• 3.2.7 山羊MEF2C基因剪接體保守結(jié)構(gòu)域的預(yù)測(cè)32-33
• 3.3 山羊MEF2C基因選擇性剪接體的表達(dá)研究33-36
• 3.3.1 實(shí)時(shí)熒光定量PCR引物驗(yàn)證33-34
• 3.3.2 山羊MEF2C基因選擇性剪接體的組織表達(dá)差異34-36
• 3.4 山羊MEF2C基因的多態(tài)檢測(cè)36-47
• 3.4.1 山羊基因組DNA的質(zhì)量檢測(cè)36
• 3.4.2 PCR擴(kuò)增結(jié)果36
• 3.4.3 測(cè)序結(jié)果與分析36-37
• 3.4.4 不同基因型(基因)頻率的分布與遺傳特性分析37-38
• 3.4.5 單倍型分析與連鎖不平衡檢測(cè)38-39
• 3.4.6 突變位點(diǎn)基因型與部分生長性狀的關(guān)聯(lián)分析39-47
• 3.5 南江黃羊部分體尺性狀與體重的曲線擬合及通徑分析47-49
• 4 討論49-51
• 4.1 山羊MEF2C基因的剪接模式49
• 4.2 山羊MEF2C基因剪接體組織表達(dá)49-50
• 4.3 MEF2C基因外顯子中的變異50
• 4.4 MEF2C與南江黃羊生長性狀的關(guān)系50-51
• 4.5 南江黃羊胸圍是影響體重的重要指標(biāo)51
• 5 結(jié)論51-53
• 參考文獻(xiàn)53-56
• 致謝56-57
• 附錄57-59

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  本文關(guān)鍵詞：山羊MEF2C基因選擇性剪接鑒定及其單核苷酸多態(tài)性與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：418296