蓮為多年水生草本植物,也是一種重要的經(jīng)濟(jì)植物。蓮在中國南北各地被廣泛種植,武漢、杭州等地的品種尤多。根據(jù)蓮各部位的用途可以將蓮分為:根莖蓮,種子蓮和花蓮。蓮藕是蓮的貯藏器官也是它的主要經(jīng)濟(jì)器官,了解其發(fā)育機(jī)理,將為蓮栽培與育種提供理論依據(jù)。蓮藕的發(fā)育是一個復(fù)雜的過程,它可以分為四個階段:匍匐莖階段(在單一方向上伸長),初始腫脹階段(縱向生長停止并開始增加周長),中間腫脹階段(根莖繼續(xù)腫脹,并且淀粉逐漸積累),后來膨大階段(根莖停止增大,淀粉迅速積累)。盡管蓮藕膨大機(jī)制受到了極大關(guān)注,但其分子形成機(jī)理仍沒有得到解析,膨大基因也難以挖掘。目前,最常用的膨大相關(guān)基因挖掘方法是從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)入手,根據(jù)基因表達(dá)量的變化找出差異表達(dá)基因。但是,該方法通常忽略了在蓮藕膨大過程中表達(dá)量變化小而起至關(guān)重要作用的基因。在本研究中,我們通過蓮不同組織以及蓮藕各階段的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),應(yīng)用樣本特異性網(wǎng)絡(luò)分析方法,挖掘了蓮藕膨大的關(guān)鍵基因。首先,從NCBI數(shù)據(jù)庫下載蓮11個不同組織以及蓮藕匍匐期、中間腫脹期、后來膨大期三個發(fā)育時期的測序數(shù)據(jù)。其次,應(yīng)用HISAT2將reads比對到參考基因組上,SringTie組裝...

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 研究背景及意義
        1.1.1 蓮藕
        1.1.2 系統(tǒng)生物學(xué)
        1.1.3 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)
    1.2 研究現(xiàn)狀
        1.2.1 蓮藕
        1.2.2 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)
        1.2.3 植物貯藏器官膨大
第2章 材料與方法
    2.1 課題研究所需的組學(xué)數(shù)據(jù)
        2.1.1 數(shù)據(jù)收集
        2.1.2 預(yù)處理
    2.2 研究方法
        2.2.1 STRING數(shù)據(jù)庫
        2.2.2 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)算法
        2.2.3 Omicshare富集分析及Cytoscape網(wǎng)絡(luò)可視化
第3章 結(jié)果與分析
    3.1 蓮藕不同發(fā)育階段網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及膨大相關(guān)基因識別
        3.1.1 構(gòu)建蓮藕SSN的流程圖分析
        3.1.2 蓮藕不同發(fā)育階段網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        3.1.3 蓮藕的組織特異基因識別
    3.2 蓮藕膨大相關(guān)基因的功能研究
        3.2.1 蓮藕膨大相關(guān)基因
        3.2.2 蓮藕膨大相關(guān)基因的功能富集分析
        3.2.3 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)方法在蓮其他組織中的應(yīng)用
第4章 討論
    4.1 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)挖掘的基因參與蓮藕膨大的調(diào)控
    4.2 蓮藕組織特異性基因的識別
    4.3 樣本特異性網(wǎng)絡(luò)方法在植物學(xué)上應(yīng)用的創(chuàng)新性
第5章 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷及攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果



本文編號：3764543