高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing）又稱第二代測序（Next-generation sequencing,NGS）技術(shù),與傳統(tǒng)病毒鑒定方法相比,具有快速、高通量、高靈敏性、非序列依賴性等特點,可以在不了解病毒的基因組信息、血清學特點及生物學特性下快速檢測未知病毒,在一定程度上推進了病毒診斷研究領(lǐng)域的發(fā)展。本研究基于高通量測序技術(shù)對三種常見的觀賞性木本植物病毒病進行了分子檢測與鑒定,通過透射電鏡觀察、小RNA深度測序、轉(zhuǎn)錄組測序和RT-PCR擴增技術(shù),確定了侵染病毒的基因組全長以及病毒種類。確定侵染京桃的病毒為Tymovirales目新提出的Gratylivirus屬中的一種新病毒,命名為京桃黃斑伴隨病毒（Prunus yellow spot-associated virus,PYSaV）;確定侵染丁香的病毒為Tombusviridae科的一個新病毒,命名為丁香類番茄叢矮病毒（Syringa tombus-like virus,STlV）;確定侵染東北連翹的病毒為Betaflexiviridae科Carlavirus屬的水蠟A病毒（Ligustrum v... 

【文章來源】：沈陽大學遼寧省

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 高通量測序技術(shù)
        1.1.1 高通量測序技術(shù)在植物病毒檢測中的應(yīng)用
        1.1.2 基于小RNA深度測序技術(shù)檢測植物病毒
        1.1.3 基于轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)檢測植物病毒
    1.2 植物病毒的研究概況
    1.3 三種常見觀賞木本植物與病毒病害簡介
        1.3.1 京桃及京桃病毒病
        1.3.2 丁香及丁香病毒病
        1.3.3 東北連翹及東北連翹病毒病
    1.4 研究意義
    1.5 立項依據(jù)
    1.6 實驗方案
第2章 京桃病毒病的分子鑒定與分析
    2.1 實驗材料及試劑
        2.1.1 樣品采集
        2.1.2 菌株及質(zhì)粒載體
        2.1.3 生化及分子生物學試劑
        2.1.4 主要實驗儀器
    2.2 基于小RNA測序結(jié)果設(shè)計引物
    2.3 實驗方法
        2.3.1 病毒電鏡觀察
        2.3.2 植物總RNA的提取
        2.3.3 京桃上病毒的RT-PCR檢測
        2.3.4 京桃病毒5′末端序列的擴增
        2.3.5 PCR產(chǎn)物純化及回收
        2.3.6 DNA分子克隆
        2.3.7 重組質(zhì)粒的提取及鑒定
        2.3.8 序列分析
    2.4 實驗結(jié)果與分析
        2.4.1 京桃病葉樣品電鏡觀察結(jié)果
        2.4.2 RT-PCR檢測結(jié)果
        2.4.3 序列分析
    2.5 討論
第3章 丁香病毒病的分子鑒定與分析
    3.1 實驗材料
        3.1.1 樣品采集
        3.1.2 菌株及載體
    3.2 基于轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果設(shè)計引物
    3.3 實驗方法
        3.3.1 植物總RNA提取
        3.3.2 丁香上病毒的RT-PCR檢測
        3.3.3 丁香病毒5′末端和3′末端序列的擴增
        3.3.4 PCR產(chǎn)物純化及重組質(zhì)粒提取鑒定
        3.3.5 序列分析
    3.4 實驗結(jié)果與分析
        3.4.1 RT-PCR檢測結(jié)果
        3.4.2 序列分析
    3.5 討論
第4章 東北連翹病毒病的分子鑒定與分析
    4.1 實驗材料及菌株
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 菌株及載體
    4.2 基于轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果設(shè)計引物
    4.3 實驗方法
        4.3.1 TRIzol法提取植物總RNA
        4.3.2 東北連翹上病毒的RT-PCR檢測
        4.3.3 PCR產(chǎn)物純化及重組質(zhì)粒提取
        4.3.4 序列分析
    4.4 實驗結(jié)果與分析
        4.4.1 RT-PCR檢測結(jié)果
        4.4.2 序列分析
    4.5 討論
第5章 結(jié)論
參考文獻
附錄A 丁香類番茄叢矮病毒序列
在學期間研究成果
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]柑橘樹皮裂紋類病毒的遺傳多樣性及其對裂皮類病毒拮抗作用的分子機理研究[D]. 王亞飛.西南大學 2018
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碩士論文
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[3]西萌蘆ZYMV病毒抗性的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究[D]. 鄭揚.河北工程大學 2018
[4]兩種柑橘病毒的高通量測序鑒定[D]. 李平.西南大學 2018
[5]多重RT-PCR技術(shù)檢測桃病毒的研究[D]. 于云.福建農(nóng)林大學 2013
[6]丁香屬（Syringa）一些植物形態(tài)解剖與園林應(yīng)用探討[D]. 張健.福建農(nóng)林大學 2009



本文編號：3201893