牛結(jié)節(jié)性皮膚�。↙umpy skin disease,LSD）是由牛結(jié)節(jié)性皮膚病病毒（Lumpy skin disease virus,LSDV）感染牛,而引起的一種急性、亞急性的牛病毒性傳染病,以發(fā)燒（40℃以上）、多個(gè)部位出現(xiàn)皮膚結(jié)節(jié)、淺表淋巴結(jié)腫大等為主要臨床癥狀,還會(huì)伴有產(chǎn)奶量下降、流產(chǎn)、死胎、暫時(shí)性或永久性不育甚至死亡等嚴(yán)重后果,是嚴(yán)重影響我國(guó)畜牧業(yè)發(fā)展的一種外來(lái)病。近年來(lái),隨著LSD不斷在世界其他地區(qū)的暴發(fā)和流行,該病于2019年8月在我國(guó)新疆伊犁哈薩克自治州首次大規(guī)模暴發(fā)。由于我國(guó)之前缺乏LSDV病原學(xué)和分子生物學(xué)的相關(guān)研究,本研究以中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州獸醫(yī)研究所分離、保存的LSDV/Xinjiang/2019株為研究對(duì)象,對(duì)其P32、GPCR、RPO30全長(zhǎng)基因進(jìn)行克隆和測(cè)序,并與國(guó)外其他分離毒株的進(jìn)行遺傳演化關(guān)系及結(jié)構(gòu)特征分析。目的:1.通過(guò)對(duì)LSDV/Xinjiang/2019分離株的P32、GPCR、RPO30基因進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,為L(zhǎng)SDV的追蹤溯源提供參考依據(jù)。2.通過(guò)對(duì)LSDV/Xinjiang/2019株的P32、GPCR、RPO30基因所編碼蛋白質(zhì)進(jìn)行生物... 

【文章來(lái)源】：蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：62 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

LSDV/Xinjiang/2019分離株P(guān)32，GPCR和RPO30基因的PCR擴(kuò)增

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文我國(guó)首個(gè)LSDV分離株P(guān)32、GPCR和RPO30基因克隆及其遺傳演化關(guān)系與蛋白結(jié)構(gòu)分析21圖2.2LSDV/Xinjiang/2019株與其他分離株P(guān)32核苷酸同源性比較Fig2.2ComparisonofnucleotideconsistencyofP32amongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（2）GPCR基因核苷酸同源性分析結(jié)果利用BLAST工具對(duì)LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因核苷酸序列（GenBankID：MN598006）進(jìn)行比對(duì)分析，從中篩選了15株國(guó)內(nèi)外已公布的其他CaPV毒株（見(jiàn)下表2.8）；利用MegAlin分析工具對(duì)這些不同毒株的GPCR基因做核苷酸同源性比較分析，結(jié)果如圖2.3所示，LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因與其他CaPV分離株的核苷酸同源性為95.8%~99.2%，與LSDVRussia/2018株（MK358808）同源性較高，為99.2%；相比之下，LSDV/Xinjiang/2019株與Yemen/1983株（FJ869362）、Metekel/001/2010株（KP663705）這兩GTPV分離株的同源性則較低，分別為95.9%、95.8%。表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的參考序列Table2.8SequenceanalysisindifferentstrainsofLSDVGPCRgeneGenBank登錄號(hào)毒株名稱MN598006LSDVXinjiang/2019MK358808LSDVRussia/2018MH029290LSDVRussia/2017MK302071LSDVEmbu/B338/2011MK302087LSDVHoleta/B9/2008KY595106LSDVRussia/2015FJ869352LSDVBurkinaFasoFJ869369LSDVSudan/2006MF156211LSDVEgypt/VRLCU/2014

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文我國(guó)首個(gè)LSDV分離株P(guān)32、GPCR和RPO30基因克隆及其遺傳演化關(guān)系與蛋白結(jié)構(gòu)分析22續(xù)表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的參考序列KP663707LSDVMojo/B02/2011FJ869365LSDVNigerIbetecene/2009MF156212LSDVEgyptVRLCU-2/2014KP071936LSDVEgypt/2011FJ869353GTPVBurkinaBenogo3A/2009FJ869362GTPVYemen/1983KP663705GTPVMetekel/001/2010圖2.3LSDV/Xinjiang/2019株與其他分離株GPCR核苷酸同源性比較Fig2.3ComparisonofnucleotideconsistencyofGPCRamongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（3）RPO30基因核苷酸同源性分析結(jié)果將LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因核苷酸序列（GenBankID：MN598007）通過(guò)BLAST比對(duì)分析，從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中選取12株已公布的CaPV其他毒株RPO30基因核苷酸序列（見(jiàn)下表2.9），利用MegAlign分析軟件對(duì)其做核苷酸同源性比較，結(jié)果如圖2.4所示，LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因與其他CaPV分離株的核苷酸同源性為93.7%~99.7%，與LSDVSouthAfrica/1954株（GU119937）同源性最高，為99.7%；與來(lái)自我國(guó)的兩株SPPV分離株（MG458364和JQ310673）相比則同源性較低，均為93.7%。

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號(hào)：3119839