發(fā)布時(shí)間：2018-02-15 08:35

  本文關(guān)鍵詞： 雜草稻 低溫 耐寒機(jī)制 轉(zhuǎn)錄組學(xué)　出處：《沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年碩士論文　論文類(lèi)型：學(xué)位論文

【摘要】：水稻是僅次于玉米和小麥的世界第三大糧食作物,低溫冷害嚴(yán)重影響著水稻的生長(zhǎng)和發(fā)育。本研究利用RNA-Seq技術(shù),分析冷脅迫下耐冷差異明顯的雜草稻和栽培稻轉(zhuǎn)錄組及差異基因表達(dá)模式,并開(kāi)展差異表達(dá)基因定量驗(yàn)證以及四種材料電導(dǎo)率與耐寒性關(guān)系的研究。主要研究成果如下:1.對(duì)雜草稻03-35、雜草稻03-26、栽培稻131和栽培稻9311冷處理后相對(duì)電導(dǎo)率進(jìn)行測(cè)定,明確四種材料的相對(duì)電導(dǎo)率的大小關(guān)系。相對(duì)電導(dǎo)率順序依次為:栽培稻131雜草稻03-35雜草稻03-26栽培稻9311。2.利用IlluminaHiSeqTM2000平臺(tái)明確冷脅迫下耐冷雜草稻03-35、冷敏感雜草稻03-26、耐冷栽培稻131和冷敏感栽培稻9311中與冷應(yīng)答相關(guān)的差異表達(dá)基因。雜草稻03-35中共獲得14213個(gè)差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有7315個(gè),下調(diào)基因有6898個(gè)。雜草稻03-26中共獲得720個(gè)差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有554個(gè),下調(diào)基因有166個(gè)。栽培稻131中共獲得14730個(gè)差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有7918個(gè),下調(diào)基因有6812個(gè)。栽培稻9311中共獲得9219個(gè)差異表達(dá)基因,上調(diào)基因有5160個(gè),下調(diào)基因有4059個(gè)。將樣品的差異表達(dá)基因GO功能注釋進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。雜草稻03-35的DEGs顯著富集于生物過(guò)程、細(xì)胞組分、分子功能三大功能下的不同GO條目,細(xì)胞代謝過(guò)程(cellular metabolic process)、細(xì)胞(cell)、結(jié)構(gòu)分子活性(structural molecule activity)分別為三大功能組中具有DEGs數(shù)目最多的GO條目。雜草稻03-26的DEGs富集于生物過(guò)程、分子功能兩大功能下的不同GO條目,生物合成過(guò)程(biosynthetic process)、脫氨酶活性(ammonia-lyase activity)分別為兩大功能組中具有DEGs數(shù)目最多的GO條目。栽培稻131的DEGs顯著富集于生物過(guò)程、細(xì)胞組分、分子功能三大功能下的不同GO條目,細(xì)胞過(guò)程(cellular process)、細(xì)胞(cell)、核酸結(jié)合(nucleic acid binding)分別為三大功能組中具有DEGs數(shù)目最多的GO條目。栽培稻9311的DEGs顯著富集于生物過(guò)程、細(xì)胞組分、分子功能三大功能下的不同GO條目,生物合成過(guò)程(biosynthetic process)、細(xì)胞核(nucleus)、核酸結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性(nucleic acid binding transcription factor activity)分別為三大功能組中具有DEGs數(shù)目最多的GO條目。將樣品的差異表達(dá)基因與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),并進(jìn)行KEGG Pathway分析。發(fā)現(xiàn)雜草稻03-35中DEGs顯著富集到1個(gè)途徑,氨基酸生物合成(Biosynthesis of amino acids)途徑為唯一顯著富集途徑。雜草稻03-26 DEGs顯著富集到8個(gè)途徑,其中植物病原菌互作(Plant-pathogen interaction)途徑和植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(Plant hormone signal transduction)途徑中的DEGs最多。栽培稻131 DEGs顯著富集到1個(gè)途徑,植物病原菌互作(Plant-pathogen interaction)途徑是唯一顯著富集途徑。栽培稻9311 DEGs顯著富集于7個(gè)途徑,其中次生代謝產(chǎn)物生物合成(Biosynthesis of secondary metabolites)途徑中的DEGs最多。3.在雜草稻03-35、雜草稻03-26、栽培稻131和栽培稻9311中隨機(jī)挑選12個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行半定量和實(shí)時(shí)熒光定量驗(yàn)證。12個(gè)基因差異表達(dá)情況的半定量結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果基本一致,12個(gè)基因差異表達(dá)情況的實(shí)時(shí)熒光定量結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果大體相同。
[Abstract]:The results were as follows : 1 . A total of 14213 differentially expressed genes were obtained by using the technology of RNA - Seq . The results were as follows : 1 . A total of 14213 differentially expressed genes were obtained from rice 03 - 35 , rice 03 - 26 , rice 131 and 9311 , respectively . 鐢熺墿鍚堟垚榪囩▼(biosynthetic process),緇嗚優(yōu)鏍，

本文編號(hào)：1512870