本文關(guān)鍵詞：桃EST-SSR引物開(kāi)發(fā)及其在部分薔薇科物種中的通用性研究

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【摘要】：桃是世界上重要的經(jīng)濟(jì)果樹(shù)和園林樹(shù)種,同時(shí)也是薔薇科木本模式植物,研究桃的種質(zhì)資源和遺傳背景具有重大意義。在當(dāng)前,SSR標(biāo)記仍然是研究植物物種種質(zhì)資源和遺傳背景的重要手段之一。然而,桃的可用SSR引物數(shù)量稀少,薔薇科其他物種的SSR引物數(shù)量更是寥寥無(wú)幾。2013年,Verde等人基于桃的不同器官進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,匯總先前的研究后共提交到NCBI公共數(shù)據(jù)庫(kù)有80797條無(wú)冗余ESTs序列,為桃EST-SSR引物的大規(guī)模開(kāi)發(fā)提供了豐富的序列資源。本研究先利用MISA軟件對(duì)來(lái)自NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的80797條EST序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)挖掘,然后利用primer3模塊批量設(shè)計(jì)SSR引物,最后,采用PCR技術(shù)在12個(gè)不同類(lèi)型的桃品種上分組隨機(jī)驗(yàn)證了100對(duì)二核苷酸重復(fù)引物,在30個(gè)常見(jiàn)薔薇科物種上分組隨機(jī)調(diào)查了48對(duì)桃EST-SSR引物的通用性。主要研究結(jié)論如下：(1) EST-SSR位點(diǎn)挖掘利用CD hit軟件對(duì)80797條無(wú)冗余EST序列的冗余率進(jìn)行復(fù)查,發(fā)現(xiàn)冗余率仍有12.3%。用MISA軟件對(duì)剩余70360條EST序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)挖掘,發(fā)現(xiàn)有12519個(gè)SSR位點(diǎn)分布于10272條ESTs序列中,SSR位點(diǎn)出現(xiàn)頻率為14.60%。SSR類(lèi)型覆蓋二核苷酸重復(fù)到六核苷酸重復(fù)的159種基序類(lèi)型。其中,以單核苷酸重復(fù)、二核苷酸重復(fù)和三核苷酸重復(fù)類(lèi)型最多,分別占35.80%、36.43%和25.56%。此外,SSR基序重復(fù)次數(shù)越多,SSR位點(diǎn)分布頻率越低。在基序長(zhǎng)度相同的SSRs中,不同基序組成分布不均勻,并且對(duì)少數(shù)基序組成有偏好。(2)SSR引物設(shè)計(jì)利用primer 3模塊對(duì)12519條EST-SSR設(shè)計(jì)引物,得到4526對(duì)SSR引物,其中,常用的二核苷酸引物和三核苷酸引物合計(jì)有2598對(duì)。引物開(kāi)發(fā)效率只取決于EST-SS R基數(shù)的大小,引物開(kāi)發(fā)總效率為36.15%。(3) SSR-PCR驗(yàn)證分段抽選的100對(duì)SSR引物在12個(gè)不同類(lèi)型的桃品種上擴(kuò)增出237個(gè)條帶,平均2.37個(gè)；79%的引物能夠擴(kuò)增出2個(gè)或2個(gè)以上的條帶。期望雜合度變幅為0-0.7659,平均0.3817；觀察雜合度變幅為0-0.9167,平均0.1230；引物鑒別力變幅為0-0.8056,平均0.4054。(4)通用性研究通用性分析表明：66.67%的SSR引物能夠在30個(gè)薔薇科物種上全部有效擴(kuò)增,33.33%的SSR引物能夠在30個(gè)薔薇科物種中部分有效擴(kuò)增。其中,引物018在16個(gè)物種上有缺失,是缺失率最高的引物；物種R30有7對(duì)引物沒(méi)有擴(kuò)增,是缺失程度最高的物種。95%以上的引物可以在66.67%以上的物種上得到有效擴(kuò)增,90%以上的引物可以在93.33%的物種上得到有效擴(kuò)增。
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：S662.1

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本文編號(hào)：1190244