胃癌是一種基因異質(zhì)性腫瘤,其發(fā)生率和死亡率位于消化系統(tǒng)腫瘤的第二位。目前,胃癌的分型以Lauran分型應(yīng)用最為廣泛。隨著基因測序技術(shù)的發(fā)展,新的分型形式如分子分型應(yīng)勢被提出,且隨著人們對胃癌分子特征及臨床意義的認(rèn)識的深入,發(fā)現(xiàn)目前的分子分型體系并不能滿足臨床的應(yīng)用,因此急需新的分型系統(tǒng)去進(jìn)行補(bǔ)充和完善。另外,胃癌的治療策略單一,藥物靶標(biāo)少、療效差,從而使得胃癌的治愈率一直很低。因此本論文主要針對以上兩個問題來開展研究。本研究主要利用TCGA分型系統(tǒng)中2014和2018數(shù)據(jù)集各亞型(CIN,EBV,GS,MSI)的RNA-seq數(shù)據(jù),對胃癌中腫瘤與正常樣本以及四個亞型間進(jìn)行差異表達(dá)分析,再將各個比較組的差異表達(dá)基因進(jìn)行取交集分析。最終,篩選出了74個在各亞型中具有差異表達(dá),且低突變率的涉及多個生物學(xué)過程的基因;另外,這些基因甲基化狀態(tài)與表達(dá)狀態(tài)呈負(fù)相關(guān),且基因之間沒有很強(qiáng)的相互作用關(guān)系�；跓o監(jiān)督層次聚類的分類方法,利用以上篩選出來的74個差異表達(dá)基因?qū)CGA數(shù)據(jù)集中的樣本分成了三種亞型:A亞型,B亞型和C亞型,而將ACRG數(shù)據(jù)集中的分成兩種亞型:A亞型和B亞型;隨后,分別對兩數(shù)據(jù)集中各...

【文章頁數(shù)】：177 頁

【學(xué)位級別】：博士

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圖1.2胃癌的分子機(jī)制及其生物標(biāo)志物Figure1.2Molecularmechanismsandbiomarkersingastriccancer

圖1.2胃癌的分子機(jī)制及其生物標(biāo)志物Figure1.2Molecularmechanismsandbiomarkersingastriccancer附注：該表格引自2018ASCOEducationalBOOK:WhatWillWeExpectFromNov....

圖1.3AKRs家族系統(tǒng)發(fā)育樹

圖1.3AKRs家族系統(tǒng)發(fā)育樹Figure1.3PhylogenetictreeofhumanAKRs二醇脫氫酶2，與家族成員AKR1C1，AKR1C源性，都位于10號染色體上，它們的序列有8-9個長度一致的內(nèi)含子組成，因此有學(xué)者。通過轉(zhuǎn)錄組測序分析AK....

圖1.4AKR1C2剪切異構(gòu)體

圖1.4AKR1C2剪切異構(gòu)體Figure1.4ThespliceisoformsofAKR1C2[129]AKR1C2的表達(dá)異常會引起雄性激素分泌紊亂，月經(jīng)前期綜合征及子宮內(nèi)膜異位等癥狀，在卵巢和子宮內(nèi)膜中它的過表達(dá)會加快孕酮的代謝，且會促進(jìn)前列腺癌，膀胱癌，乳....

圖2.1TCGA數(shù)據(jù)庫中胃癌樣本信息Figure2.1SampleinformationofgastriccancerinTCGAdatabase

第二章74個差異表達(dá)基因的篩選癌種及多平臺所得的分子分型，在宏觀角度解釋了各自的特了其具有的臨床意義，但是對于臨床的應(yīng)用卻是比較困難的太多，且是在不同分子水平上（SNV，CNV，RNA及甲基化素太多且檢測指標(biāo)多和不明確是目前該分子分型在臨床應(yīng)用。因此本章主要目的就是基于以上....

本文編號：4016308