本文關(guān)鍵詞：屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥致病基因全基因組外顯子測(cè)序搜尋及POFUT1基因突變分折，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥(Reticular pigmented of the flexures,RPAF,OMIM number:179850)又稱為Dowling-Degos病(Dowling-Degos disease,DDD),是一種少見(jiàn)的常染色體顯性遺傳性皮膚病。早期有學(xué)者認(rèn)為該病是黑棘皮病的一種良性異型。1978年,Wilson-Jone等正式將該病命名為屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥。該病好發(fā)于腕部、頸部、腋窩、腹股溝、乳房下及四肢屈側(cè)等,臨床上主要表現(xiàn)為網(wǎng)狀分布的深褐色斑疹。男女均可發(fā)病,發(fā)病年齡變化較大,從青春期早期到中年期不等。2006年,Betz等對(duì)2個(gè)屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥家系行全基因組掃描,將致病基因定位于12q,LOD值為4.42。此區(qū)域含有Ⅱ型角蛋白,對(duì)這些角蛋白基因測(cè)序發(fā)現(xiàn),2個(gè)家系中的患者均在角蛋白5(keratin 5,KRT5)存在突變,對(duì)照人群無(wú)突變,從而確定角蛋白5為DDD的致病基因。但,仍有一些家系或散發(fā)病例未在該基因上發(fā)現(xiàn)任何突變。2006年,Li等對(duì)1個(gè)中國(guó)DDD家系行全基因組掃描,將該病的致病基因定位于17p13.3。該區(qū)域包含21個(gè)已知基因和16個(gè)預(yù)測(cè)基因,至今該區(qū)域的致病基因尚未克隆出。這說(shuō)明DDD具有一定的遺傳異質(zhì)性。目的對(duì)1個(gè)中國(guó)屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥家系(家系Ⅰ)進(jìn)行全基因組連鎖和全基因組外顯子測(cè)序分析,經(jīng)過(guò)逐步的濾過(guò)和與家系Ⅰ無(wú)血緣關(guān)系的DDD樣本的驗(yàn)證,篩選出該病的致病基因。方法(1)經(jīng)過(guò)嚴(yán)格篩查,2個(gè)DDD家系和1個(gè)DDD散發(fā)患者納入了本次研究。對(duì)參加初篩的DDD家系進(jìn)行全基因組分型,本次所采用的芯片為Illumina-660W-Beadchips。應(yīng)用Merlin軟件進(jìn)行連鎖分析,根據(jù)LOD值確定候選區(qū)域,然后進(jìn)行單倍型共分離,確定表型與染色體共分離的區(qū)域。(2)利用Genome AnalyzerⅡx對(duì)該家系的成員進(jìn)行全基因組外顯子捕獲。(3)注釋所有檢測(cè)到的變異體的功能,分類為無(wú)義突變(nonsense mutation)、錯(cuò)義突變(missense mutation)、編碼區(qū)插入或缺失突變(coding indels,I)、同義突變(samesense mutation)、剪切位點(diǎn)突變(splice acceptor and donor site,SS)和非編碼區(qū)突變(Non-coding region mutation)等,篩選出可能影響基因功能的突變,如編碼區(qū)插入或缺失、非同義突變(nonsysnonymous,NS)、剪切位點(diǎn)突變。在可得的公共數(shù)據(jù)庫(kù)中(Hap Map外顯子組、db SNP129,和千人基因組變異體數(shù)據(jù)庫(kù))過(guò)濾2個(gè)DDD患者的可影響基因功能的突變,再與2個(gè)對(duì)照者的分析結(jié)果進(jìn)行對(duì)比。2個(gè)患者共有的,2個(gè)對(duì)照者沒(méi)有的,公共數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有的變異體即為候選變異體。進(jìn)一步評(píng)估上述的候選變異體對(duì)基因功能的影響,結(jié)合連鎖分析所定位的染色體區(qū)域,進(jìn)而篩選出DDD可能的候選致病基因。(4)對(duì)初篩家系的候選致病基因行Sanger測(cè)序,篩選出表型共傳遞的變異體。(5)通過(guò)Sanger測(cè)序在其他家系的患者和散發(fā)患者中檢驗(yàn)候選致病基因。之后,對(duì)大樣本的對(duì)照者的該基因進(jìn)行分析,排除多態(tài)性。結(jié)果(1)本課題組對(duì)DDD家系Ⅰ應(yīng)用全基因組連鎖分析(Genome-wide linkage analysis)方法將LOD值=1.5的表型與染色體共分離的區(qū)域定位在染色體20:17,722,478-36,009,145。(2)對(duì)全基因組外顯子測(cè)序結(jié)果進(jìn)行對(duì)比、過(guò)濾等分析發(fā)現(xiàn),患者共有,而對(duì)照者、公共數(shù)據(jù)庫(kù)未攜帶的突變位點(diǎn)為42個(gè),其中突變點(diǎn)(c.246+5del G)位于連鎖分析定位的候選區(qū)域內(nèi)的POFUT1基因上。(3)進(jìn)一步對(duì)家系I中的5名患者和8名正常人的POFUT1進(jìn)行Sanger測(cè)序,結(jié)果發(fā)現(xiàn)所用患者和1個(gè)12歲的男孩(該家系的發(fā)病年齡為20歲左右)攜帶突變位點(diǎn)POFUT1(c.246+5del G),家系內(nèi)所有對(duì)照和100名正常人均不攜帶該突變。其余1個(gè)家系和1個(gè)散發(fā)患者沒(méi)有在POFUT1上發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。結(jié)論(1)本研究通過(guò)全基因組連鎖分析和全基因組外顯子測(cè)序法發(fā)現(xiàn)家系I的突變位點(diǎn)位于POFUT1上。(注:在該課題進(jìn)行期間,李明等應(yīng)用全基因組關(guān)聯(lián)分析和外顯子測(cè)序技術(shù)將該病的致病基因鎖定在該基因上,在其他家系中得到驗(yàn)證。并通過(guò)體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)證實(shí)了POFUT1在黑色素合成與轉(zhuǎn)運(yùn)中的重要作用。)(2)課題組進(jìn)一步證實(shí)了李明等關(guān)于POFUT1為DDD致病基因的發(fā)現(xiàn),補(bǔ)充了DDD的POFUT1的突變數(shù)據(jù)庫(kù)。
【關(guān)鍵詞】：屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥 全基因組連鎖分析 全基因組外顯子測(cè)序 致病基因 POFUT1
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R758.54
【目錄】：

• 英文縮略詞表6-8
• 中文摘要8-10
• 英文摘要10-13
• 前言13-17
• 1.1 屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥概述13-14
• 1.2 屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥的病因遺傳學(xué)研究進(jìn)展14
• 1.3 本課題的研究思路14-17
• 第一部分 全基因組連鎖分析和全基因組外顯子測(cè)序搜尋屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥致病基因17-57
• 1.研究背景與研究目的17-19
• 2.實(shí)驗(yàn)材料與方法19-47
• 3.實(shí)驗(yàn)結(jié)果47-57
• 4.結(jié)論57
• 第二部分 POFUT1 對(duì)屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥在其它家系中的驗(yàn)證57-69
• 1.研究背景與研究目的57-59
• 2.實(shí)驗(yàn)材料和方法59-69
• 3.結(jié)果69
• 第三部分 POGLUT1 對(duì)屈側(cè)網(wǎng)狀色素異常癥在家系Ⅱ和散發(fā)病例中的驗(yàn)證69-77
• 1.研究背景與研究目的69-70
• 2.實(shí)驗(yàn)材料和方法70-77
• 3.結(jié)果77
• 討論77-81
• 小結(jié)81-82
• 參考文獻(xiàn)82-90
• 附錄90-93
• 致謝93-94
• 課題綜述94-100
• 參考文獻(xiàn)98-100

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：397747