腸道病毒71型分子流行動(dòng)態(tài)和手足口病流行病學(xué)研究
發(fā)布時(shí)間:2022-10-19 11:33
手足口。℉and,foot,and mouth disease,HFMD)是一種常見于5歲以下嬰幼兒和兒童的急性傳染性疾病,少數(shù)患兒并發(fā)病毒性腦炎、腦干腦炎、肺水腫、急性弛緩性麻痹等重癥甚至死亡。過去的二十年里,HFMD在世界范圍內(nèi),特別是亞太平洋地區(qū)頻頻暴發(fā),已成為亞太地區(qū)重要公共衛(wèi)生問題之一。二十余種腸道病毒(Enterovirus,EV)可引起HFMD,其中EV-A組的EV-A71、CV-A16、CV-A6、CV-A10等為引起暴發(fā)和流行的主要病原。EV-A71感染易導(dǎo)致重癥和死亡,為HFMD疫苗研發(fā)的首個(gè)目標(biāo)。單價(jià)EV-A71滅活疫苗于2015年12月在我國大陸獲批,并逐漸推廣應(yīng)用。本研究的第一部分內(nèi)容為基于Genbank中收錄的世界范圍歷年EV-A71序列建立數(shù)據(jù)庫,應(yīng)用基于聚類的貝葉斯方法、系統(tǒng)地理發(fā)生學(xué)方法和群體動(dòng)態(tài)分析方法,對(duì)世界和我國大陸地區(qū)EV-A71的演化和時(shí)空動(dòng)態(tài)進(jìn)行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)歐洲為歷史上世界EV-A71流行的核心輸出地,顯著輸出路徑遷移率總和為5.89transition/年,東亞對(duì)EV-A71的流行和演化起到樞紐作用;而我國大陸地區(qū)核心輸出地為華東地區(qū)...
【文章頁數(shù)】:176 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
附件
縮略詞表
摘要
Abstract
第一章 腸道病毒71型分子流行動(dòng)態(tài)研究
1.前言
1.1 EV-A71結(jié)構(gòu)和功能位點(diǎn)
1.1.1 EV-A71結(jié)構(gòu)概述
1.1.2 EV-A71中和表位
1.1.3 EV-A71毒力位點(diǎn)
1.1.4 EV-A71抗原位點(diǎn)
1.1.5 2A蛋白
1.2 群體動(dòng)態(tài)推斷
1.3 系統(tǒng)地理發(fā)生學(xué)
1.4 適應(yīng)性進(jìn)化及選擇壓力分析
1.5 本研究目的和意義
2.材料和方法
2.1 分析材料
2.1.1 EV-A71序列的獲取和篩選
2.1.2 分析設(shè)備
2.1.3 主要分析軟件
2.2 分析方法
2.2.1 核苷酸序列替換飽和檢驗(yàn)
2.2.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
2.2.3 貝葉斯進(jìn)化起源分析
2.2.4 系統(tǒng)地理發(fā)生學(xué)分析
2.2.5 群體動(dòng)態(tài)推斷
2.2.6 基因選擇壓力和位點(diǎn)差異分析
2.2.7 重組分析
3.結(jié)果
3.1 數(shù)據(jù)篩選結(jié)果
3.2 系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果
3.2.1 世界范圍EV-A71系統(tǒng)發(fā)育樹
3.2.2 世界范圍EV-A71的傳播和演化
3.2.3 我國大陸EV-A71的傳播和演化
3.3 群體動(dòng)態(tài)結(jié)果
3.3.1 EV-A71歷史動(dòng)態(tài)
3.3.2 2015 年后流行的基因亞型的歷史動(dòng)態(tài)
3.4 選擇壓力分析和關(guān)鍵位點(diǎn)變異結(jié)果
3.4.1 2015 年后流行株各基因選擇壓力分析
3.4.2 2A-102位點(diǎn)分析
3.4.3 2015 年后流行株關(guān)鍵位點(diǎn)變異情況
3.5 重組分析結(jié)果
4.討論
5.小結(jié)
第二章 EV-A71 疫苗應(yīng)用后HFMD流行病學(xué)研究
1 前言
1.1 我國大陸HFMD流行病學(xué)研究現(xiàn)狀
1.1.1 病原構(gòu)成特征
1.1.2 分子流行病學(xué)特征
1.1.3 血清流行病學(xué)進(jìn)展
1.2 疫苗研發(fā)策略
1.3 本研究的目的和意義
1.4 技術(shù)路線
2 材料和方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 樣本來源
2.1.2 細(xì)胞和毒株
2.1.3 試劑和耗材
2.1.4 儀器設(shè)備
2.1.5 主要試劑配制
2.2 方法
2.2.1.HFMD病例標(biāo)本核酸檢測
2.2.2.血清學(xué)檢測
3 結(jié)果
3.1 HFMD病原譜
3.1.1 HFMD病原譜
3.2 2018 ~2019年廣東和江蘇HFMD主要病原的分子流行病學(xué)
3.2.1 EV-A71分子流行病學(xué)
3.2.2 CV-A16分子流行病學(xué)
3.2.3 CV-A6分子流行病學(xué)
3.2.4 CV-A10分子流行病學(xué)
3.3 EV血清流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果
3.3.1 血清流調(diào)樣本分布情況
3.3.2 HFMD主要病原中和抗體陽性率和GMT
3.3.3 中和抗體陽性率和GMT的月齡分布特征
3.3.4 陽春7種病原中和抗體檢測結(jié)果
3.3.5 抗體水平高低分布情況
3.3.6 多種EV感染
3.4 EV-A71疫苗免疫原性和交叉中和
4 討論
5 小結(jié)
第三章 總結(jié)與展望
1 總結(jié)
2 下一步計(jì)劃
3 創(chuàng)新點(diǎn)
4 展望
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
在讀期間論文發(fā)表情況
附錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]2017~2018年福建省0~5歲兒童出生隊(duì)列腸道病毒71型疫苗接種率分析[J]. 潘偉毅,趙志遠(yuǎn),陳俊磊. 中國生物制品學(xué)雜志. 2020(03)
[2]2017~2018年河北省重癥手足口病的主要致病病原體為柯薩奇病毒A組6型[J]. 肖金波,于秋麗,張勇,宋洋,張曼,路環(huán)環(huán),韓振志,劉瑩瑩,冀天嬌,嚴(yán)冬梅,祝雙利,許文波,李琦. 病毒學(xué)報(bào). 2020(02)
[3]National Epidemiology and Evolutionary History of Four Hand, Foot and Mouth Disease-Related Enteroviruses in China from 2008 to 2016[J]. Xuemin Fu,Zhenzhou Wan,Yanpeng Li,Yihong Hu,Xia Jin,Chiyu Zhang. Virologica Sinica. 2020(01)
[4]多價(jià)手足口病疫苗:現(xiàn)實(shí)與夢想[J]. 卞蓮蓮,劉思遠(yuǎn),姜崴,毛群穎,高帆,楊曉明,梁爭論. 中國生物制品學(xué)雜志. 2020(01)
[5]無錫市手足口病流行特征和病原學(xué)分析[J]. 魏崇崇,施超,葛桂芝. 預(yù)防醫(yī)學(xué). 2019(11)
[6]濟(jì)南市2012~2017年手足口病腸道病毒譜變化及流行特征[J]. 關(guān)恒云,王春榮,劉嵐錚,楊國樑,趙懷龍,孫潔,成洪旗. 山東大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(11)
[7]2014-2018年陜西榆林地區(qū)手足口病流行病學(xué)特征及病原學(xué)分析[J]. 亢相逢,高濤. 陜西醫(yī)學(xué)雜志. 2019(10)
[8]2009-2018年綿竹市手足口病流行病學(xué)特征分析[J]. 段麗華,鮮洪,楊九洲,韋連玉. 職業(yè)衛(wèi)生與病傷. 2019(04)
[9]腸道病毒71型滅活疫苗(Vero細(xì)胞)的研制策略[J]. 李秀玲,魯衛(wèi)衛(wèi),張中洋,郝春生,郭會(huì)杰,張?jiān)茲?沈心亮. 中國病毒病雜志. 2018(06)
[10]我國嬰幼兒人群中6種腸道病毒血清流行病學(xué)研究[J]. 高帆,胡亞林,孫世洋,付瑩,卞蓮蓮,蘇瑤,吳星,朱鳳才,毛群穎,梁爭論. 中國病毒病雜志. 2018(06)
本文編號(hào):3693290
【文章頁數(shù)】:176 頁
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
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摘要
Abstract
第一章 腸道病毒71型分子流行動(dòng)態(tài)研究
1.前言
1.1 EV-A71結(jié)構(gòu)和功能位點(diǎn)
1.1.1 EV-A71結(jié)構(gòu)概述
1.1.2 EV-A71中和表位
1.1.3 EV-A71毒力位點(diǎn)
1.1.4 EV-A71抗原位點(diǎn)
1.1.5 2A蛋白
1.2 群體動(dòng)態(tài)推斷
1.3 系統(tǒng)地理發(fā)生學(xué)
1.4 適應(yīng)性進(jìn)化及選擇壓力分析
1.5 本研究目的和意義
2.材料和方法
2.1 分析材料
2.1.1 EV-A71序列的獲取和篩選
2.1.2 分析設(shè)備
2.1.3 主要分析軟件
2.2 分析方法
2.2.1 核苷酸序列替換飽和檢驗(yàn)
2.2.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
2.2.3 貝葉斯進(jìn)化起源分析
2.2.4 系統(tǒng)地理發(fā)生學(xué)分析
2.2.5 群體動(dòng)態(tài)推斷
2.2.6 基因選擇壓力和位點(diǎn)差異分析
2.2.7 重組分析
3.結(jié)果
3.1 數(shù)據(jù)篩選結(jié)果
3.2 系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果
3.2.1 世界范圍EV-A71系統(tǒng)發(fā)育樹
3.2.2 世界范圍EV-A71的傳播和演化
3.2.3 我國大陸EV-A71的傳播和演化
3.3 群體動(dòng)態(tài)結(jié)果
3.3.1 EV-A71歷史動(dòng)態(tài)
3.3.2 2015 年后流行的基因亞型的歷史動(dòng)態(tài)
3.4 選擇壓力分析和關(guān)鍵位點(diǎn)變異結(jié)果
3.4.1 2015 年后流行株各基因選擇壓力分析
3.4.2 2A-102位點(diǎn)分析
3.4.3 2015 年后流行株關(guān)鍵位點(diǎn)變異情況
3.5 重組分析結(jié)果
4.討論
5.小結(jié)
第二章 EV-A71 疫苗應(yīng)用后HFMD流行病學(xué)研究
1 前言
1.1 我國大陸HFMD流行病學(xué)研究現(xiàn)狀
1.1.1 病原構(gòu)成特征
1.1.2 分子流行病學(xué)特征
1.1.3 血清流行病學(xué)進(jìn)展
1.2 疫苗研發(fā)策略
1.3 本研究的目的和意義
1.4 技術(shù)路線
2 材料和方法
2.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.1 樣本來源
2.1.2 細(xì)胞和毒株
2.1.3 試劑和耗材
2.1.4 儀器設(shè)備
2.1.5 主要試劑配制
2.2 方法
2.2.1.HFMD病例標(biāo)本核酸檢測
2.2.2.血清學(xué)檢測
3 結(jié)果
3.1 HFMD病原譜
3.1.1 HFMD病原譜
3.2 2018 ~2019年廣東和江蘇HFMD主要病原的分子流行病學(xué)
3.2.1 EV-A71分子流行病學(xué)
3.2.2 CV-A16分子流行病學(xué)
3.2.3 CV-A6分子流行病學(xué)
3.2.4 CV-A10分子流行病學(xué)
3.3 EV血清流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果
3.3.1 血清流調(diào)樣本分布情況
3.3.2 HFMD主要病原中和抗體陽性率和GMT
3.3.3 中和抗體陽性率和GMT的月齡分布特征
3.3.4 陽春7種病原中和抗體檢測結(jié)果
3.3.5 抗體水平高低分布情況
3.3.6 多種EV感染
3.4 EV-A71疫苗免疫原性和交叉中和
4 討論
5 小結(jié)
第三章 總結(jié)與展望
1 總結(jié)
2 下一步計(jì)劃
3 創(chuàng)新點(diǎn)
4 展望
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
在讀期間論文發(fā)表情況
附錄
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]2017~2018年福建省0~5歲兒童出生隊(duì)列腸道病毒71型疫苗接種率分析[J]. 潘偉毅,趙志遠(yuǎn),陳俊磊. 中國生物制品學(xué)雜志. 2020(03)
[2]2017~2018年河北省重癥手足口病的主要致病病原體為柯薩奇病毒A組6型[J]. 肖金波,于秋麗,張勇,宋洋,張曼,路環(huán)環(huán),韓振志,劉瑩瑩,冀天嬌,嚴(yán)冬梅,祝雙利,許文波,李琦. 病毒學(xué)報(bào). 2020(02)
[3]National Epidemiology and Evolutionary History of Four Hand, Foot and Mouth Disease-Related Enteroviruses in China from 2008 to 2016[J]. Xuemin Fu,Zhenzhou Wan,Yanpeng Li,Yihong Hu,Xia Jin,Chiyu Zhang. Virologica Sinica. 2020(01)
[4]多價(jià)手足口病疫苗:現(xiàn)實(shí)與夢想[J]. 卞蓮蓮,劉思遠(yuǎn),姜崴,毛群穎,高帆,楊曉明,梁爭論. 中國生物制品學(xué)雜志. 2020(01)
[5]無錫市手足口病流行特征和病原學(xué)分析[J]. 魏崇崇,施超,葛桂芝. 預(yù)防醫(yī)學(xué). 2019(11)
[6]濟(jì)南市2012~2017年手足口病腸道病毒譜變化及流行特征[J]. 關(guān)恒云,王春榮,劉嵐錚,楊國樑,趙懷龍,孫潔,成洪旗. 山東大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(11)
[7]2014-2018年陜西榆林地區(qū)手足口病流行病學(xué)特征及病原學(xué)分析[J]. 亢相逢,高濤. 陜西醫(yī)學(xué)雜志. 2019(10)
[8]2009-2018年綿竹市手足口病流行病學(xué)特征分析[J]. 段麗華,鮮洪,楊九洲,韋連玉. 職業(yè)衛(wèi)生與病傷. 2019(04)
[9]腸道病毒71型滅活疫苗(Vero細(xì)胞)的研制策略[J]. 李秀玲,魯衛(wèi)衛(wèi),張中洋,郝春生,郭會(huì)杰,張?jiān)茲?沈心亮. 中國病毒病雜志. 2018(06)
[10]我國嬰幼兒人群中6種腸道病毒血清流行病學(xué)研究[J]. 高帆,胡亞林,孫世洋,付瑩,卞蓮蓮,蘇瑤,吳星,朱鳳才,毛群穎,梁爭論. 中國病毒病雜志. 2018(06)
本文編號(hào):3693290
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