過去的十年間,表觀遺傳的異常能夠?qū)е掳┌Y是在癌癥研究方面取得的最令人矚目的成就。染色質(zhì)開放狀態(tài)作為一種重要的表觀遺傳信息,在癌癥的發(fā)生發(fā)展過程中起著重要的作用。呈開放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域為轉(zhuǎn)錄因子（transcription20factor,TF）的結(jié)合提供了可能,而轉(zhuǎn)錄因子通過調(diào)控基因的表達(dá)同樣也在癌癥過程中有著關(guān)鍵作用。因此,對癌癥細(xì)胞的染色質(zhì)開放狀態(tài)以及與之相結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合特征進(jìn)行分析對于認(rèn)識和治療癌癥都具有重要意義。游離DNA（cell20free20DNA,cfDNA）作為液體活檢的重要材料來源,在癌癥相關(guān)的突變檢測中發(fā)揮著重要作用。進(jìn)一步拓展cfDNA的應(yīng)用范圍,使其能夠用于染色質(zhì)開放狀態(tài)的檢測,成為癌癥診斷更加有力的工具,在癌癥檢測領(lǐng)域也具有極大的應(yīng)用價值。而二代測序技術(shù)（next-generation20sequencing,NGS）在上述研究中均發(fā)揮著重要作用。本研究針對上述幾方面展開研究,開發(fā)出研究染色質(zhì)開放狀態(tài)、cfDNA的新方法,并對NF-κB在HeLa細(xì)胞中的結(jié)合特征進(jìn)行了分析,取得以下結(jié)果:1.高通量鑒定染色質(zhì)開放狀態(tài)的SALP方法建立NGS是當(dāng)前生物和生... 

【文章來源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：144 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 二代測序技術(shù)
    1.2 染色質(zhì)開放狀態(tài)
        1.2.1 染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)
        1.2.2 染色質(zhì)開放狀態(tài)概述
        1.2.3 染色質(zhì)開放狀態(tài)與癌癥
        1.2.4 染色質(zhì)開放狀態(tài)的研究方法
    1.3 轉(zhuǎn)錄因子
        1.3.1 轉(zhuǎn)錄因子概述
        1.3.2 轉(zhuǎn)錄因子與癌癥
        1.3.3 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的研究方法
    1.4 游離DNA
        1.4.1 游離DNA概述
        1.4.2 循環(huán)腫瘤DNA
        1.4.3 游離DNA研究方法
    1.5 本論文研究內(nèi)容和意義
第二章 高通量鑒定染色質(zhì)開放狀態(tài)的NGS建庫新方法建立
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 主要試劑材料及儀器
        2.2.2 細(xì)胞培養(yǎng)
        2.2.3 不同接頭的制備
        2.2.4 Tn5轉(zhuǎn)座體的制備
        2.2.5 基因組DNA的片段化
        2.2.6 SALP單鏈接頭的優(yōu)化
        2.2.7 利用SALP制備不同細(xì)胞tagmented染色質(zhì)NGS文庫
        2.2.8 SALP利用Hind Ⅲ和超聲打斷DNA制備NGS文庫
        2.2.9 Next-generation測序
        2.2.10 SALP-seq數(shù)據(jù)分析
        2.2.11 數(shù)據(jù)可用性
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 基于tagmentation的 SALP方法的開發(fā)
        2.3.2 通過SALP高通量的制備基于tagmentation NGS文庫
        2.3.3 通過SALP-seq鑒定淋巴母細(xì)胞的染色質(zhì)開放狀態(tài)
        2.3.4 SALP-seq鑒定不同細(xì)胞系的染色質(zhì)開放狀態(tài)
        2.3.5 SALP-seq鑒定潛在的癌癥相關(guān)基因
        2.3.6 SALP-seq比較調(diào)控區(qū)的染色質(zhì)開放狀態(tài)
        2.3.7 SALP-seq通過不同細(xì)胞數(shù)量鑒定染色質(zhì)開放狀態(tài)
        2.3.8 SALP-seq以酶切或超聲片段化基因組DNA構(gòu)建NGS文庫
    2.4 討論
    2.5 本章小結(jié)
第三章 利用SALP-seq繪制多種細(xì)胞的染色質(zhì)開放譜
    3.1 引言
    3.2 材料方法
        3.2.1 主要試劑材料及儀器
        3.2.2 細(xì)胞培養(yǎng)
        3.2.3 不同接頭的制備
        3.2.4 Tn5轉(zhuǎn)座體的制備
        3.2.5 小鼠肝臟單細(xì)胞分離
        3.2.6 利用SALP制備不同細(xì)胞tagmented染色質(zhì)NGS文庫
        3.2.7 Next-generation測序
        3.2.8 SALP-seq數(shù)據(jù)分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 多種細(xì)胞SALP-seq文庫構(gòu)建及測序
        3.3.2 正常細(xì)胞與癌癥細(xì)胞之間染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.3 不同癌癥細(xì)胞之間染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.4 人正常肝臟細(xì)胞與肝癌細(xì)胞染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.5 人成纖維細(xì)胞與正常肝臟細(xì)胞染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.6 不同宮頸癌細(xì)胞染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.7 突變熱點染色質(zhì)開放狀態(tài)比較
        3.3.8 小鼠正常肝臟細(xì)胞與肝癌細(xì)胞染色質(zhì)狀態(tài)比較
    3.4 討論
    3.5 本章小結(jié)
第四章 用改進(jìn)的SALP-seq解析游離DNA中的遺傳和表觀遺傳信息
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 主要試劑材料及儀器
        4.2.2 樣本收集
        4.2.3 游離DNA提取
        4.2.4 接頭制備
        4.2.5 用改進(jìn)的SALP方法制備cf DNA NGS文庫
        4.2.6 NGS測序
        4.2.7 cfDNA測序數(shù)據(jù)分析
        4.2.8 遵守道德標(biāo)準(zhǔn)
        4.2.9 數(shù)據(jù)可用性
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 運用改進(jìn)的SALP-seq構(gòu)建cf DNA NGS文庫
        4.3.2 cfDNA的特征分析
        4.3.3 運用cfDNA鑒定染色質(zhì)狀態(tài)
        4.3.4 通過cfDNA鑒定激活基因
        4.3.5 通過cfDNA鑒定突變
    4.4 討論
    4.5 本章小結(jié)
第五章 人宮頸癌細(xì)胞中NF-κB結(jié)合特征鑒定
    5.1 引言
    5.2 材料與方法
        5.2.1 主要試劑材料及儀器
        5.2.2 細(xì)胞培養(yǎng)和處理
        5.2.3 ChIP-exo和數(shù)據(jù)分析
        5.2.4 凝膠遷移實驗
        5.2.5 熒光素酶報告基因?qū)嶒?br>        5.2.6 ChIP-clone數(shù)據(jù)分析
        5.2.7 ChIP-seq數(shù)據(jù)分析
        5.2.8 分析全基因組范圍內(nèi)κB位點的分布
    5.3 結(jié)果與分析
        5.3.1 在He La細(xì)胞中NF-κB能夠與nt-κB位點結(jié)合
        5.3.2 檢測NF-κB與 nt-κB位點結(jié)合及其轉(zhuǎn)錄活性
        5.3.3 淋巴母細(xì)胞系中NF-κB與 nt-κB的結(jié)合
        5.3.4 內(nèi)皮細(xì)胞系中NF-κB與 nt-κB的結(jié)合
        5.3.5 細(xì)胞被誘導(dǎo)前后NF-κB與 nt-κB位點的結(jié)合情況
    5.4 討論
    5.5 本章小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
作者簡介
致謝



本文編號：3176435