目的膽囊癌是預(yù)后最差的腫瘤類型之一。研究發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA在多種惡性腫瘤中起重要作用。我們希望通過膽囊癌組織表達(dá)譜測序,了解膽囊癌發(fā)生過程中環(huán)狀RNA的變化,尋找影響膽囊癌發(fā)生發(fā)展的環(huán)狀RNA分子,為膽囊癌治療提供新的靶點(diǎn)。方法我們收集了10對膽囊癌和癌旁組織,通過表達(dá)譜測序,檢測了mRNA、miRNA、lncRNA和環(huán)狀RNA的表達(dá)。通過分析差異基因發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA分子circERBB2在膽囊癌中表達(dá)量顯著上升。通過siRNA和CRISPR-cas9技術(shù)敲低circERBB2,研究了circERBB2的體外體內(nèi)功能。另外,我們構(gòu)建了circERBB2的過表達(dá)載體進(jìn)行回補(bǔ)實(shí)驗(yàn)。通過FISH實(shí)驗(yàn),明確了circERBB2的亞細(xì)胞定位。通過qPCR、雙熒光素酶報(bào)告基因等實(shí)驗(yàn),我們研究了circERBB2對核糖體RNA轉(zhuǎn)錄和加工的影響。通過RNA pulldown實(shí)驗(yàn),探索了circERBB2相互作用蛋白譜,從中尋找介導(dǎo)circERBB2功能的蛋白。通過Western blot等實(shí)驗(yàn),探索了circERBB2對下游蛋白功能的影響。我們將收集的149例原發(fā)性膽囊癌標(biāo)本并制成組織芯片,檢測了各病人ci... 

【文章來源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

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環(huán)狀RNA在膽囊癌和癌旁組織中的表達(dá)特異性

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院2016級博士學(xué)位論文41達(dá)量甚至高于其同一基因來源的mRNA。圖1.不同環(huán)狀RNA的表達(dá)豐度存在明顯差異圖1A：10對膽囊癌和癌旁組織環(huán)狀RNA表達(dá)量箱型圖，不同環(huán)狀RNA分子的表達(dá)豐度存在巨大差異。圖1B：環(huán)狀RNA分子表達(dá)豐度的經(jīng)驗(yàn)累積分布圖，絕大部分環(huán)狀RNA分子的表達(dá)量是非常低的。圖2.環(huán)狀RNA在膽囊癌和癌旁組織中的表達(dá)特異性。圖2A：Venn圖顯示同時(shí)在腫瘤和癌旁組織中被發(fā)現(xiàn)的環(huán)狀RNA數(shù)及僅在腫瘤或癌旁組織中發(fā)現(xiàn)的環(huán)狀RNA數(shù)。圖2B：每個(gè)病人同時(shí)在腫瘤和癌旁組織中被發(fā)現(xiàn)的環(huán)狀RNA比例及僅在腫瘤或癌旁組織中發(fā)現(xiàn)的環(huán)狀RNA比例。

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院2016級博士學(xué)位論文42我們首先分析了環(huán)狀RNA在腫瘤和癌旁組織中的表達(dá)特異性。我們發(fā)現(xiàn)只有29.4%的環(huán)狀RNA是同時(shí)在腫瘤和癌旁組織中被檢測到的，36.9%只在癌旁組織中檢測到，而33.6%只在腫瘤組織中檢測到（圖2A），提示腫瘤和癌旁組織的環(huán)狀RNA表達(dá)譜存在顯著差別。由于不同個(gè)體之間環(huán)狀RNA表達(dá)也存在差異，我們又分別比較了每個(gè)病人的腫瘤組織和癌旁組織的環(huán)狀RNA表達(dá)譜。我們發(fā)現(xiàn)所有病人均只有14%-20%的環(huán)狀RNA是同時(shí)在腫瘤和癌旁組織中檢測到的（圖2B），這些結(jié)果提示環(huán)狀RNA表達(dá)譜具有高度的特異性，同時(shí)也說明腫瘤發(fā)生過程中環(huán)狀RNA的表達(dá)譜發(fā)生了非常大的改變。在膽囊癌發(fā)生過程中，環(huán)狀RNA的表達(dá)量總體上呈現(xiàn)下降趨勢。膽囊癌組織中環(huán)狀RNA的平均表達(dá)水平相對于癌旁組織是顯著降低的（p=0.015，圖3A）；同時(shí)，膽囊癌組織中檢測到的反向剪接序列reads占總reads的比例也是顯著降低的（p=0.019，圖3B）；此外，盡管沒有達(dá)到顯著性水平，每個(gè)膽囊癌組織檢測到的環(huán)狀RNA種類數(shù)相對于癌旁組織也是減少的（5610.8±1493.4vs6397.9±1507.4，p=0.25，圖3C）。這些結(jié)果均說明了在膽囊癌發(fā)生過程伴隨著環(huán)狀RNA總體表達(dá)水平的顯著降低。圖3.環(huán)狀RNA在腫瘤組織中總體表達(dá)量顯著下降。圖3A：箱型圖顯示每個(gè)腫瘤和癌旁組織中環(huán)狀RNA的平均表達(dá)量（p=0.015）；圖3B：箱型圖顯示每個(gè)腫瘤和癌旁組織測序過程中檢測到的反向剪接片段占總片段的比例（p=0.019）；圖3C：箱型圖顯示每個(gè)腫瘤和癌旁組織中檢測到的環(huán)狀RNA種類數(shù)（p=0.25）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Circular RNA circ-LDLRAD3 as a biomarker in diagnosis of pancreatic cancer[J]. Fan Yang,Dong-Yan Liu,Jin-Tao Guo,Nan Ge,Ping Zhu,Xiang Liu,Sheng Wang,Guo-Xin Wang,Si-Yu Sun.  World Journal of Gastroenterology. 2017(47)
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