基于腸道菌群研究天王補(bǔ)心顆粒對(duì)圍絕經(jīng)期失眠的療效及作用機(jī)制
【學(xué)位單位】:湖北中醫(yī)藥大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2020
【中圖分類】:R285.5
【部分圖文】:
我們對(duì)納入的對(duì)照組及失眠組的樣品組成物種進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果顯示,對(duì)照組含有1659種物種,失眠組中含有1884種物種,兩組共同含有的物種總計(jì)有1336種。我們根據(jù)以上信息繪制韋恩圖(見圖1),并以此為基礎(chǔ)進(jìn)行后續(xù)進(jìn)一步分析。4.4兩組間物種組成分析
基于Bracken結(jié)果的絕對(duì)豐度及注釋信息,對(duì)每個(gè)樣品在一共7個(gè)分類水平界、門、綱、目、科、屬、種(Kingdom,Phylum,Class,Order,Family,Genus,Species)上的序列數(shù)目占總序列數(shù)的比例進(jìn)行統(tǒng)計(jì),可以有效的評(píng)估樣本的物種注釋分辨率,注釋到屬/種的比例越高則表示該樣本的注釋效果越好。如圖2所示,各個(gè)樣品均能夠在界、門、綱、目、科、屬、種這7個(gè)分類水平上穩(wěn)定注釋,且各個(gè)樣品間注釋程度相似。我們進(jìn)一步對(duì)所有樣本進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在界水平(圖3),兩組中均檢測(cè)到物種:Bacteria,物種占比情況:Bacteria(100.00%);在門水平(圖4);兩組中檢測(cè)到擬桿菌門(Bacteroidetes),厚壁菌門(Firmicutes),變形菌門(Proteobacteria),放線菌門(Actinobacteria)等;在綱水平(圖5),兩組間均可檢測(cè)到擬桿菌綱(Bacteroidia),梭菌綱(Clostridia),Negativicutes綱,丙型變形菌綱(Gammaproteobacteria),放線菌綱(Actinobacteria)等;在目水平(圖6),兩組間均可檢測(cè)到擬桿菌目(Bacteroidales),Enterobacterales目,Selenomonadales目,梭菌目(Clostridiales)等;在科水平(圖7),兩組間均可檢測(cè)到瘤胃菌科(Ruminococcaceae),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),毛螺菌科(Lachnospiraceae),擬桿菌科(Bacteroidaceae)等;在屬水平(圖8),兩組間均可檢測(cè)到瘤胃球菌屬(Ruminococcus),糞桿菌屬(Faecalibacterium),巨單胞菌屬(Megamonas),氏菌屬(Roseburia),普氏菌屬(Prevotella),擬桿菌屬(Bacteroides)等;在種水平(圖9),兩組間均可檢測(cè)到擬桿菌(Bacteroides vulgatus),普氏菌(Prevotella copr),單形擬桿菌(Bacteroides uniformis),卵圓擬桿菌(Bacteroides ovatus),單形巨單胞菌(Megamonas funiformis),普拉梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)等。由于在綱、目、科、屬、種水平上,物種的分類較多,從而導(dǎo)致在圖5-9中無法全部展示其所有的分類,基于此,我們進(jìn)一步對(duì)所獲得的結(jié)果進(jìn)行分析,將樣品名作為橫坐標(biāo)(Sample Name),縱坐標(biāo)(Sequence Number Percent)表示注釋到該分類水平的序列數(shù)目占總注釋數(shù)據(jù)的比率,柱狀圖自上而下的顏色順序?qū)?yīng)于右側(cè)的圖例顏色順序。在各分類水平?jīng)]有注釋的序列被歸為unclassified一類。圖例中最多只顯示最優(yōu)勢(shì)的20個(gè)種類,余下的相對(duì)豐度較低的物種被歸類為Other在圖中展示。同時(shí),我們?yōu)榱烁忧宄娘@示對(duì)照組與失眠組之間物種的組成差異,我們將屬于對(duì)照組的樣品歸類并命名為A組,將屬于失眠組的樣品歸類并命名為B組,結(jié)果見圖10-14。由于入組人群的個(gè)體差異性存在,各組內(nèi)樣品間的物種組成不盡相同,為了更好的觀察對(duì)照組與失眠組之間物種的組成差異,我們將實(shí)驗(yàn)樣品分為A組和B組,并對(duì)其進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和分析,結(jié)果如圖15-20所示。在門水平上,兩組之間存在擬桿菌門,厚壁菌門,變形菌門的組成差異;在綱水平,A組與B組之間存在擬桿菌綱,梭菌綱,Negativicutes綱和丙型變形菌綱等組成差異;在目水平,兩組間存在擬桿菌目,Selenomonadales目,Enterobacterales目,梭菌目和韋永氏球菌目的組成不同;在科水平,兩組間存在擬桿菌科,毛螺菌科,瘤胃菌科,普雷沃氏菌科,Selenomonadales科,Enterobacterales科,韋永氏球菌科,tannerellaceae科,韋榮球菌科和雙歧桿菌科之間的組成差異;在屬水平,A、B兩組間存在瘤胃球菌屬,糞桿菌屬,巨單胞菌屬,氏菌屬,普氏菌屬,擬桿菌屬,布勞特氏菌屬,埃希氏菌屬和lachnoclostridium屬的組成不同;而在種水平,兩組間存在擬桿菌,普氏菌,單形擬桿菌,糞便擬桿菌,單形巨單胞菌,普拉梭菌,羅氏拜瑞氏菌和瘤胃球菌的組成差異。
為了研究正常組與失眠組之間的差異性,我們根據(jù)相關(guān)參考文獻(xiàn)[114-116],選擇了絕對(duì)豐度排名前20名的物種,通過進(jìn)行聚類分析從而構(gòu)建樣品的聚類,以此考察兩組間在各個(gè)分類水平上的差異性。結(jié)果見圖21-26,圖21-26分別體現(xiàn)了兩組在門、綱、目、科、屬、種這六種分類水平上的聚類情況。由于圖21-26圖中信息較多且繁雜,為更加清晰的體現(xiàn)對(duì)照組及失眠組在各分類水平上的聚類情況,我們將樣品分為A、B兩組,然后再進(jìn)行聚類分析,結(jié)果見圖27-32。種是生物分類系統(tǒng)上的基本單位,種、屬相對(duì)于門、綱、目、科而言,更加細(xì)致也更加準(zhǔn)確。因此,在本試驗(yàn)中,我們對(duì)圖31及圖32進(jìn)行分析,結(jié)果顯示,A、B兩組之間存在羅氏拜瑞氏菌,瘤胃球菌,普氏菌,普拉梭菌,擬桿菌,糞便擬桿菌,蔗糖梭菌等的組成差異,其中,圍絕經(jīng)期失眠組中羅氏拜瑞氏菌,瘤胃球菌,普氏菌和蔗糖梭菌等組成占比較對(duì)照組多,而普拉梭菌,擬桿菌,糞便擬桿菌在整體菌群中占比則較對(duì)照組少。提示圍絕經(jīng)期失眠患者與正常人相比,其體內(nèi)的腸道菌群組成發(fā)生變化,變化的主要菌種為羅氏拜瑞氏菌,瘤胃球菌,普氏菌,普拉梭菌,擬桿菌,糞便擬桿菌和蔗糖梭菌。圖4 各樣本在門水平的物種相對(duì)分布圖
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本文編號(hào):2892809
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