本文關(guān)鍵詞：毛蚶群體遺傳學(xué)研究

  更多相關(guān)文章： 毛蚶 群體遺傳 遺傳結(jié)構(gòu) 微衛(wèi)星標(biāo)記 線粒體DNA

【摘要】：毛蚶(Scapharca kagoshimensis)是廣泛分布在西北太平洋近海的埋棲型貝類,具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,一直是我國(guó)傳統(tǒng)的漁業(yè)捕撈對(duì)象。由于在很長(zhǎng)一段時(shí)間內(nèi),我國(guó)毛蚶的資源量相對(duì)比較豐富,對(duì)于毛蚶群體遺傳學(xué)方面的研究遲遲沒有得到關(guān)注。但隨著中國(guó)近年來經(jīng)濟(jì)的發(fā)展以及城市現(xiàn)代化的推進(jìn),沿岸生態(tài)系統(tǒng)以及淺海貝類的棲息環(huán)境均受到了較大的挑戰(zhàn),保護(hù)漁業(yè)對(duì)象的自然資源,已經(jīng)成為了一個(gè)較為緊迫的議題。毛蚶的人工育苗和養(yǎng)殖生產(chǎn)在我國(guó)已經(jīng)開展了一段時(shí)間,人工繁育群體的遺傳多樣性是否降低也逐漸成為一個(gè)備受關(guān)注的問題。此外,為了更好的在育苗生成過程中做到有的放矢,借助分子生物學(xué)的技術(shù)手段,研究苗種繁育過程中有效繁殖群體的大小,親代和子代之間遺傳多樣性的變化以及近交系數(shù),對(duì)于今后健康苗種培育,推動(dòng)毛蚶養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)具有重要的指導(dǎo)意義。為此,本研究開展了如下幾方面的工作：1.毛蚶微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及其在家系分析中的應(yīng)用首先,利用磁珠富集法,構(gòu)建微衛(wèi)星富集文庫,從中挑選了196個(gè)克隆用于測(cè)序,得到41個(gè)具備多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn)。根據(jù)位點(diǎn)等位基因的范圍,引物的退火溫度以及反應(yīng)條件等要素,從41個(gè)位點(diǎn)中篩選出20個(gè),成功開發(fā)出7組微衛(wèi)星多元PCR體系。利用TP-M13-SSR技術(shù),對(duì)這些標(biāo)記進(jìn)行群體分析,結(jié)果顯示位點(diǎn)的等位基因范圍為5-26,位點(diǎn)的平均等位基因數(shù)為15.2。期望雜合度和觀測(cè)雜合度的范圍分別為0.733-0.960和0.563-0.886。經(jīng)過序列化的Bonferroni校正后,共有兩個(gè)位點(diǎn)偏離哈迪-溫伯格平衡,所有位點(diǎn)中均未檢測(cè)出連鎖不平衡。2.毛蚶地理群體遺傳學(xué)研究使用線粒體COI序列標(biāo)記,檢測(cè)了我國(guó)近海海域12個(gè)毛蚶地理群體的群體遺傳結(jié)構(gòu)。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)以長(zhǎng)江口為界毛蚶地理群體存在兩個(gè)進(jìn)化顯著單元(ESU),這兩個(gè)ESU之間具有顯著的遺傳差異,每一個(gè)ESU又可被進(jìn)一步分為兩個(gè)次單倍型群。兩兩配對(duì)ΦST及IBDW分析結(jié)果顯示,毛蚶地理群體呈現(xiàn)大而顯著的群體遺傳結(jié)構(gòu)模式,并存在顯著的距離遺傳模式。這些證據(jù)表明,目前我國(guó)沿海毛蚶自然種群的遺傳格局,主要是歷史因素造成的,各個(gè)譜系之間已經(jīng)形成了較為深刻的遺傳分化。長(zhǎng)江河口的淡水流入,可能是阻斷毛蚶自然種群之間的基因流并長(zhǎng)久維持這種歷史格局的的主要因素。3.毛蚶養(yǎng)殖和野生群體遺傳多樣性比較研究使用10個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記,選擇毛蚶的5個(gè)養(yǎng)殖群體以及2個(gè)野生群體的開展了相關(guān)的研究。研究結(jié)果表明,同野生群體相比,養(yǎng)殖群體并沒有出現(xiàn)顯著的遺傳多樣性水平的下降。FST檢驗(yàn)結(jié)果以及遺傳距離(Dc)計(jì)算結(jié)果,均顯示養(yǎng)殖群體和野生群體之間存在較為顯著的遺傳分化,在養(yǎng)殖群體內(nèi)部不同地域的群體,在遺傳結(jié)構(gòu)上也出現(xiàn)了顯著的分化。這些研究結(jié)果表明,采用大數(shù)目的親本繁殖規(guī)�？赡苁鞘沟妹鲤B(yǎng)殖群體遺傳多樣性得以維系的主要原因之一。4.毛蚶養(yǎng)殖群體有效繁殖群體的研究使用8個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)一個(gè)8雄7雌的毛蚶混交家系進(jìn)行分析,比較了親本和子代的遺傳多樣性變化,以此來推斷毛蚶的有效繁殖群體大小。研究結(jié)果顯示,親本和子代的實(shí)際鑒定以及模擬分析的結(jié)果一致。使用8個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記可以獲得95%以上的家系鑒定成功率。觀測(cè)雜合度在親代和子代之間差異不顯著,期望雜合度在子代中顯著降低,這可能是由于親本對(duì)于子代的繁殖成功貢獻(xiàn)率不同所導(dǎo)致的。群體的近交率估算為,有效繁殖群體數(shù)目為10.69,近交率為1.4%。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,考慮到親本繁殖貢獻(xiàn)率的差異,在育苗生產(chǎn)中應(yīng)該選用足夠數(shù)目的親本,以防止子代期望雜合度的降低。
【關(guān)鍵詞】：毛蚶 群體遺傳 遺傳結(jié)構(gòu) 微衛(wèi)星標(biāo)記 線粒體DNA
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S917.4
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-15
• 第一章 文獻(xiàn)綜述15-41
• 第一節(jié) 群體和群體遺傳研究15-20
• 1. 群體(Population)15-16
• 2. 群體遺傳的研究簡(jiǎn)史16-18
• 3. 群體遺傳研究的一些概念18-20
• 第二節(jié) 遺傳差異及遺傳結(jié)構(gòu)模式20-27
• 1. 遺傳結(jié)構(gòu)的提出20-21
• 2. 群體遺傳結(jié)構(gòu)研究的方法21-22
• 3. 遺傳結(jié)果形成的動(dòng)力22-23
• 4. 影響生物遺傳結(jié)構(gòu)的因素23-26
• 4.1. 物理因素23-24
• 4.2. 歷史因素24
• 4.3. 地理距離24-25
• 4.4. 生物的行為25
• 4.5. 小結(jié)25-26
• 5. 遺傳結(jié)構(gòu)研究的目的與意義26-27
• 第三節(jié) 群體遺傳學(xué)研究方法概述27-34
• 1. 遺傳標(biāo)記概述27-28
• 2. DNA分子標(biāo)記28-33
• 2.1. 線粒體DNA(Mitochondrion DNA)28-29
• 2.2. AFLPs標(biāo)記29
• 2.3. 微衛(wèi)星標(biāo)記(Microsatellites)29-31
• 2.4. SNP標(biāo)記31-32
• 2.5. 小結(jié)32-33
• 3. 微衛(wèi)星多元PCR技術(shù)在群體遺傳研究中的應(yīng)用33-34
• 第四節(jié) 有效群體大小在群體遺傳研究中的意義34-36
• 1. 有效群體大小的概念34
• 2. 估算有效繁殖群體的常用方法34-36
• 第五節(jié) 毛蚶研究文獻(xiàn)綜述36-41
• 1. 毛蚶的分類地位及形態(tài)特征36
• 1.1.分類地位36
• 1.2.形態(tài)特征36
• 2. 毛蚶的地理分布及生態(tài)習(xí)性36-37
• 2.1. 地理分布36-37
• 2.2. 生態(tài)習(xí)性37
• 2.3. 繁殖習(xí)性37
• 3. 國(guó)內(nèi)外的研究現(xiàn)狀37-39
• 4. 本研究的目的和意義39-41
• 第二章 毛蚶微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及微衛(wèi)星多元PCR技術(shù)體系的應(yīng)用41-73
• 第一節(jié) 毛蚶基因組微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及微衛(wèi)星多元PCR技術(shù)體系的構(gòu)建41-50
• 0. 引言41
• 1. 材料與方法41-47
• 1.1. 樣品采集41
• 1.2. 基因組DNA提取41-44
• 1.3. 微衛(wèi)星富集文庫構(gòu)建44-47
• 1.4. TA克隆及微衛(wèi)星序列篩選47
• 2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果47-50
• 2.1. DNA酶切及膠回收目的片段檢測(cè)48
• 2.2. 陽性克隆的篩選與鑒定48-49
• 2.3. 微衛(wèi)星位點(diǎn)的篩選49-50
• 第二節(jié) 毛蚶微衛(wèi)星多元PCR體系構(gòu)建50-60
• 0. 引言50-51
• 1. 材料方法51-55
• 1.1. 樣品的采集及DNA提取51
• 1.2. PCR反應(yīng)體系及反應(yīng)程序51-52
• 1.3. 聚丙烯凝膠酰胺電泳檢測(cè)52-54
• 1.4. 微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及多元PCR組合配對(duì)54
• 1.5. 標(biāo)記加尾54-55
• 1.6. 數(shù)據(jù)分析55
• 2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果55
• 3. 討論55-60
• 第三節(jié) 毛蚶微衛(wèi)星多元PCR體系在家系分析中的應(yīng)用60-73
• 0. 引言60-61
• 1. 材料方法61-62
• 1.1. 家系構(gòu)建與樣品收集61
• 1.2. 親本DNA提取61
• 1.3. 幼蟲DNA提取61-62
• 1.4. 微衛(wèi)星分析62
• 1.5. 數(shù)據(jù)處理62
• 2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果62-73
• 2.1. 多重PCR中微衛(wèi)星標(biāo)記的特征62-63
• 2.2. 多元PCR中微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳分離模式63-71
• 2.3. 多元PCR家系鑒定成功率71
• 2.4. 討論71-73
• 第三章 毛蚶野生群體遺傳結(jié)構(gòu)分析73-83
• 0. 引言73
• 1. 材料方法73-74
• 1.1. 樣品采集及DNA提取73-74
• 2. 實(shí)驗(yàn)方法74-75
• 2.1. 線粒體COI分析74-75
• 2.2. 微衛(wèi)星分析75
• 3. 數(shù)據(jù)分析75-76
• 4. 結(jié)果76-82
• 4.1. 序列多樣性分析76-77
• 4.2. 系統(tǒng)發(fā)生分析77-79
• 4.3. 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析79-82
• 5. 討論82-83
• 5.1. 毛蚶種內(nèi)的兩個(gè)進(jìn)化顯著性單元82-83
• 第四章 毛蚶養(yǎng)殖和野生群體遺傳多樣性比較83-95
• 0. 引言83
• 1. 材料方法83-86
• 1.1. 樣品采集及DNA提取83-84
• 1.2. 微衛(wèi)星分析84-86
• 1.3. 數(shù)據(jù)分析86
• 2. 結(jié)果86-92
• 2.1. 遺傳多樣性86-89
• 2.2. 遺傳分化89-92
• 3. 討論92-95
• 第五章 毛蚶有效繁殖群體數(shù)量研究95-103
• 0. 引言95
• 1. 材料方法95-98
• 1.1. 實(shí)驗(yàn)材料構(gòu)建及DNA提取95-96
• 1.2. 微衛(wèi)星分析96-97
• 1.3. 數(shù)據(jù)分析97-98
• 2. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果98-101
• 2.1. 家系鑒定成功率98-99
• 2.2. 親本繁殖成功比較和有效繁殖群體的估算99-101
• 3. 討論101-103
• 致謝103-105
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷105-107
• 在校期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文107-109
• 參考文獻(xiàn)109-119

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 沈利,黃勇平;微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)及其在蠶學(xué)研究中的應(yīng)用前景[J];蠶業(yè)科學(xué);2004年04期

2 施勇烽,應(yīng)杰政,王磊,朱智偉,莊杰云;鑒定水稻品種的微衛(wèi)星標(biāo)記篩選[J];中國(guó)水稻科學(xué);2005年03期

3 鞠玉棟,李金泉;水稻微衛(wèi)星標(biāo)記的發(fā)展與應(yīng)用[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2005年10期

4 劉芳;劉衛(wèi)東;王強(qiáng);劉曉慧;赫崇波;侯林;;微衛(wèi)星標(biāo)記及其在貝類遺傳選育研究中的應(yīng)用[J];水產(chǎn)科學(xué);2006年05期

5 尚邦華;連林生;;微衛(wèi)星標(biāo)記在豬遺傳育種中的應(yīng)用進(jìn)展[J];吉林畜牧獸醫(yī);2006年05期

6 應(yīng)杰政;施勇烽;莊杰云;薛慶中;;應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記評(píng)估我國(guó)水稻主栽品種的一致性[J];中國(guó)水稻科學(xué);2006年04期

7 肖蓉;黃生強(qiáng);劉湘毅;;微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)在水產(chǎn)動(dòng)物中的研究進(jìn)展[J];湖南農(nóng)業(yè)科學(xué);2006年05期

8 尚邦華;連林生;;微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)在豬遺傳育種中的應(yīng)用[J];現(xiàn)代畜牧獸醫(yī);2006年12期

9 劉瑾;舒妙安;;微衛(wèi)星標(biāo)記及其在貝類中的應(yīng)用[J];水利漁業(yè);2007年02期

10 鄭新;姚大偉;許家榮;周光宏;徐幸蓮;楊德吉;;應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)鑒別雞、鴨、鵝源性成份[J];江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2010年05期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 吳玉萍;;應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)基因組疊加生物型遺傳多態(tài)性的研究[A];新世紀(jì) 新機(jī)遇 新挑戰(zhàn)——知識(shí)創(chuàng)新和高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展（上冊(cè)）[C];2001年

2 馬瑞娟;俞明亮;沈志軍;;桃微衛(wèi)星標(biāo)記研究進(jìn)展[A];中國(guó)園藝學(xué)會(huì)第七屆青年學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2006年

3 宋國(guó)華;劉田福;;微衛(wèi)星標(biāo)記在實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中的應(yīng)用[A];中國(guó)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)會(huì)第六屆學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2004年

4 蘇玉虹;李塵遠(yuǎn);朱寶芹;熊遠(yuǎn)著;;用微衛(wèi)星標(biāo)記分析豬的遺傳多態(tài)性[A];中國(guó)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)會(huì)第六屆學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2004年

5 韓凌霞;曲連東;關(guān)云濤;李昌文;劉懷然;姜騫;;微衛(wèi)星標(biāo)記在雞遺傳性狀檢測(cè)中的應(yīng)用[A];全國(guó)首屆動(dòng)物生物技術(shù)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2004年

6 盧霞;王鴻霞;劉保忠;;利用微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)文蛤4個(gè)實(shí)驗(yàn)群體的遺傳分析[A];中國(guó)動(dòng)物學(xué)會(huì)、中國(guó)海洋湖沼學(xué)會(huì)貝類學(xué)會(huì)分會(huì)第十四次學(xué)會(huì)研討會(huì)論文摘要匯編[C];2009年

7 楊嘉理;;微衛(wèi)星標(biāo)記在白蟻研究中的應(yīng)用[A];第25屆全國(guó)衛(wèi)生殺蟲藥械學(xué)術(shù)交流暨產(chǎn)品展示會(huì)資料匯編[C];2008年

8 白俊艷;龐有志;雷雪芹;趙淑娟;王玉琴;;利用生物信息學(xué)方法開發(fā)鵪鶉微衛(wèi)星標(biāo)記[A];中國(guó)動(dòng)物遺傳育種研究進(jìn)展——第十五次全國(guó)動(dòng)物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2009年

9 劉銳;李江凌;曾凱;楊雪梅;呂學(xué)斌;;丫杈豬群體遺傳結(jié)構(gòu)的微衛(wèi)星標(biāo)記分析[A];“生泰爾”杯全國(guó)養(yǎng)豬技術(shù)征文大賽——中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)豬學(xué)分會(huì)五屆三次理事會(huì)暨生豬產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新發(fā)展論壇論文集[C];2012年

10 杜慧霞;孫魯陽;彭薇;胡景杰;包振民;;泥螺(Bullacta exarata Philippi 1848)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選[A];中國(guó)動(dòng)物學(xué)會(huì)、中國(guó)海洋湖沼學(xué)會(huì)貝類學(xué)會(huì)分會(huì)第十四次學(xué)會(huì)研討會(huì)論文摘要匯編[C];2009年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院;中國(guó)對(duì)蝦ES15微衛(wèi)星標(biāo)記檢測(cè)方便、快捷、準(zhǔn)確[N];中國(guó)漁業(yè)報(bào);2012年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 陳辰;毛蚶群體遺傳學(xué)研究[D];中國(guó)海洋大學(xué);2015年

2 于海洋;牙鲆微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選和美洲牡蠣抗病相關(guān)基因SNP的初步分析[D];中國(guó)海洋大學(xué);2010年

3 董世瑞;形態(tài)標(biāo)記與微衛(wèi)星標(biāo)記在中國(guó)對(duì)蝦遺傳選育中的應(yīng)用研究[D];中國(guó)海洋大學(xué);2006年

4 張秀杰;黃顙魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及其遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

5 馬洪雨;三種重要海水養(yǎng)殖魚類性別特異標(biāo)記和微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)及遺傳連鎖圖譜構(gòu)建[D];中國(guó)海洋大學(xué);2009年

6 孟祥鋒;基于微衛(wèi)星標(biāo)記和線粒體基因序列的中國(guó)二化螟Chilo suppressalis （Walker）種群遺傳結(jié)構(gòu)研究[D];浙江大學(xué);2008年

7 安建東;甘肅熊蜂區(qū)系組成與多樣性分析[D];福建農(nóng)林大學(xué);2012年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王亞坤;鯪生長(zhǎng)相關(guān)微衛(wèi)星標(biāo)記篩選及親子鑒定[D];上海海洋大學(xué);2015年

2 童愛萍;mtDNA和微衛(wèi)星標(biāo)記在放流牙鲆(Paralichthysolivaceus)中的應(yīng)用研究[D];上海海洋大學(xué);2015年

3 趙麗麗;3種石斑魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及跨種擴(kuò)增[D];南昌大學(xué);2008年

4 孫金婷;微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)定性、定量鑒定動(dòng)物源性成分的應(yīng)用研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

5 匡剛橋;鱖魚微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)及遺傳多樣性研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

6 武耀;雜交鯉魚親子鑒定微衛(wèi)星標(biāo)記的評(píng)估及鯉魚免疫相關(guān)芯片探針的篩選和注釋[D];上海海洋大學(xué);2012年

7 肖同乾;鯉鱗被相關(guān)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及其在連鎖圖譜上的定位[D];大連海洋大學(xué);2014年

8 惠敏;扇貝微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選及其在物種鑒定中的應(yīng)用[D];中國(guó)海洋大學(xué);2008年

9 應(yīng)杰政;應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記研究中國(guó)水稻主栽品種的遺傳變異[D];浙江大學(xué);2006年

10 李嬌;江鱈微衛(wèi)星標(biāo)記篩選鑒定及黑龍江地區(qū)群體遺傳多樣性分析[D];吉林大學(xué);2007年

，

本文編號(hào)：597943