腸道微生物菌群變化和免疫應(yīng)答在動(dòng)物機(jī)體生長(zhǎng)、發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮重要的作用,為了系統(tǒng)地揭示豬從初生到成年階段腸道微生物變化以及免疫調(diào)控的遺傳基礎(chǔ)和分子機(jī)制,本研究以中國(guó)地方代表性品種—梅山豬為試驗(yàn)對(duì)象,一方面利用16SrDNA測(cè)序技術(shù),并結(jié)合OTU分析、物種分類和豐度分析、Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析等一系列生物信息學(xué)技術(shù)分析了梅山豬在8個(gè)不同發(fā)育階段(初生1日齡、7日齡、14日齡、21日齡、28日齡、35日齡、120日齡和180日齡)腸道6個(gè)區(qū)段(十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結(jié)腸和直腸)腸道微生物的分布情況;另一方面,利用長(zhǎng)鏈非編碼RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)測(cè)序分析了以上不同日齡脾臟組織中l(wèi)ncRNA和mRNA表達(dá)水平,并通過(guò)加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA)篩選重要的lncRNA、免疫調(diào)控通路以及功能基因,在此基礎(chǔ)上利用qPCR分析免疫調(diào)控通路中相關(guān)基因在不同生長(zhǎng)發(fā)育階段梅山豬免疫和腸道組織中的表達(dá)水平,其次結(jié)合cis和trans機(jī)制預(yù)測(cè)其 lncRNA ...

【文章頁(yè)數(shù)】：124 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
符號(hào)說(shuō)明
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 腸道微生物研究進(jìn)展與概況
        1.1 腸道微生物的作用
        1.2 分子生物學(xué)技術(shù)在腸道微生物群落結(jié)構(gòu)分析中的應(yīng)用
        1.3 哺乳動(dòng)物不同發(fā)育時(shí)期腸道微生物組成變化情況
    2 免疫應(yīng)答與調(diào)控
        2.1 免疫應(yīng)答概述
        2.2 腸道微生物對(duì)免疫應(yīng)答的調(diào)控
    3 RNA-seq測(cè)序
        3.1 長(zhǎng)鏈非編碼RNA測(cè)序(long noncoding RNAs,lncRNAs)
        3.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        3.3 WGCNA共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
    4 本研究的目的和意義
第二章 梅山豬不同發(fā)育時(shí)期腸道微生物變化分析
    1 材料與方法
        1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        1.2 腸道微生物16S rDNA測(cè)序
    2 結(jié)果與分析
        2.1 16S rDNA測(cè)序和OTU分析
        2.2 腸道微生物在不同腸段中的分布
        2.3 腸道微生物在6個(gè)腸段8個(gè)時(shí)間點(diǎn)的動(dòng)態(tài)規(guī)律分析
        2.4 在早期生長(zhǎng)階段大腸和小腸中優(yōu)勢(shì)菌的時(shí)間變化規(guī)律
        2.5 日糧相關(guān)菌在早期生長(zhǎng)發(fā)育階段不同腸道中的變化
        2.6 免疫相關(guān)菌在早期生長(zhǎng)發(fā)育階段不同腸段中的變化
    3 討論
第三章 梅山豬不同發(fā)育時(shí)期免疫調(diào)控的遺傳基礎(chǔ)和分子機(jī)制
    第一節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時(shí)期脾臟組織長(zhǎng)鏈非編碼RNA測(cè)序
        1 材料與方法
            1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
            1.2 文庫(kù)建立
            1.3 測(cè)序數(shù)據(jù)分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 lncRNA測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
            2.2 長(zhǎng)鏈非編碼RNA過(guò)濾與篩選
            2.3 轉(zhuǎn)錄本(lncRNA和mRNA)表達(dá)量分析
            2.4 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)WGCNA分析
        3 討論
    第二節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時(shí)期免疫相關(guān)基因表達(dá)規(guī)律分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗(yàn)材料
            1.2 試驗(yàn)儀器和試劑
            1.3 引物設(shè)計(jì)
            1.4 提取各組織總RNA
            1.5 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
            1.6 數(shù)據(jù)處理與分析
        2 結(jié)果與分析
            2.1 總RNA的純度與完整性
            2.2 熒光定量PCR的擴(kuò)增曲線與熔解曲線
            2.3 TLR4、TNF-α、 IL-1β和IFN-α基因在豬免疫和腸道組織中的發(fā)育表達(dá)模式分析
            2.4 TLR4基因及其下游基因在豬免疫和腸道組織中的相關(guān)性分析
        3 討論
    第三節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時(shí)期脾臟組織TNF-α基因甲基化分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
            1.2 豬TNF-α基因CpG區(qū)生物信息學(xué)分析
            1.3 豬TNF-α基因啟動(dòng)子區(qū)雙熒光素酶活性檢測(cè)
            1.4 焦磷酸甲基化檢測(cè)
            1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        2 結(jié)果與分析
            2.1 豬TNF-α基因啟動(dòng)子區(qū)CpG區(qū)域甲基化水平檢測(cè)
            2.2 豬TNF-α基因不同日齡脾臟組織甲基化水平與mRNA表達(dá)相關(guān)性分析
            2.3 重要轉(zhuǎn)錄因子篩選與確定
        3 討論
全文結(jié)論
文章創(chuàng)新點(diǎn)
文章不足之處及下一步應(yīng)該開展的工作
參考文獻(xiàn)
致謝
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