腸道微生物菌群變化和免疫應答在動物機體生長、發(fā)育過程中發(fā)揮重要的作用,為了系統(tǒng)地揭示豬從初生到成年階段腸道微生物變化以及免疫調控的遺傳基礎和分子機制,本研究以中國地方代表性品種—梅山豬為試驗對象,一方面利用16SrDNA測序技術,并結合OTU分析、物種分類和豐度分析、Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析等一系列生物信息學技術分析了梅山豬在8個不同發(fā)育階段(初生1日齡、7日齡、14日齡、21日齡、28日齡、35日齡、120日齡和180日齡)腸道6個區(qū)段(十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸和直腸)腸道微生物的分布情況;另一方面,利用長鏈非編碼RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)測序分析了以上不同日齡脾臟組織中l(wèi)ncRNA和mRNA表達水平,并通過加權基因共表達網絡(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA)篩選重要的lncRNA、免疫調控通路以及功能基因,在此基礎上利用qPCR分析免疫調控通路中相關基因在不同生長發(fā)育階段梅山豬免疫和腸道組織中的表達水平,其次結合cis和trans機制預測其 lncRNA ...

【文章頁數(shù)】：124 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
符號說明
第一章 文獻綜述
    1 腸道微生物研究進展與概況
        1.1 腸道微生物的作用
        1.2 分子生物學技術在腸道微生物群落結構分析中的應用
        1.3 哺乳動物不同發(fā)育時期腸道微生物組成變化情況
    2 免疫應答與調控
        2.1 免疫應答概述
        2.2 腸道微生物對免疫應答的調控
    3 RNA-seq測序
        3.1 長鏈非編碼RNA測序(long noncoding RNAs,lncRNAs)
        3.2 轉錄組測序
        3.3 WGCNA共表達調控網絡
    4 本研究的目的和意義
第二章 梅山豬不同發(fā)育時期腸道微生物變化分析
    1 材料與方法
        1.1 試驗動物
        1.2 腸道微生物16S rDNA測序
    2 結果與分析
        2.1 16S rDNA測序和OTU分析
        2.2 腸道微生物在不同腸段中的分布
        2.3 腸道微生物在6個腸段8個時間點的動態(tài)規(guī)律分析
        2.4 在早期生長階段大腸和小腸中優(yōu)勢菌的時間變化規(guī)律
        2.5 日糧相關菌在早期生長發(fā)育階段不同腸道中的變化
        2.6 免疫相關菌在早期生長發(fā)育階段不同腸段中的變化
    3 討論
第三章 梅山豬不同發(fā)育時期免疫調控的遺傳基礎和分子機制
    第一節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時期脾臟組織長鏈非編碼RNA測序
        1 材料與方法
            1.1 試驗動物
            1.2 文庫建立
            1.3 測序數(shù)據(jù)分析
        2 結果與分析
            2.1 lncRNA測序數(shù)據(jù)質量評估
            2.2 長鏈非編碼RNA過濾與篩選
            2.3 轉錄本(lncRNA和mRNA)表達量分析
            2.4 加權基因共表達網絡WGCNA分析
        3 討論
    第二節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時期免疫相關基因表達規(guī)律分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗材料
            1.2 試驗儀器和試劑
            1.3 引物設計
            1.4 提取各組織總RNA
            1.5 實時熒光定量PCR
            1.6 數(shù)據(jù)處理與分析
        2 結果與分析
            2.1 總RNA的純度與完整性
            2.2 熒光定量PCR的擴增曲線與熔解曲線
            2.3 TLR4、TNF-α、 IL-1β和IFN-α基因在豬免疫和腸道組織中的發(fā)育表達模式分析
            2.4 TLR4基因及其下游基因在豬免疫和腸道組織中的相關性分析
        3 討論
    第三節(jié) 梅山豬不同發(fā)育時期脾臟組織TNF-α基因甲基化分析
        1 材料與方法
            1.1 試驗動物
            1.2 豬TNF-α基因CpG區(qū)生物信息學分析
            1.3 豬TNF-α基因啟動子區(qū)雙熒光素酶活性檢測
            1.4 焦磷酸甲基化檢測
            1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        2 結果與分析
            2.1 豬TNF-α基因啟動子區(qū)CpG區(qū)域甲基化水平檢測
            2.2 豬TNF-α基因不同日齡脾臟組織甲基化水平與mRNA表達相關性分析
            2.3 重要轉錄因子篩選與確定
        3 討論
全文結論
文章創(chuàng)新點
文章不足之處及下一步應該開展的工作
參考文獻
致謝
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文目錄



本文編號：3854065