公豬在養(yǎng)豬生產(chǎn)中的重要作用主要體現(xiàn)于其精液品質(zhì)對母豬妊娠率、產(chǎn)仔數(shù)及其后代仔豬生產(chǎn)性能等方面的重要影響,而睪丸組織作為公豬的重要生殖器官,其正常的生長發(fā)育為保證精子生成過程有序進(jìn)行具有重要作用。近年來,研究表明非編碼RNA在雄性動物睪丸組織中廣泛表達(dá)且對精子生成具有重要的調(diào)控作用,但目前鑒定出的豬睪丸組織發(fā)育或精子生成相關(guān)非編碼RNA數(shù)量較少,且作用機(jī)理尚不明確。本論文基于課題組前期研究基礎(chǔ),采用RNA-seq技術(shù)對不同發(fā)育階段的豬睪丸組織進(jìn)行cDNA測序和小RNA測序,以鑒定lncRNA、circRNA和miRNA等非編碼RNA,并在細(xì)胞水平研究其生物學(xué)功能,主要研究結(jié)果如下:(1)本研究以沙子嶺豬睪丸組織為研究對象,分為60日齡、90日齡、120日齡和150日齡4個試驗組,每組3個生物學(xué)重復(fù),以提取的睪丸組織總RNA為模板構(gòu)建了12個cDNA文庫,采用Illumina Hiseq 4000測序平臺進(jìn)行測序,共計獲得164.26 Gb Clean reads,拼接出207,110條轉(zhuǎn)錄本。通過一系列生物信息學(xué)分析,共計鑒定出25,491條蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本、5,032條豬已知的lncRN...

【文章頁數(shù)】：123 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 精子發(fā)生簡述
        1.1.1 精子發(fā)生過程
        1.1.2 精子發(fā)生相關(guān)細(xì)胞的功能作用
    1.2 非編碼RNA分類
    1.3 miRNA生成機(jī)制及研究進(jìn)展
        1.3.1 miRNA產(chǎn)生機(jī)制
        1.3.2 miRNA調(diào)控精子發(fā)生研究進(jìn)展
    1.4 長鏈非編碼RNA生成機(jī)制及研究進(jìn)展
        1.4.1 lncRNA定義、分類及功能
        1.4.2 lncRNA調(diào)控精子發(fā)生的研究進(jìn)展
    1.5 環(huán)狀RNA的生成機(jī)制及功能
    1.6 展望
    1.7 研究目的和意義
第二章 豬睪丸組織發(fā)育過程中l(wèi)ncRNA和 circRNA的鑒定及功能分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 試驗動物和樣品采集
        2.1.2 主要儀器和試劑
        2.1.3 總RNA提取和質(zhì)量檢測
        2.1.4 cDNA文庫構(gòu)建和測序
        2.1.5 測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.1.6 生物信息學(xué)分析
        2.1.7 主要數(shù)據(jù)庫
        2.1.8 逆轉(zhuǎn)錄PCR
        2.1.9 實時熒光定量PCR
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 總RNA質(zhì)量檢測結(jié)果
        2.2.2 RNA-seq測序數(shù)據(jù)總覽
        2.2.3 lncRNA鑒定
        2.2.4 lncRNA的序列特征分析
        2.2.5 差異表達(dá)lncRNA的篩選和驗證及功能預(yù)測
        2.2.6 lncRNA靶基因GO和 KEGG功能分析
        2.2.7 功能特異性的lncRNA篩選
        2.2.8 circRNA的鑒定和驗證
        2.2.9 差異表達(dá)circRNA鑒定及功能分析
    2.3 討論
第三章 豬睪丸組織發(fā)育過程中microRNA鑒定及功能分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 試驗動物和樣品
        3.1.2 主要試劑和儀器
        3.1.3 .總RNA提取和質(zhì)量檢測
        3.1.4 小RNA文庫構(gòu)建和測序
        3.1.5 生物信息學(xué)分析
        3.1.6 實時熒光定量PCR
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 小RNA文庫測序數(shù)據(jù)總覽
        3.2.2 miRNA鑒定及特征分析
        3.2.3 差異表達(dá)miRNA的鑒定和驗證
        3.2.4 miRNA靶基因預(yù)測及功能分析
    3.3 討論
第四章 miR-10b和 miR-362 調(diào)控豬未成熟支持細(xì)胞生長發(fā)育的機(jī)理研究
    4.1 材料與方法
        4.1.1 主要儀器
        4.1.2 主要試劑和耗材
        4.1.3 細(xì)胞及細(xì)胞培養(yǎng)
        4.1.4 雙熒光素酶活性檢測
        4.1.5 細(xì)胞轉(zhuǎn)染
        4.1.6 細(xì)胞周期檢測
        4.1.7 細(xì)胞增殖檢測
        4.1.8 流式細(xì)胞術(shù)檢測細(xì)胞凋亡
        4.1.9 ATP水平檢測
        4.1.10 實時熒光定量PCR
        4.1.11 Western blot
        4.1.12 數(shù)據(jù)統(tǒng)計
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 miR-10b靶向DAZAP1 基因促進(jìn)豬未成熟支持細(xì)胞增殖
        4.2.2 miR-362 靶向RMI1 基因抑制豬未成熟支持細(xì)胞增殖而促進(jìn)其凋亡
    4.3 討論
第五章 結(jié)論
    5.1 主要結(jié)論
    5.2 主要創(chuàng)新點
    5.3 下一步研究工作
參考文獻(xiàn)
附錄
主要英文對照縮略表
致謝
作者簡介



本文編號：3748843