公豬在養(yǎng)豬生產中的重要作用主要體現(xiàn)于其精液品質對母豬妊娠率、產仔數(shù)及其后代仔豬生產性能等方面的重要影響,而睪丸組織作為公豬的重要生殖器官,其正常的生長發(fā)育為保證精子生成過程有序進行具有重要作用。近年來,研究表明非編碼RNA在雄性動物睪丸組織中廣泛表達且對精子生成具有重要的調控作用,但目前鑒定出的豬睪丸組織發(fā)育或精子生成相關非編碼RNA數(shù)量較少,且作用機理尚不明確。本論文基于課題組前期研究基礎,采用RNA-seq技術對不同發(fā)育階段的豬睪丸組織進行cDNA測序和小RNA測序,以鑒定lncRNA、circRNA和miRNA等非編碼RNA,并在細胞水平研究其生物學功能,主要研究結果如下:(1)本研究以沙子嶺豬睪丸組織為研究對象,分為60日齡、90日齡、120日齡和150日齡4個試驗組,每組3個生物學重復,以提取的睪丸組織總RNA為模板構建了12個cDNA文庫,采用Illumina Hiseq 4000測序平臺進行測序,共計獲得164.26 Gb Clean reads,拼接出207,110條轉錄本。通過一系列生物信息學分析,共計鑒定出25,491條蛋白編碼轉錄本、5,032條豬已知的lncRN...

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【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 精子發(fā)生簡述
        1.1.1 精子發(fā)生過程
        1.1.2 精子發(fā)生相關細胞的功能作用
    1.2 非編碼RNA分類
    1.3 miRNA生成機制及研究進展
        1.3.1 miRNA產生機制
        1.3.2 miRNA調控精子發(fā)生研究進展
    1.4 長鏈非編碼RNA生成機制及研究進展
        1.4.1 lncRNA定義、分類及功能
        1.4.2 lncRNA調控精子發(fā)生的研究進展
    1.5 環(huán)狀RNA的生成機制及功能
    1.6 展望
    1.7 研究目的和意義
第二章 豬睪丸組織發(fā)育過程中l(wèi)ncRNA和 circRNA的鑒定及功能分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 試驗動物和樣品采集
        2.1.2 主要儀器和試劑
        2.1.3 總RNA提取和質量檢測
        2.1.4 cDNA文庫構建和測序
        2.1.5 測序原始數(shù)據(jù)質控
        2.1.6 生物信息學分析
        2.1.7 主要數(shù)據(jù)庫
        2.1.8 逆轉錄PCR
        2.1.9 實時熒光定量PCR
    2.2 結果與分析
        2.2.1 總RNA質量檢測結果
        2.2.2 RNA-seq測序數(shù)據(jù)總覽
        2.2.3 lncRNA鑒定
        2.2.4 lncRNA的序列特征分析
        2.2.5 差異表達lncRNA的篩選和驗證及功能預測
        2.2.6 lncRNA靶基因GO和 KEGG功能分析
        2.2.7 功能特異性的lncRNA篩選
        2.2.8 circRNA的鑒定和驗證
        2.2.9 差異表達circRNA鑒定及功能分析
    2.3 討論
第三章 豬睪丸組織發(fā)育過程中microRNA鑒定及功能分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 試驗動物和樣品
        3.1.2 主要試劑和儀器
        3.1.3 .總RNA提取和質量檢測
        3.1.4 小RNA文庫構建和測序
        3.1.5 生物信息學分析
        3.1.6 實時熒光定量PCR
    3.2 結果與分析
        3.2.1 小RNA文庫測序數(shù)據(jù)總覽
        3.2.2 miRNA鑒定及特征分析
        3.2.3 差異表達miRNA的鑒定和驗證
        3.2.4 miRNA靶基因預測及功能分析
    3.3 討論
第四章 miR-10b和 miR-362 調控豬未成熟支持細胞生長發(fā)育的機理研究
    4.1 材料與方法
        4.1.1 主要儀器
        4.1.2 主要試劑和耗材
        4.1.3 細胞及細胞培養(yǎng)
        4.1.4 雙熒光素酶活性檢測
        4.1.5 細胞轉染
        4.1.6 細胞周期檢測
        4.1.7 細胞增殖檢測
        4.1.8 流式細胞術檢測細胞凋亡
        4.1.9 ATP水平檢測
        4.1.10 實時熒光定量PCR
        4.1.11 Western blot
        4.1.12 數(shù)據(jù)統(tǒng)計
    4.2 結果與分析
        4.2.1 miR-10b靶向DAZAP1 基因促進豬未成熟支持細胞增殖
        4.2.2 miR-362 靶向RMI1 基因抑制豬未成熟支持細胞增殖而促進其凋亡
    4.3 討論
第五章 結論
    5.1 主要結論
    5.2 主要創(chuàng)新點
    5.3 下一步研究工作
參考文獻
附錄
主要英文對照縮略表
致謝
作者簡介



本文編號：3748843