發(fā)布時(shí)間：2023-02-14 17:13

　　草魚(Ctenopharyngodon idella)是我國(guó)重要養(yǎng)殖魚類之一,其產(chǎn)量居于我國(guó)乃至世界淡水養(yǎng)殖產(chǎn)量首位。利用草魚高密度遺傳連鎖圖譜進(jìn)行數(shù)量性狀座位(quantitative trait locus,QTL)定位是一種快速、有效地開發(fā)經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)標(biāo)記的方法。草魚首張遺傳連鎖圖譜已于2010年發(fā)表,但關(guān)于草魚經(jīng)濟(jì)性狀QTL精準(zhǔn)定位的工作尚未開展。本研究利用高通量測(cè)序數(shù)據(jù),構(gòu)建了草魚首張高密度遺傳連鎖圖譜,并對(duì)部分生長(zhǎng)性狀和肌肉營(yíng)養(yǎng)成分進(jìn)行QTL定位;利用極端體質(zhì)量個(gè)體進(jìn)行混池轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)體質(zhì)量性狀進(jìn)行初步定位。本研究旨在篩選出草魚生長(zhǎng)性狀和肌肉營(yíng)養(yǎng)成分相關(guān)標(biāo)記和基因,以期為草魚分子標(biāo)記輔助選擇(marker assisted selection,MAS)育種提供參考,主要研究?jī)?nèi)容如下:1.草魚高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建對(duì)草魚F1作圖家系進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組GBS(genotyping by sequencing)測(cè)序,構(gòu)建一張草魚高密度遺傳連鎖圖譜,以期為后續(xù)草魚幼魚經(jīng)濟(jì)性狀QTL精準(zhǔn)定位提供參考。利用自主研發(fā)的12個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)草魚子代家系信息進(jìn)行鑒定,選取家系2(2個(gè)親本,185...

【文章頁數(shù)】：109 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.分子數(shù)量遺傳學(xué)的發(fā)展及應(yīng)用
        1.1 數(shù)量遺傳學(xué)的理論基礎(chǔ)及研究方法
        1.2 分子數(shù)量遺傳學(xué)的發(fā)展與應(yīng)用
    2.主要養(yǎng)殖魚類遺傳連鎖圖譜和QTL定位研究
        2.1 主要養(yǎng)殖魚類遺傳連鎖圖譜
            2.1.1 親本及作圖群體
            2.1.2 作圖方法及軟件
            2.1.3 遺傳標(biāo)記
        2.2 主要養(yǎng)殖魚類QTL定位
            2.2.1 鯉形目
            2.2.2 鱸形目
            2.2.3 鯰形目
            2.2.4 鮭形目
            2.2.5 鰈形目
    3.草魚分子標(biāo)記輔助育種研究進(jìn)展
        3.1 草魚遺傳多樣性研究
        3.2 性狀相關(guān)標(biāo)記篩選
        3.3 鑒定草魚親權(quán)關(guān)系
        3.4 草魚MAS育種展望
第二章 草魚高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建
    1.材料與方法
        1.1 作圖群體
            1.1.1 實(shí)驗(yàn)材料采集
            1.1.2 基因組DNA提取及檢測(cè)
            1.1.3 子代家系信息及性別鑒定
        1.2 文庫(kù)構(gòu)建及高通量測(cè)序
        1.3 數(shù)據(jù)質(zhì)控及SNP分型
            1.3.1 GBS測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
            1.3.2 GBS測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)
            1.3.3 SNP分型及篩選
        1.4 構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜
        1.5 比較基因組學(xué)分析
    2.結(jié)果
        2.1 作圖群體選擇及性別鑒定結(jié)果
        2.2 高通量測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.3 SNP分型及過濾
        2.4 高密度圖譜構(gòu)建
        2.5 基因組整合與比較基因組學(xué)分析
    3.討論
第三章 10 月齡草魚生長(zhǎng)性狀QTL定位
    1.材料與方法
        1.1 生長(zhǎng)數(shù)據(jù)采集
        1.2 生長(zhǎng)數(shù)據(jù)分析
        1.3 草魚高密度圖譜構(gòu)建
        1.4 草魚生長(zhǎng)性狀QTL定位
    2.結(jié)果
        2.1 生長(zhǎng)數(shù)據(jù)正態(tài)分布檢測(cè)
        2.2 草魚幼魚生長(zhǎng)性狀QTL定位
    3.討論
第四章 10 月齡草魚肌肉營(yíng)養(yǎng)成分QTL定位
    1.材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料采集
        1.2 肌肉營(yíng)養(yǎng)成分測(cè)定
        1.3 草魚高密度圖譜構(gòu)建
        1.4 草魚肌肉營(yíng)養(yǎng)成分QTL定位
    2.結(jié)果
        2.1 草魚幼魚肌肉營(yíng)養(yǎng)成分統(tǒng)計(jì)
        2.2 草魚幼魚肌肉營(yíng)養(yǎng)成分QTL定位
    3.討論
第五章 10月齡草魚生長(zhǎng)相關(guān)插入/缺失位點(diǎn)篩選及圖譜定位
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)用魚及基因組DNA提取
        1.2 插入/缺失型位點(diǎn)篩選及在野生個(gè)體中分型
        1.3 插入/缺失型位點(diǎn)在關(guān)聯(lián)分析草魚中分型
        1.4 數(shù)據(jù)處理及與生長(zhǎng)性狀關(guān)聯(lián)分析
        1.5 多態(tài)性位點(diǎn)圖譜定位
    2 結(jié)果
        2.1 插入/缺失型突變位點(diǎn)在野生個(gè)體中多態(tài)性分析
        2.2 插入/缺失型突變位點(diǎn)與草魚幼魚生長(zhǎng)性狀關(guān)聯(lián)分析
            2.2.1 插入/缺失型突變位點(diǎn)在親本中的篩選及分型結(jié)果驗(yàn)證
            2.2.2 7個(gè)插入/缺失型位點(diǎn)的多態(tài)性分析
            2.2.3 7個(gè)插入/缺失型位點(diǎn)與草魚幼魚生長(zhǎng)性狀相關(guān)性分析
        2.3 7個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)圖譜定位
    3.討論
第六章 利用混池轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)挖掘10月齡草魚體質(zhì)量性狀相關(guān)標(biāo)記和基因
    1.材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 總RNA提取、文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序
        1.3 生物信息學(xué)分析
        1.4 BSR-seq關(guān)聯(lián)分析
            1.4.1 SNP calling及過濾
            1.4.2 歐氏距離(Euclidean Distance,ED)計(jì)算
            1.4.3 BSR-seq關(guān)聯(lián)位點(diǎn)分析
            1.4.4 BSR-seq關(guān)聯(lián)基因功能及差異表達(dá)分析
    2.結(jié)果
        2.1 總RNA質(zhì)量檢測(cè)
        2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
        2.3 差異表達(dá)分析
            2.3.1 各轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平比較
            2.3.2 各轉(zhuǎn)錄本差異基因篩選及聚類分析
        2.4 差異功能基因富集分析
        2.5 BSR-seq關(guān)聯(lián)分析
            2.5.1 BSR-seq位點(diǎn)關(guān)聯(lián)
            2.5.2 BSR-seq關(guān)聯(lián)基因功能及差異表達(dá)分析
    3.討論
論文小節(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀博士期間科研成果
致謝



本文編號(hào)：3742680