酸黃瓜（Cucumis hystrix Chakr.,2n=2x=24）隸屬于葫蘆科（Cucurbititaceae）甜瓜屬（Cucumis）黃瓜亞屬（subgenus Cucumis）,是迄今為止發(fā)現(xiàn)的唯一可以與栽培黃瓜（C.sativus）雜交成功的野生種,且與黃瓜具有同一個(gè)祖先,被認(rèn)為是研究甜瓜屬物種起源進(jìn)化以及兩染色體基數(shù)變化關(guān)系的關(guān)鍵物種。酸黃瓜具有抗霜霉病、蔓枯病、枯萎病以及南方根結(jié)線蟲等栽培黃瓜所需的抗性基因,因此是擴(kuò)大黃瓜遺傳基礎(chǔ)的重要種質(zhì)�；蚪M的研究對(duì)于了解一個(gè)物種十分重要,重復(fù)序列是物種基因組的重要組成部分且種類繁多。重復(fù)序列在基因組中進(jìn)化較快,在不同物種間表現(xiàn)出在序列、拷貝數(shù)以及分布的差異,其中串聯(lián)重復(fù)序列經(jīng)常被用于染色體鑒定和核型分析。然而目前對(duì)于酸黃瓜基因組及其重復(fù)序列的研究仍非常有限。本研究利用生物信息學(xué)、熒光原位雜交（fluorescence in situ hybridization,FISH）技術(shù)開展了酸黃瓜基因組重復(fù)序列分析、基因組結(jié)構(gòu)分析以及主要串聯(lián)重復(fù)序列的染色體分布模式和進(jìn)化分析,同時(shí)結(jié)合黃瓜、甜瓜已有的測(cè)序數(shù)據(jù)以及獲得的西印度黃瓜和非洲角黃... 

【文章來(lái)源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：110 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖１－３酸黃瓜植株形態(tài)和果實(shí)圖??

析衛(wèi)星重復(fù)序列的??時(shí)，并不單純參照比對(duì)注釋的結(jié)果，因?yàn)樾l(wèi)星重復(fù)序列在基因組中進(jìn)化較快，若單純??參照比對(duì)注釋的結(jié)果來(lái)識(shí)別就有可能會(huì)遺漏酸黃瓜基Ｗ組特異的ＩＩ星重復(fù)序列。本研??究中衛(wèi)星重復(fù)序列的識(shí)別主要依據(jù)聚類時(shí)的圖形分析，衛(wèi)星重復(fù)序列的讀長(zhǎng)形成的圖??形是？個(gè)典型的圓形或芥星形。除Ｈ星重復(fù)序列的聚類圖形是＿形或者星形外，其它??＋?Ｎ類型的重復(fù)序列也Ｍ現(xiàn)／＋卜彳的聚類閣形。在對(duì)酸黃瓜基因纟丨［重復(fù)序列家族的Ｕｉ??別鑒定中共得到８種不同類型的重復(fù)序列，＿?？類重復(fù)序列的ｐ表閣形如圖２－１所小？?〇??ａｂｅｄ??Ｈ一?．?ｙ?飛??ｃ?ｒ?ｇ?ｈ??ｙ義）廣〇??圖２－１酸黃瓜基因組不同重復(fù)序列類型的代表圖形??（ａ）?ＬＴＲ．Ｇｙｐ吵的代表圖形；（ｂ）?ＬＴＲ．Ｃｏｐ／ｏ?的代表圖形；（ｃ）?ＬＴＲ．Ｇｗ／／＞ｍ？ｖ／ｒ／＾?的代表圖形？．（ｄ）?ＵＮＥ．Ｌ／的??代表圖形：（ｅ）?ＤＮＡ．Ｍ／ＬｆｊＷｗ／）／？的代表圖形：（ｆ）?ＤＮＡ．ｒＡ／ｒ．￡？Ｓｐ／ｗ的代表圖形；（ｇ）?ｒＤＮＡ的代表圖形：??（ｈ?）?Ｓａｔｅｌ丨ｉｔｅ的代炎閣形??Ｆｉｇ．２－１?Ｔｈｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ?ｇｒａｐｈ?ｌａｙｏｕｔｓ?ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ?ｔｏ?ｄｉｆＴｅｒｅｎｔ?ｋｉｎｄｓ?ｏｆ?ｒｅｐｅａｔ?ｆａｍｉｌｉｅｓ?ｉｎ?ｔｈｅ?Ｃ．??ｈｙｓｔｒｉｘ?ｇｅｎｏｍｅ??（ａ）?Ｆｈｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ?ｇｒａｐｈ?ｌａｙｏｕｔ?ｏｆ?ＬＦＲ．Ｇｖ／？５ｖ．?（ｈ）?Ｔｈｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅ?ｇｒａｐｈ?ｌａｙｏｕｔ?ｏｆ?ＬＴＲ．０；／；／？．?（ｃ）?Ｔｈｅ??ｒｅｐｒ

?第二部分研宂報(bào)告?３結(jié)果與分析???Ｉ．ＴＲ．Ｃ?ｕｐｉｕ?／?１１＼?＜?ｕｎｉ?ａ??Ｉ?ＩＫ．（＞＼ｎ＼＼?＿?＇、?／?＿／／、／?／／?ｌ）＼?ｌ?ｌ?＼Ｊ（?Ｉ?ｎ＼ｐｍ??＇、、＼?Ｉ?／?／??？?Ｄ＼?ｌ?＼ｆｌ?Ｕ：．?ＭｕＤＫ??ｒｌ）、Ａ??－Ｓａｔｔ．ｌｌｉＵ－??＾ｉｉｎｐｌｖ?ｒｉ＇ｐｃａｌ??一、??ｌ?ｍｉｉｉｓｓｉｒｉｅｄ??圖２－２酸黃瓜基因組結(jié)構(gòu)??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｇｅｎｏｍｅ?ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｏｆ?Ｃ．?ｈｙｓｔｒｉｘ??３．２酸黃瓜基因組主要串聯(lián)重復(fù)序列的序列組成及染色體分布模式??在對(duì)酸黃瓜基因組重復(fù)序列進(jìn)行基于圖形的聚類分析時(shí)，Ｅ星重復(fù)序列的聚類會(huì)??形成－個(gè)典型的圓形或者星形的閣形。木研究結(jié)合ｃｏｎｔｉｇ的比對(duì)注釋結(jié)果和衛(wèi)星重復(fù)??序列特異的聚類圖形，在酸黃瓜基因組中鑒定出除４５Ｓ?ｒＤＮＡ以外的４個(gè)衛(wèi)星重復(fù)序??列，這４個(gè)重復(fù)序列的聚類圖形及其在基因組中所占的比例如閣２－３所示。??ａ?ｈ?ｃ?＜１??（ｕｌｉｙＳａｌ?１?Ｃ，ｕｈｙＳａｔ２?ＣｕｈｙＳａｔ３?Ｃｕｈｙ５Ｓ??３．０４％?０．５２％?０．０２％?０．２７％??＼、ｒ。?〇ｉ??圖２－３酸黃瓜基因組中４個(gè)主要的串聯(lián)重復(fù)序列的分析??（ａ）?ＣｕｈｙＳａｔ丨的聚類圖形及其基因組占比；（ｂ）?ＣｕｈｙＳａｔ２的聚類圖形及其基因組占比：（ｃ）?ＣｎｈｙＳａｔ３的聚類圖??形及其基因組占比；（ｄ）?Ｃ’ｕｈｙ５Ｓ的聚類圖形及其基因組占比??Ｆｉｇ．２－３?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｆｏｕｒ?ｍａｊｏｒ?ｔａｎｄｅｍ?ｒｅｐｅａｔｓ?ｉｎ?ｔｈｅ?Ｃ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]二倍體野生棉與四倍體栽培棉基于GISH的遺傳關(guān)系分析（英文）[J]. 肖水平,陳宜,柯興盛,王玉紅,王春英,楊磊,劉新穩(wěn),孫亮慶,楊紹群,王坤波,劉方.  棉花學(xué)報(bào). 2017(01)
[2]植物活性長(zhǎng)末端重復(fù)序列反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子研究進(jìn)展[J]. 梁琳琳,周明兵.  生物工程學(xué)報(bào). 2016(04)
[3]甜瓜屬野生種Cucumis hystrix Chakr.胞質(zhì)葡萄糖-6-磷酸脫氫酶基因的克隆與啟動(dòng)子結(jié)構(gòu)分析[J]. 曹明明,吳志明,婁群峰,阮氏清云,陳勁楓.  南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(02)
[4]熒光原位雜交技術(shù)（FISH）及其在植物分子細(xì)胞遺傳學(xué)中的應(yīng)用與展望[J]. 林秀琴,毛鈞,陸鑫,劉新龍,馬麗,蔡青.  甘蔗糖業(yè). 2012(01)
[5]甜瓜屬12份種質(zhì)的核型分析[J]. 成善漢,王吉明,林師森,李春子,候凱騰.  熱帶生物學(xué)報(bào). 2011(03)
[6]利用GISH和C0t-1DNA-FISH對(duì)稻屬B,C,G基因組的比較分析[J]. 覃瑞,馬騫,王德彬,吳綺.  中南民族大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2009(02)
[7]基因組中重復(fù)序列的意義[J]. 艾對(duì)元.  生命的化學(xué). 2008(03)
[8]熒光原位雜交技術(shù)及其在植物研究中的應(yīng)用[J]. 聶谷華,廖亮,向其柏,伍仕林.  西北植物學(xué)報(bào). 2006(12)
[9]植物基因組中的非LTR反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子SINEs和LINEs[J]. 程旭東,凌宏清.  遺傳. 2006(06)
[10]利用水稻C0t-1DNA和基因組DNA對(duì)栽培稻、藥用野生稻和疣粒野生稻基因組的比較分析[J]. 藍(lán)偉偵,何光存,吳士筠,覃瑞.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2006(06)



本文編號(hào)：3094447