本文關鍵詞：管蓋芯片在轉基因和HPV分型檢測中的初步應用

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【摘要】：基因芯片是一種通量高、特異性強的基因水平的檢測平臺,被廣泛應用于雜交測序、基因差異性表達、SNP位點檢測、藥物篩選、疾病診斷等�；蛐酒撵`敏度受到多種因素的影響,要達到提高管蓋芯片靈敏度的要求,必須對管蓋芯片的整個檢測體系進行優(yōu)化。本課題是旨在提高人乳頭瘤病毒分型和轉基因大豆在管蓋芯片上檢測的靈敏度,使其靈敏度達到100copies/μl。本文的研究內容如下：(1)檢測平臺的優(yōu)化,擴增檢測一體化的體系的構建。為了建立擴增檢測一體化的體系,首先針對整個實驗中影響雜交效果三個主要步驟進行了優(yōu)化處理,其包括PCR擴增體系、雜交反應、芯片制備,并且針對HPV擴增的通用引物對不同HPV分型模板的擴增效率不一的情況,增加了幾對具有特異擴增效率較高的引物對。關于PCR擴增體系的優(yōu)化有引物的設計、不對稱PCR擴增的探究。優(yōu)化引物設計是為篩選出擴增特異性最好的PCR擴增產(chǎn)物,提高特異性雜交的的效率；不對稱PCR擴增的探究是為了獲得較多帶熒光標記單鏈靶序列,即增加了雜交反應的待測樣品的量,為雜交反應做了好鋪墊。為了雜交反應擁有較好的雜交效果,對雜交的時間、雜交基底、質控探針濃度進行了優(yōu)化處理,同時為了確保芯片的質量,在芯片上增加了位置質控、雜交質控等。(2)以管蓋芯片為檢測平臺,對轉基因大豆進行檢測。在100個copies/μl下能夠成功的擴增轉基因大豆的MON89788基因、GTS-40-3-2基因、A2704-12基因、A5547-127基因及內標Lectin基因。實驗使用該平臺,對其進行基因檢測,在100個copies/μl下能夠檢測到這個四個基因。轉基因大豆的雜交信號的信噪比值都達到了預期標準要求。(3)以管蓋芯片為檢測平臺,對HPV進行分型檢測。本論文通過使用該平臺能夠在100 copies/μl下,能成功的進行PCR擴增有HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、73、26、53、66、6、11、40、42、43、44、61、70、72、81、83,并能通過雜交進行HPV分型檢測。對HPV16、18、31、33、35、39、40、45、44、61、70、72、81雜交信號進行性噪比評價分析,HPV的性噪比值都在都大約等于1.5,除了HPV45的性噪比較低,HPV的雜交信號的SNR值達到了預期的信噪比要求。
【關鍵詞】：基因芯片 管蓋芯片 人乳頭瘤病毒 轉基因大豆
【學位授予單位】：東南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：Q789;R440
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 緒論9-27
• 1.1 基因芯片技術9
• 1.2 基因芯片技術簡介9-15
• 1.2.1 基因芯片的制備9-10
• 1.2.2 基因芯片技術的檢測原理10-11
• 1.2.3 基因芯片技術的應用及存在的問題11-12
• 1.2.4 點突變及單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測12-13
• 1.2.5 藥物篩選13-15
• 1.3 管蓋芯片15-16
• 1.3.1 管蓋芯片簡介15
• 1.3.2 管蓋芯片應用15-16
• 1.4 轉基因研究進展16-22
• 1.4.1 轉基因簡介16-17
• 1.4.2 轉基因檢測及意義17-21
• 1.4.3 轉基因大豆檢測的研究進展21-22
• 1.5 人乳頭瘤病毒研究進展22-25
• 1.5.1 人乳頭瘤病毒的簡介22-23
• 1.5.2 人乳頭瘤病毒的檢測及意義23-25
• 1.6 本課題研究目的及內容25-27
• 1.6.1 研究目的25
• 1.6.2 研究內容25-27
• 第二章 建立擴增檢測一體化的體系27-40
• 2.1 引言27
• 2.2 實驗材料27-28
• 2.2.1 實驗樣品27
• 2.2.2 實驗試劑27-28
• 2.2.3 實驗儀器28
• 2.3 PCR擴增28-31
• 2.3.1 PCR擴增的引物設計28-29
• 2.3.2 多重PCR擴增29
• 2.3.3 靈敏度擴增優(yōu)化實驗29-31
• 2.3.4 內標引物擴增實驗31
• 2.4 基因芯片的設計、制作及檢測過程中的優(yōu)化31-35
• 2.4.1 探針的設計31-32
• 2.4.2 基因芯片的制備過程32
• 2.4.3 芯片陣列設計32
• 2.4.4 芯片的點樣及處理32-33
• 2.4.5 基因芯片交雜的優(yōu)化33-35
• 2.5 不對稱PCR擴增優(yōu)化35-37
• 2.6 質粒驗證37-38
• 2.6.1 轉基因大豆質粒驗證37-38
• 2.6.2 HPV質粒驗證38
• 2.7 結果與討論38-40
• 第三章 管蓋芯片檢測平臺上的應用40-55
• 3.1 引言40
• 3.2 管蓋芯片與傳統(tǒng)的基因芯片的優(yōu)勢比較40-41
• 3.3 管蓋芯片的制備41
• 3.4 管蓋芯片檢測的技術路線41-42
• 3.5 管蓋芯片在轉基因大豆檢測中的應用42-46
• 3.5.1 實驗材料42-43
• 3.5.2 實驗材料的處理43
• 3.5.3 轉基因大豆的引物及探針43-44
• 3.5.4 實驗過程44-45
• 3.5.5 實驗結果與討論45-46
• 3.6 管蓋芯片在人乳頭瘤病毒分型檢測中的應用46-52
• 3.6.1 實驗材料46-47
• 3.6.2 實驗材料處理及保存47-48
• 3.6.3 人乳頭瘤病毒的引物及探針48-49
• 3.6.4 實驗過程49-50
• 3.6.5 實驗結果與討論50-52
• 3.7 管蓋芯片靈敏性實驗52-53
• 3.7.1 實驗材料52
• 3.7.2 實驗過程52-53
• 3.7.3 實驗結果與討論53
• 3.8 小結53-55
• 第四章 總結與展望55-57
• 4.1 論文工作的主要內容和研究成果55
• 4.2 后續(xù)工作需要解決的問題55-57
• 參考文獻57-63
• 作者簡介63-65
• 致謝65

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本文編號：885200