本文關(guān)鍵詞：管蓋芯片在轉(zhuǎn)基因和HPV分型檢測中的初步應(yīng)用

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【摘要】：基因芯片是一種通量高、特異性強(qiáng)的基因水平的檢測平臺,被廣泛應(yīng)用于雜交測序、基因差異性表達(dá)、SNP位點(diǎn)檢測、藥物篩選、疾病診斷等。基因芯片的靈敏度受到多種因素的影響,要達(dá)到提高管蓋芯片靈敏度的要求,必須對管蓋芯片的整個檢測體系進(jìn)行優(yōu)化。本課題是旨在提高人乳頭瘤病毒分型和轉(zhuǎn)基因大豆在管蓋芯片上檢測的靈敏度,使其靈敏度達(dá)到100copies/μl。本文的研究內(nèi)容如下：(1)檢測平臺的優(yōu)化,擴(kuò)增檢測一體化的體系的構(gòu)建。為了建立擴(kuò)增檢測一體化的體系,首先針對整個實(shí)驗(yàn)中影響雜交效果三個主要步驟進(jìn)行了優(yōu)化處理,其包括PCR擴(kuò)增體系、雜交反應(yīng)、芯片制備,并且針對HPV擴(kuò)增的通用引物對不同HPV分型模板的擴(kuò)增效率不一的情況,增加了幾對具有特異擴(kuò)增效率較高的引物對。關(guān)于PCR擴(kuò)增體系的優(yōu)化有引物的設(shè)計、不對稱PCR擴(kuò)增的探究。優(yōu)化引物設(shè)計是為篩選出擴(kuò)增特異性最好的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,提高特異性雜交的的效率；不對稱PCR擴(kuò)增的探究是為了獲得較多帶熒光標(biāo)記單鏈靶序列,即增加了雜交反應(yīng)的待測樣品的量,為雜交反應(yīng)做了好鋪墊。為了雜交反應(yīng)擁有較好的雜交效果,對雜交的時間、雜交基底、質(zhì)控探針濃度進(jìn)行了優(yōu)化處理,同時為了確保芯片的質(zhì)量,在芯片上增加了位置質(zhì)控、雜交質(zhì)控等。(2)以管蓋芯片為檢測平臺,對轉(zhuǎn)基因大豆進(jìn)行檢測。在100個copies/μl下能夠成功的擴(kuò)增轉(zhuǎn)基因大豆的MON89788基因、GTS-40-3-2基因、A2704-12基因、A5547-127基因及內(nèi)標(biāo)Lectin基因。實(shí)驗(yàn)使用該平臺,對其進(jìn)行基因檢測,在100個copies/μl下能夠檢測到這個四個基因。轉(zhuǎn)基因大豆的雜交信號的信噪比值都達(dá)到了預(yù)期標(biāo)準(zhǔn)要求。(3)以管蓋芯片為檢測平臺,對HPV進(jìn)行分型檢測。本論文通過使用該平臺能夠在100 copies/μl下,能成功的進(jìn)行PCR擴(kuò)增有HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、73、26、53、66、6、11、40、42、43、44、61、70、72、81、83,并能通過雜交進(jìn)行HPV分型檢測。對HPV16、18、31、33、35、39、40、45、44、61、70、72、81雜交信號進(jìn)行性噪比評價分析,HPV的性噪比值都在都大約等于1.5,除了HPV45的性噪比較低,HPV的雜交信號的SNR值達(dá)到了預(yù)期的信噪比要求。
【關(guān)鍵詞】：基因芯片 管蓋芯片 人乳頭瘤病毒 轉(zhuǎn)基因大豆
【學(xué)位授予單位】：東南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：Q789;R440
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 緒論9-27
• 1.1 基因芯片技術(shù)9
• 1.2 基因芯片技術(shù)簡介9-15
• 1.2.1 基因芯片的制備9-10
• 1.2.2 基因芯片技術(shù)的檢測原理10-11
• 1.2.3 基因芯片技術(shù)的應(yīng)用及存在的問題11-12
• 1.2.4 點(diǎn)突變及單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測12-13
• 1.2.5 藥物篩選13-15
• 1.3 管蓋芯片15-16
• 1.3.1 管蓋芯片簡介15
• 1.3.2 管蓋芯片應(yīng)用15-16
• 1.4 轉(zhuǎn)基因研究進(jìn)展16-22
• 1.4.1 轉(zhuǎn)基因簡介16-17
• 1.4.2 轉(zhuǎn)基因檢測及意義17-21
• 1.4.3 轉(zhuǎn)基因大豆檢測的研究進(jìn)展21-22
• 1.5 人乳頭瘤病毒研究進(jìn)展22-25
• 1.5.1 人乳頭瘤病毒的簡介22-23
• 1.5.2 人乳頭瘤病毒的檢測及意義23-25
• 1.6 本課題研究目的及內(nèi)容25-27
• 1.6.1 研究目的25
• 1.6.2 研究內(nèi)容25-27
• 第二章 建立擴(kuò)增檢測一體化的體系27-40
• 2.1 引言27
• 2.2 實(shí)驗(yàn)材料27-28
• 2.2.1 實(shí)驗(yàn)樣品27
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)試劑27-28
• 2.2.3 實(shí)驗(yàn)儀器28
• 2.3 PCR擴(kuò)增28-31
• 2.3.1 PCR擴(kuò)增的引物設(shè)計28-29
• 2.3.2 多重PCR擴(kuò)增29
• 2.3.3 靈敏度擴(kuò)增優(yōu)化實(shí)驗(yàn)29-31
• 2.3.4 內(nèi)標(biāo)引物擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)31
• 2.4 基因芯片的設(shè)計、制作及檢測過程中的優(yōu)化31-35
• 2.4.1 探針的設(shè)計31-32
• 2.4.2 基因芯片的制備過程32
• 2.4.3 芯片陣列設(shè)計32
• 2.4.4 芯片的點(diǎn)樣及處理32-33
• 2.4.5 基因芯片交雜的優(yōu)化33-35
• 2.5 不對稱PCR擴(kuò)增優(yōu)化35-37
• 2.6 質(zhì)粒驗(yàn)證37-38
• 2.6.1 轉(zhuǎn)基因大豆質(zhì)粒驗(yàn)證37-38
• 2.6.2 HPV質(zhì)粒驗(yàn)證38
• 2.7 結(jié)果與討論38-40
• 第三章 管蓋芯片檢測平臺上的應(yīng)用40-55
• 3.1 引言40
• 3.2 管蓋芯片與傳統(tǒng)的基因芯片的優(yōu)勢比較40-41
• 3.3 管蓋芯片的制備41
• 3.4 管蓋芯片檢測的技術(shù)路線41-42
• 3.5 管蓋芯片在轉(zhuǎn)基因大豆檢測中的應(yīng)用42-46
• 3.5.1 實(shí)驗(yàn)材料42-43
• 3.5.2 實(shí)驗(yàn)材料的處理43
• 3.5.3 轉(zhuǎn)基因大豆的引物及探針43-44
• 3.5.4 實(shí)驗(yàn)過程44-45
• 3.5.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論45-46
• 3.6 管蓋芯片在人乳頭瘤病毒分型檢測中的應(yīng)用46-52
• 3.6.1 實(shí)驗(yàn)材料46-47
• 3.6.2 實(shí)驗(yàn)材料處理及保存47-48
• 3.6.3 人乳頭瘤病毒的引物及探針48-49
• 3.6.4 實(shí)驗(yàn)過程49-50
• 3.6.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論50-52
• 3.7 管蓋芯片靈敏性實(shí)驗(yàn)52-53
• 3.7.1 實(shí)驗(yàn)材料52
• 3.7.2 實(shí)驗(yàn)過程52-53
• 3.7.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論53
• 3.8 小結(jié)53-55
• 第四章 總結(jié)與展望55-57
• 4.1 論文工作的主要內(nèi)容和研究成果55
• 4.2 后續(xù)工作需要解決的問題55-57
• 參考文獻(xiàn)57-63
• 作者簡介63-65
• 致謝65

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本文編號：885200