基于貝葉斯累加回歸樹和隨機森林的癲癇個性化治療策略研究
發(fā)布時間:2021-01-12 20:43
我國乃至世界的流行病學(xué)調(diào)查發(fā)現(xiàn),癲癇患病率、發(fā)病率仍居高不下,已成為僅次于頭痛的第二大神經(jīng)系統(tǒng)常見病癥,嚴(yán)重影響了患者的健康以及生活質(zhì)量,給個人、家庭以及社會造成了沉重負(fù)擔(dān)。關(guān)于癲癇的發(fā)作機制尚未完全闡述清楚,目前治療方式以抗癲癇藥物治療為主,但仍有20%~30%的患者治療無效。由于癲癇發(fā)作機制以及藥物作用機制的復(fù)雜性,遺傳因素成為影響用藥療效的重要因素。因此根據(jù)真實情況下用藥效果,基于藥物基因組學(xué),通過個性化用藥療效識別較高治療效果的亞組,以圖更好地控制癲癇發(fā)作。本研究以于臨沂市人民醫(yī)院確診,并長期接受抗癲癇藥物治療的癲癇患者為研究對象,分別研究單用丙戊酸鈉、拉莫三嗪與卡馬西平癲癇患者的治療效果。運用logistic回歸分析篩選與療效有關(guān)的SNP,建立貝葉斯累加回歸樹模型,識別出具有較高治療效果的亞組,使癲癇患者個性化選擇用藥。最后根據(jù)隨機森林模型確定癲癇患者有效用藥劑量。研究結(jié)果:1.單用丙戊酸鈉隊列中共147人,有效者為127人,占比86.39%。最小年齡為3歲,最大為65歲,年齡的中位數(shù)及其四分位數(shù)分別為24歲、16.25歲和37歲;首次發(fā)作年齡最小者為1歲,最大者為64歲,首...
【文章來源】:山東大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:76 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1初篩癲癇病例的清洗整理流程??2.研究方法??2.1病例的隨訪??
?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???原始測序數(shù)據(jù)??Trimmomatic,?FastQC??質(zhì)量控制評估??BWA,?Samtools??參考序列對比??多重引物去重??GATK,?Samtools,?Varscan??深度、覆蓋度^T|?|?SNP分析?1?|?InDel分析??功能注釋/重用數(shù)據(jù)庫注釋/有害性預(yù)測??圖2多重PCR分析流程圖??2.4基因位點篩選條件??(1)哈迪-溫伯格(Hardy-Weinbergequilibrium,H-Wequilibrium)檢驗:哈??迪-溫伯格定律(Hardy-Weinberg?Law)是指在理想狀態(tài)下,各等位基因的頻率在??遺傳中是保持不變的,即基因保持平衡。設(shè)置H-W檢驗i^0.05為篩選界值。??(2)最小等位基因頻率(Minor?Allele?Frequency,MAF):等位基因頻率用來??顯示一個種群中基因的多樣性,等位基因在這個種群中特定基因座中所占的百分??比,而MAF通常是指在特定人群中較為少見的等位基因發(fā)生頻率。設(shè)置??MAF20.05為篩選界值。??(3)位置總深度(PositionDepth,DP):設(shè)定每個SNP位置測序深度DP230??層為篩選界值。??(4)基因檢出率(Gene?Detection?Rate):即(1-未分型樣本數(shù)/總樣本數(shù))??x?100%。設(shè)置基因檢出率295%為篩選界值。??(5?)連鎖不平衡(Linkage?Disequilibrium,?LD)是指在兩個或兩個以上基因座??位的不同等位基因,同時遺傳的幾率高于隨機頻率。也就是說,只要兩個基因不??是獨立地遺傳,就會有某種程度的連鎖。設(shè)置y2<0.8為
?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???2130例癲癇患者????剔除診斷不明確者和不用藥者1015例??1115?例??????剔除用藥不規(guī)范者307例???^?包括:所有藥物合計用藥時間小于365天;??^中間單次停藥時間超過180天;????1?一開始隨訪不用藥且停藥者??808?例??????剔除服藥期間失訪者3例??805例???^剔除腫瘤、腦受傷患者以及酗酒導(dǎo)致癲癇者??^?38例??767例????剔除血樣量不足者165例??602例???^剔除用藥時長不足者和隨訪記錄不詳者142例??w?包括:用藥時長短于兩年;隨訪記錄缺失者??460例??單用丙戊酸鈉時?|單用拉莫三嗪時?|單用卡馬西平時間??間長于1年者?間長于1年者?|?長于1年者??147例?110例?78例??圖3最終進入本研究的癲癇患者篩選過程及結(jié)果??2.丙戊酸鈉隊列的分析結(jié)果??2.1丙戊酸鈉隊列的基本情況??2.1.1丙戊酸鈉隊列患者的人口社會學(xué)特征??納入單用丙戊酸鈉隊列者為147人;颊吣挲g3歲至65歲,中位數(shù)為24??歲,四分位數(shù)(戶25和戶75)分別為16.25和37歲,患者的年齡主要集中在10?30??23??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]癲癇的診斷和治療[J]. 許向軍,周志明. 中華全科醫(yī)學(xué). 2019(10)
[2]腫瘤KRAS基因突變靶向治療研究進展[J]. 姜壯壯,徐婷婷,陶麗,劉延慶. 中國藥理學(xué)通報. 2019(10)
[3]癲癇與抗菌素之間相關(guān)性的研究進展[J]. 李東旭,邱曉維,徐祖才. 中風(fēng)與神經(jīng)疾病雜志. 2018(04)
[4]基因治療:現(xiàn)狀與展望[J]. 王嬙,張琳,陳賽娟. 中國基礎(chǔ)科學(xué). 2017(04)
[5]癲癇的病因及其治療的研究進展[J]. 李巧利,武祺宬,朱文濤,姜嘉. 中國血液流變學(xué)雜志. 2017 (02)
[6]傳統(tǒng)抗癲癇藥物與新抗癲癇藥物對癲癇患者身體成分及脂代謝的影響[J]. 周小龍,張鵬. 實用藥物與臨床. 2017(04)
[7]藥物基因組學(xué)及臨床應(yīng)用進展[J]. 楊兵,李慧博,劉志艷,趙榮生. 臨床藥物治療雜志. 2016(06)
[8]難治性癲癇的原因及治療方法研究進展[J]. 李麗,胡風(fēng)云. 當(dāng)代醫(yī)學(xué). 2016(07)
[9]癲癇發(fā)病機制及治療的研究進展[J]. 邱文娟,胡小偉,張正春. 中華臨床醫(yī)師雜志(電子版). 2014(10)
[10]難治性癲癇術(shù)前評估及外科治療進展[J]. 藍勝勇. 微創(chuàng)醫(yī)學(xué). 2013(02)
碩士論文
[1]基于BART算法的分類問題研究[D]. 鄧興文.華南理工大學(xué) 2014
[2]中國漢族人ABCC2,ABCB1,SCN1A,SCN2A,GABRA1多態(tài)性與耐藥性癲癇的相關(guān)性研究[D]. 曹宇澤.中南大學(xué) 2013
[3]UGT2B7基因多態(tài)性與丙戊酸血藥濃度的相關(guān)性研究[D]. 鄒明.中南大學(xué) 2011
[4]CYP450 3A及其等位基因在體外藥物代謝和藥物相互作用中的對比研究[D]. 李拴美.西北大學(xué) 2009
本文編號:2973513
【文章來源】:山東大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:76 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖1初篩癲癇病例的清洗整理流程??2.研究方法??2.1病例的隨訪??
?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???原始測序數(shù)據(jù)??Trimmomatic,?FastQC??質(zhì)量控制評估??BWA,?Samtools??參考序列對比??多重引物去重??GATK,?Samtools,?Varscan??深度、覆蓋度^T|?|?SNP分析?1?|?InDel分析??功能注釋/重用數(shù)據(jù)庫注釋/有害性預(yù)測??圖2多重PCR分析流程圖??2.4基因位點篩選條件??(1)哈迪-溫伯格(Hardy-Weinbergequilibrium,H-Wequilibrium)檢驗:哈??迪-溫伯格定律(Hardy-Weinberg?Law)是指在理想狀態(tài)下,各等位基因的頻率在??遺傳中是保持不變的,即基因保持平衡。設(shè)置H-W檢驗i^0.05為篩選界值。??(2)最小等位基因頻率(Minor?Allele?Frequency,MAF):等位基因頻率用來??顯示一個種群中基因的多樣性,等位基因在這個種群中特定基因座中所占的百分??比,而MAF通常是指在特定人群中較為少見的等位基因發(fā)生頻率。設(shè)置??MAF20.05為篩選界值。??(3)位置總深度(PositionDepth,DP):設(shè)定每個SNP位置測序深度DP230??層為篩選界值。??(4)基因檢出率(Gene?Detection?Rate):即(1-未分型樣本數(shù)/總樣本數(shù))??x?100%。設(shè)置基因檢出率295%為篩選界值。??(5?)連鎖不平衡(Linkage?Disequilibrium,?LD)是指在兩個或兩個以上基因座??位的不同等位基因,同時遺傳的幾率高于隨機頻率。也就是說,只要兩個基因不??是獨立地遺傳,就會有某種程度的連鎖。設(shè)置y2<0.8為
?山東大學(xué)碩士學(xué)位論文???2130例癲癇患者????剔除診斷不明確者和不用藥者1015例??1115?例??????剔除用藥不規(guī)范者307例???^?包括:所有藥物合計用藥時間小于365天;??^中間單次停藥時間超過180天;????1?一開始隨訪不用藥且停藥者??808?例??????剔除服藥期間失訪者3例??805例???^剔除腫瘤、腦受傷患者以及酗酒導(dǎo)致癲癇者??^?38例??767例????剔除血樣量不足者165例??602例???^剔除用藥時長不足者和隨訪記錄不詳者142例??w?包括:用藥時長短于兩年;隨訪記錄缺失者??460例??單用丙戊酸鈉時?|單用拉莫三嗪時?|單用卡馬西平時間??間長于1年者?間長于1年者?|?長于1年者??147例?110例?78例??圖3最終進入本研究的癲癇患者篩選過程及結(jié)果??2.丙戊酸鈉隊列的分析結(jié)果??2.1丙戊酸鈉隊列的基本情況??2.1.1丙戊酸鈉隊列患者的人口社會學(xué)特征??納入單用丙戊酸鈉隊列者為147人;颊吣挲g3歲至65歲,中位數(shù)為24??歲,四分位數(shù)(戶25和戶75)分別為16.25和37歲,患者的年齡主要集中在10?30??23??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]癲癇的診斷和治療[J]. 許向軍,周志明. 中華全科醫(yī)學(xué). 2019(10)
[2]腫瘤KRAS基因突變靶向治療研究進展[J]. 姜壯壯,徐婷婷,陶麗,劉延慶. 中國藥理學(xué)通報. 2019(10)
[3]癲癇與抗菌素之間相關(guān)性的研究進展[J]. 李東旭,邱曉維,徐祖才. 中風(fēng)與神經(jīng)疾病雜志. 2018(04)
[4]基因治療:現(xiàn)狀與展望[J]. 王嬙,張琳,陳賽娟. 中國基礎(chǔ)科學(xué). 2017(04)
[5]癲癇的病因及其治療的研究進展[J]. 李巧利,武祺宬,朱文濤,姜嘉. 中國血液流變學(xué)雜志. 2017 (02)
[6]傳統(tǒng)抗癲癇藥物與新抗癲癇藥物對癲癇患者身體成分及脂代謝的影響[J]. 周小龍,張鵬. 實用藥物與臨床. 2017(04)
[7]藥物基因組學(xué)及臨床應(yīng)用進展[J]. 楊兵,李慧博,劉志艷,趙榮生. 臨床藥物治療雜志. 2016(06)
[8]難治性癲癇的原因及治療方法研究進展[J]. 李麗,胡風(fēng)云. 當(dāng)代醫(yī)學(xué). 2016(07)
[9]癲癇發(fā)病機制及治療的研究進展[J]. 邱文娟,胡小偉,張正春. 中華臨床醫(yī)師雜志(電子版). 2014(10)
[10]難治性癲癇術(shù)前評估及外科治療進展[J]. 藍勝勇. 微創(chuàng)醫(yī)學(xué). 2013(02)
碩士論文
[1]基于BART算法的分類問題研究[D]. 鄧興文.華南理工大學(xué) 2014
[2]中國漢族人ABCC2,ABCB1,SCN1A,SCN2A,GABRA1多態(tài)性與耐藥性癲癇的相關(guān)性研究[D]. 曹宇澤.中南大學(xué) 2013
[3]UGT2B7基因多態(tài)性與丙戊酸血藥濃度的相關(guān)性研究[D]. 鄒明.中南大學(xué) 2011
[4]CYP450 3A及其等位基因在體外藥物代謝和藥物相互作用中的對比研究[D]. 李拴美.西北大學(xué) 2009
本文編號:2973513
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