藥物重定位研究不僅大大減少了新藥開發(fā)的周期,還降低了經(jīng)濟成本。近年來新藥研發(fā)的經(jīng)濟成本逐年增高,并且失敗的風險越來越大,挖掘已有藥物新的適應(yīng)癥,將藥物重新定位,能夠在一定程度上有效規(guī)避研發(fā)風險、降低研發(fā)成本、加快藥物上市的步伐,從而迅速滿足臨床用藥需求,因而越來越受到醫(yī)藥界的重視。TCGA數(shù)據(jù)庫主要收錄人類各種癌癥的臨床數(shù)據(jù)、基因組變異和mRNA表達等數(shù)據(jù),是癌癥研究者十分重要的數(shù)據(jù)來源;Connectivity Map數(shù)據(jù)庫主要是基于基因表達量的變化來研究藥物、基因和疾病之間的功能聯(lián)系。該數(shù)據(jù)庫包含了1309種小分子藥物處理,5種人類腫瘤細胞系前后的基因芯片數(shù)據(jù);互信息是信息論里一種有用的信息度量,因為基因與基因間具有關(guān)聯(lián)性,采取基于互信息算法的特征基因提取方法可以保留這種關(guān)聯(lián)性。Fold Change是差異表達倍數(shù),對于基因表達數(shù)據(jù)來說,傳統(tǒng)的計算方法是直接通過計算其logFC值來篩選特征基因。本文針對抗癌藥物重定位問題,首先將來源于TCGA數(shù)據(jù)庫的前列腺癌基因表達數(shù)據(jù)和乳腺癌基因表達數(shù)據(jù)進行預處理;然后運用R軟件的互信息算法和Fold Change算法分別對抗前列腺癌和抗乳腺癌藥... 

【文章來源】： 郝逸凡 沈陽師范大學

【文章頁數(shù)】：31 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 引言
    一、藥物重定位的研究現(xiàn)狀及意義
    二、藥物重定位的研究方法
    三、本文研究內(nèi)容
第二章 相關(guān)理論知識基礎(chǔ)
    一、TCGA數(shù)據(jù)庫
    二、Connectivity Map數(shù)據(jù)庫
    三、互信息算法
    四、Fold Change算法
    五、本章小結(jié)
第三章 基于互信息算法的抗癌藥物重定位分析
    一、基于互信息算法的抗前列腺癌藥物重定位分析
    二、基于互信息算法的抗乳腺癌藥物重定位分析
    三、本章小結(jié)
第四章 基于Fold Change算法的抗癌藥物重定位分析
    一、基于Fold Change算法的抗前列腺癌藥物重定位分析
    二、基于Fold Change算法的抗乳腺癌藥物重定位分析
    三、本章小結(jié)
總結(jié)與展望
參考文獻
致謝
個人簡歷及在學期間的研究成果和發(fā)表的學術(shù)論文


【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于TCGA數(shù)據(jù)庫篩選與胃癌預后相關(guān)的差異基因[J]. 田如月,郭水龍,曹邦偉.  臨床和實驗醫(yī)學雜志. 2020(05)
[2]基于最大互信息系數(shù)屬性選擇的冷軋產(chǎn)品機械性能預測[J]. 顏弋凡,安路達,呂志民.  中南大學學報(自然科學版). 2020(01)
[3]網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建技術(shù)在藥物重定位研究中的應(yīng)用[J]. 楊光,海渤煜.  沈陽師范大學學報(自然科學版). 2019(03)
[4]基于熵和Fold Change算法的抗乳腺癌藥物重定位分析[J]. 郝逸凡,楊光.  生物數(shù)學學報. 2019(02)
[5]基于互信息算法的抗前列腺癌藥物重定位分析[J]. 楊光,郝逸凡.  沈陽師范大學學報(自然科學版). 2019(01)
[6]基于互信息和距離相關(guān)性算法的乳腺癌信號轉(zhuǎn)導通路串擾[J]. 仲如星,孔薇.  科學技術(shù)與工程. 2017(29)
[7]基因表達標簽相似性比較的抗輻射藥物重定位研究[J]. 任磊,鄭冰清,曲新艷,楊云,王建平,顏耀東.  臨床藥物治療雜志. 2017(03)
[8]Connectivity map技術(shù)在中藥研究中的應(yīng)用[J]. 張曉芳,康永波,蘇君鴻,孔祥陽.  浙江大學學報(農(nóng)業(yè)與生命科學版). 2016(05)
[9]基于互信息的顯著基因提取及轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[J]. 孔薇,支星,牟曉陽.  計算機應(yīng)用與軟件. 2016(06)
[10]藥物-疾病關(guān)系預測:一種推薦系統(tǒng)模型[J]. 汪浩,王海平,吳信東,劉琦.  中國藥理學通報. 2015(12)

博士論文
[1]基于芯片技術(shù)和CMAP數(shù)據(jù)庫篩選先天性巨結(jié)腸相關(guān)基因及潛在干預分子的研究[D]. 肖尚杰.南方醫(yī)科大學 2016

碩士論文
[1]基于信息測度的輿情情感態(tài)勢模型研究[D]. 錢晨.南京郵電大學 2019
[2]基于改進互信息的醫(yī)學圖像配準方法研究[D]. 劉青芳.山西大學 2010



本文編號：2957439