本文關(guān)鍵詞：豬圓環(huán)病毒2型遺傳進(jìn)化及影響PK15細(xì)胞microRNA差異表達(dá)的研究　出處：《華南農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 豬圓環(huán)病毒 流行病學(xué)調(diào)查 密碼子偏向性 microRNA

【摘要】：豬圓環(huán)病毒(Porcine circovirus,PCV)是一種環(huán)狀、無(wú)囊膜的單股DNA病毒,是目前已知最小的動(dòng)物病毒。豬圓環(huán)病毒病是一種由PCV引起的一種能導(dǎo)致被感染豬產(chǎn)生免疫抑制的高傳染性疾病。該病可引起斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征、豬皮炎腎病綜合征、豬呼吸道疾病綜合征、繁殖障礙等,對(duì)世界養(yǎng)豬業(yè)帶來(lái)極大的危害和巨大的經(jīng)濟(jì)損失。根據(jù)抗原性的不同,可將PCV分為兩個(gè)血清型,其中PCV1對(duì)豬不致病,而PCV2對(duì)豬具有致病性。PCV2感染后還可以破壞動(dòng)物機(jī)體的免疫系統(tǒng),造成嚴(yán)重的免疫抑制,給養(yǎng)豬業(yè)造成嚴(yán)重的威脅和巨大的經(jīng)濟(jì)損失。目前,國(guó)際上將PCV2分為PCV2a、PCV2b和PCV2c三個(gè)主要的基因型。在我國(guó),PCV2a、PCV2b均有流行,其中以PCV2b基因型為主。為了解近幾年P(guān)CV2在廣東省的流行情況以及豬群的感染情況,本研究對(duì)從廣東地區(qū)采集的血清以及疑似斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征病豬的病料進(jìn)行抗體檢測(cè)、抗原檢測(cè)、病毒分離鑒定和遺傳進(jìn)化分析。同時(shí)對(duì)PCV進(jìn)行密碼子偏向性分析,填補(bǔ)了PCV密碼子研究空白。結(jié)果顯示:2013年9月至2015年12月,廣東地區(qū)豬群PCV2血清抗體總陽(yáng)性率為71.89%。成功分離5株P(guān)CV2毒株,5株P(guān)CV2分離株之間的核苷酸同源性在95.2%~99.2%之間,與參考毒株的同源性在94.9%~99.7%之間,并且同源性最高的參考毒株有2013年的廣東分離株、2008年的北京分離株、2005年的山東分離株和2008年的廣西分離株,說明廣東地區(qū)PCV2的遺傳背景來(lái)源相當(dāng)復(fù)雜。通過對(duì)PCV密碼子的偏向性研究發(fā)現(xiàn),在PCV1和PCV2中確實(shí)存在密碼子使用偏向性;PCV的平均有效密碼子數(shù)超過50,說明PCV的密碼子使用偏向性較低;其中PCV1密碼子偏向性中突變壓力比自然選擇發(fā)揮更重要的作用,而對(duì)于PCV2,突變壓力和自然選擇發(fā)揮的作用相當(dāng)。ORF1、ORF2、ORF3能夠在一定程度上促進(jìn)PCV密碼子使用偏向性,并且PCV1的ORF密碼子使用模式與PCV2存在差異。分析PCV密碼子偏向性有利于深入了解病毒的遺傳進(jìn)化方式以及密碼子的使用模式,從而為病毒的防控提供參考。為揭示PCV2感染PK15細(xì)胞后致病機(jī)制,本文利用高通量測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)方法對(duì)PK15細(xì)胞感染PCV2前后microRNA表達(dá)譜進(jìn)行分析研究。差異分析顯示:與對(duì)照組相比,PCV2感染組1.5fold-change顯著差異表達(dá)已知microRNA 18個(gè),其中上調(diào)12個(gè),下調(diào)6個(gè)。新miRNA差異表達(dá)的有8個(gè),其中上調(diào)6個(gè),下調(diào)2個(gè)。通過定量驗(yàn)證和分析,篩選了關(guān)注的10個(gè)已知miRNA。通過互作網(wǎng)絡(luò)分析篩選了重要miRNA:ssc-miR-328;重要基因:ATG和JUN(AP1);重要通路:Toll樣受體信號(hào)通路。發(fā)現(xiàn)了PCV感染細(xì)胞中病毒與先天免疫之間的重要的相互作用,同時(shí)為揭示病毒與宿主相互作用提供了重要的研究材料和數(shù)據(jù)。研究結(jié)果為未來(lái)豬抗病育種奠定分子生物學(xué)基礎(chǔ);對(duì)認(rèn)識(shí)PCV2-宿主相互作用及其相關(guān)治療帶來(lái)新的啟示;有助于發(fā)現(xiàn)新的藥物作用靶標(biāo)或設(shè)計(jì)新的核酸疫苗,為PCV2的有效防治和深入研究提供新的思路。本研究為廣東地區(qū)PCV2的流行變異情況提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù),為PCV的進(jìn)化提供理論參考,同時(shí)為闡明PCV2的感染和致病分子機(jī)制奠定基礎(chǔ),也可為豬抗病育種、對(duì)PCV2的免疫預(yù)防和藥物防治提供潛在的分子標(biāo)記。
[Abstract]:The results showed that PCV2a , PCV2b and PCV2c could be divided into two serotypes : PCV2a , PCV2b and PCV2c . In order to provide a theoretical reference for the development of PCV2 , it is helpful to find new drug action targets or to design new nucleic acid vaccines . It also lays a foundation for the development of PCV2 and lays a foundation for the effective prevention and research of PCV2 . It also provides a theoretical reference for the study of PCV2 infection and pathogenic molecular mechanism , and provides a potential molecular marker for the immune prevention and drug control of PCV2 .

【學(xué)位授予單位】：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S852.651

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本文編號(hào)：1362296