啟動(dòng)子是能夠與RNA聚合酶(RNA polymerase)結(jié)合并起始基因轉(zhuǎn)錄的一段DNA序列,通過與轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor,TF)結(jié)合從而調(diào)控基因的表達(dá)。因此,識(shí)別和分析啟動(dòng)子有助于表觀遺傳研究、通路分析以及基因組的功能注釋等。大腸桿菌(E.coli)是人類基因組計(jì)劃中的模式生物之一,這種模式生物的基因結(jié)構(gòu)與人類基因組相比較為簡(jiǎn)單,在認(rèn)識(shí)基因功能等方面能夠?yàn)槿祟惢蚪M的研究提供幫助,進(jìn)一步推動(dòng)人類基因組計(jì)劃的發(fā)展。因此研究人員通過實(shí)驗(yàn)方法和生物信息學(xué)方法來識(shí)別大腸桿菌和人類啟動(dòng)子,然而實(shí)驗(yàn)的方法需要耗費(fèi)大量的時(shí)間和財(cái)力,因此,更多的研究是通過生物信息學(xué)方法來預(yù)測(cè)啟動(dòng)子。這些預(yù)測(cè)方法中,較多的是對(duì)于大腸桿菌σ⁵⁴及σ⁷⁰啟動(dòng)子的預(yù)測(cè),預(yù)測(cè)σ³⁸啟動(dòng)子的工作較少。由于σ³⁸因子參與細(xì)菌的一般應(yīng)激反應(yīng),對(duì)細(xì)胞所處的環(huán)境變化極為敏感,所以識(shí)別大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子有助于了解細(xì)胞為了克服環(huán)境變化而做出的響應(yīng)。因此,本文提出預(yù)測(cè)模式生物大腸桿菌σ³⁸

【文章頁(yè)數(shù)】：51 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 啟動(dòng)子預(yù)測(cè)的研究現(xiàn)狀
    1.3 論文結(jié)構(gòu)及內(nèi)容
第二章 特征提取與分類預(yù)測(cè)算法
    2.1 引言
    2.2 特征參數(shù)的提取
        2.2.1 k-mer組分信息
        2.2.2 GC含量與CG+GC二聯(lián)體
        2.2.3 堿基距離
        2.2.4 DNA六種結(jié)構(gòu)信息
    2.3 分類算法
        2.3.1 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)
        2.3.2 支持向量機(jī)
    2.4 檢驗(yàn)方法
    2.5 評(píng)價(jià)指標(biāo)
    2.6 小結(jié)
第三章 啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的分析與討論
    3.1 引言
    3.2 數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建
        3.2.1 大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子與非啟動(dòng)子數(shù)據(jù)集
        3.2.2 人類啟動(dòng)子與非啟動(dòng)子數(shù)據(jù)集
    3.3 特征參數(shù)對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的分析
        3.3.1 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.3.2 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)與SVM算法融合對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.3.3 k-mer組分信息對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.3.4 GC含量及CG+GC二聯(lián)體對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.3.5 堿基距離對(duì)大腸桿菌σ³⁸啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
    3.4 特征參數(shù)對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的分析
        3.4.1 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.4.2 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)與SVM算法融合對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.4.3 k-mer組分信息對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.4.4 GC含量及CG+GC二聯(lián)體對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
        3.4.5 堿基距離對(duì)人類啟動(dòng)子預(yù)測(cè)結(jié)果的影響
    3.5 結(jié)果討論
        3.5.1 位置關(guān)聯(lián)打分函數(shù)預(yù)測(cè)大腸桿菌σ³⁸和人類啟動(dòng)子結(jié)果的分析
        3.5.2 最優(yōu)特征融合預(yù)測(cè)大腸桿菌σ³⁸和人類啟動(dòng)子結(jié)果的分析
        3.5.3 與他人結(jié)果的比較
    3.6 小結(jié)
第四章 總結(jié)與展望
    4.1 工作總結(jié)
    4.2 工作展望
參考文獻(xiàn)
致謝
作者攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表和完成的論文目錄



本文編號(hào)：3797003