擬南芥尿苷酸轉(zhuǎn)移酶URT1結(jié)構(gòu)與功能研究
發(fā)布時(shí)間:2023-01-25 22:44
目前已知一百多種轉(zhuǎn)錄后修飾會(huì)影響真核生物RNA命運(yùn),并進(jìn)一步影響轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物功能、定位、穩(wěn)定性等等,與人類多種疾病息息相關(guān)。現(xiàn)在知道廣泛存在修飾的RNA包括rRNAs、tRNAs、snRNA、miRNA等各種非編碼RNA和mRNA等。另外,古細(xì)菌、細(xì)菌和真核生物一樣,也普遍存在mRNA修飾。真核生物中,編碼RNA和非編碼RNA的3’末端不依賴模板添加核苷酸是一種重要的轉(zhuǎn)錄后修飾,根據(jù)添加核苷酸種類的不同分為腺苷酸化,尿苷酸化,胞苷酸化和鳥苷酸化四種。最常見的腺苷酸化的主要功能是導(dǎo)致RNA降解和起始翻譯,而胞苷酸化和鳥苷酸化至今研究較少,對(duì)尿苷酸化的研究近幾年則取得突破性進(jìn)展。RNA 3’端無模板地添加尿苷酸,我們稱為尿苷酸化修飾,有助于調(diào)節(jié)基因表達(dá),例如觸發(fā)RNA降解,促進(jìn)RNA加工或保持RNA穩(wěn)定性。幫助完成尿苷酸化修飾的酶稱為末端尿苷酸轉(zhuǎn)移酶(TUTases),屬于DNA聚合酶β超家族,通常由DNA聚合酶β核苷酸轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域(NTD)和poly(A)聚合酶相關(guān)結(jié)構(gòu)域(PAP)共同構(gòu)成。NTD位于蛋白質(zhì)N端,包含三個(gè)保守的天冬氨酸(Asp)或谷氨酸(Glu)螯合二價(jià)金屬離子以完成催化,因...
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
引言
第1章 URT1背景介紹
1.1 RNA
1.1.1 mRNA
1.1.2 短鏈非編碼mRNA
1.2 尿苷酸化(Uridylation)修飾
1.2.1 誘導(dǎo)RNA降解
1.2.2 維持RNA穩(wěn)定性
1.2.3 在免疫防御中的作用
1.3 尿苷酸轉(zhuǎn)移酶(Uridylyltransferases)
1.3.1 粟酒裂殖酵母中的TUTases--Cid1
1.3.2 人源中的TUTases--TUT1、TUT4和TUT7
1.3.3 果蠅中的TUTases--Tailor
1.3.4 擬南芥的TUTases--URT1和HES01
第2章 材料與方法
2.1 蛋白質(zhì)URT1邊界的選擇及克隆方法
2.1.1 邊界的選擇
2.1.2 分子克隆
2.2 蛋白質(zhì)URT1的表達(dá)純化
2.3 蛋白質(zhì)的結(jié)晶與數(shù)據(jù)獲取
2.3.1 蛋白質(zhì)晶體獲取
2.3.2 晶體數(shù)據(jù)獲取
2.4 晶體結(jié)構(gòu)解析
2.5 酶活功能——EMSA實(shí)驗(yàn)
第3章 URT1結(jié)構(gòu)和功能
3.1 擬南芥蛋白質(zhì)URT1邊界的選擇
3.2 擬南芥蛋白質(zhì)URT1截短邊界表達(dá)
3.3 擬南芥蛋白質(zhì)URT1與底物RNA相互作用
3.4 擬南芥蛋白質(zhì)URT1單體結(jié)構(gòu)
3.5 擬南芥蛋白質(zhì)URT1與同源蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較
3.6 URT1-UTP結(jié)構(gòu)及相互作用分析
3.7 URT1-AAAU結(jié)構(gòu)及相互作用分析(未發(fā)表)
3.7.1 URT1-AAAU復(fù)合物結(jié)構(gòu)
3.7.2 URT1與AAAU相互作用
3.8 缺陷與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與取得的其他研究成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Uridylation and adenylation of RNAs[J]. SONG JianBo,SONG Jun,MO BeiXin,CHEN XueMei. Science China(Life Sciences). 2015(11)
本文編號(hào):3731877
【文章頁(yè)數(shù)】:73 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
引言
第1章 URT1背景介紹
1.1 RNA
1.1.1 mRNA
1.1.2 短鏈非編碼mRNA
1.2 尿苷酸化(Uridylation)修飾
1.2.1 誘導(dǎo)RNA降解
1.2.2 維持RNA穩(wěn)定性
1.2.3 在免疫防御中的作用
1.3 尿苷酸轉(zhuǎn)移酶(Uridylyltransferases)
1.3.1 粟酒裂殖酵母中的TUTases--Cid1
1.3.2 人源中的TUTases--TUT1、TUT4和TUT7
1.3.3 果蠅中的TUTases--Tailor
1.3.4 擬南芥的TUTases--URT1和HES01
第2章 材料與方法
2.1 蛋白質(zhì)URT1邊界的選擇及克隆方法
2.1.1 邊界的選擇
2.1.2 分子克隆
2.2 蛋白質(zhì)URT1的表達(dá)純化
2.3 蛋白質(zhì)的結(jié)晶與數(shù)據(jù)獲取
2.3.1 蛋白質(zhì)晶體獲取
2.3.2 晶體數(shù)據(jù)獲取
2.4 晶體結(jié)構(gòu)解析
2.5 酶活功能——EMSA實(shí)驗(yàn)
第3章 URT1結(jié)構(gòu)和功能
3.1 擬南芥蛋白質(zhì)URT1邊界的選擇
3.2 擬南芥蛋白質(zhì)URT1截短邊界表達(dá)
3.3 擬南芥蛋白質(zhì)URT1與底物RNA相互作用
3.4 擬南芥蛋白質(zhì)URT1單體結(jié)構(gòu)
3.5 擬南芥蛋白質(zhì)URT1與同源蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較
3.6 URT1-UTP結(jié)構(gòu)及相互作用分析
3.7 URT1-AAAU結(jié)構(gòu)及相互作用分析(未發(fā)表)
3.7.1 URT1-AAAU復(fù)合物結(jié)構(gòu)
3.7.2 URT1與AAAU相互作用
3.8 缺陷與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與取得的其他研究成果
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Uridylation and adenylation of RNAs[J]. SONG JianBo,SONG Jun,MO BeiXin,CHEN XueMei. Science China(Life Sciences). 2015(11)
本文編號(hào):3731877
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