纖毛蟲原生動物是一類高度分化的單細胞真核生物,分布于幾乎所有生境。許多纖毛蟲的營養(yǎng)細胞可以在惡劣的環(huán)境條件下轉化為包囊細胞來維持生存,這是一種高級的生存策略。迄今為止,對纖毛蟲包囊形成的研究已具有長久的歷史。其中,許多研究報道了包囊形成的誘導因素、形態(tài)結構變化過程以及生理生化變化,但從基因、miRNA和lncRNA分子水平綜合探究纖毛蟲包囊形成的相關機制仍然較少。本研究在前人研究基礎上,選取易培養(yǎng)、繁殖周期短、易感知環(huán)境變化、易形成包囊的冠突尾偽柱蟲（Pseudourostyla cristata）為實驗材料,應用全轉錄組測序（RNA-seq）技術、qRT-PCR技術和生物信息學分析,獲得營養(yǎng)細胞和包囊細胞的全轉錄組學數據,系統地分析比較纖毛蟲包囊形成前后相關基因、miRNA、lncRNA的變化,并提出了調控包囊形成的信號網絡假說。這些結果不僅有助于揭示纖毛蟲包囊形成的分子機制,也為深入了解真核生物抵抗逆境的作用機制提供基礎資料。1.轉錄組測序揭示冠突偽尾柱蟲包囊形成的相關基因及其分子機制本研究利用Illumina HiSeq X Ten測序儀對冠突偽尾柱蟲營養(yǎng)細胞和包囊細胞轉錄組進行... 

【文章頁數】：144 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 原生動物纖毛蟲包囊形成現象簡介
    1.2 纖毛蟲包囊形成相關形態(tài)變化
    1.3 纖毛蟲形成過程中的分子生物學研究
    1.4 高通量測序技術
        1.4.1 轉錄組測序技術
        1.4.2 miRNA測序研究
        1.4.3 lncRNA測序研究
    1.5 本研究的目的與意義
第二章 高通量轉錄組測序揭示冠突偽尾柱蟲包囊形成的相關基因及其分子機制
    2.1 材料
        2.1.1 實驗材料
        2.1.2 主要試劑
        2.1.3 主要儀器和設備
    2.2 實驗方法
        2.2.1 總RNA的提取和轉錄組建庫測序
        2.2.2 原始測序數據質量控制
        2.2.3 轉錄本組裝和功能注釋
        2.2.4 unigene差異表達水平分析
        2.2.5 差異表達unigene的 GO和 KEGG分析
        2.2.6 差異基因的qRT-PCR分析
        2.2.7 SOD和 GPX活性檢測
        2.2.8 數據分析
    2.3 實驗結果
        2.3.1 RNA抽提結果
        2.3.2 原始數據處理檢測結果
        2.3.3 轉錄本組裝結果
        2.3.4 unigene常見功能數據庫注釋
        2.3.5 unigene表達水平分析
        2.3.6 差異表達unigene分析
        2.3.7 差異表達unigene GO富集分析
        2.3.8 差異表達unigene KEGG富集分析
        2.3.9 包囊形成相關信號通路分析
        2.3.10 qRT-PCR驗證
        2.3.11 SOD和 GPX的表達上調增強抗氧化應激
    2.4 討論
第三章 高通量小RNA測序揭示miRNA調控冠突偽尾柱蟲包囊形成的調控機制
    3.1 材料
        3.1.1 實驗材料
        3.1.2 主要試劑
        3.1.3 主要儀器和設備
    3.2 實驗方法
        3.2.1 總RNA的提取
        3.2.2 small RNA庫的構建和測序
        3.2.3 small RNA測序數據預處理
        3.2.4 參考基因組比對率統計
        3.2.5 新miRNA預測
        3.2.6 miRNA的表達分析和差異miRNA的篩選
        3.2.7 差異miRNA靶基因預測及靶基因功能分析
        3.2.8 差異miRNA的 qRT-PCR分析
        3.2.9 數據分析
    3.3 實驗結果
        3.3.1 小RNA測序數據統計分析
        3.3.2 序列比對注釋
        3.3.3 新miRNA預測
        3.3.4 miRNA表達量注釋
        3.3.5 差異表達miRNA分析
        3.3.6 差異miRNA靶基因預測及靶基因GO功能分析
        3.3.7 差異miRNA靶基因KEGG功能分析
        3.3.8 包囊形成相關差異miRNA和其靶基因及信號通路分析
        3.3.9 qRT-PCR驗證
    3.4 討論
第四章 冠突偽尾柱蟲包囊形成相關lncRNA表達譜的鑒定和分析
    4.1 材料
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 主要試劑
        4.1.3 主要儀器和設備
    4.2 實驗方法
        4.2.1 總RNA的提取
        4.2.2 長鏈非編碼RNA(lncRNA)庫的構建和測序
        4.2.3 原始測序數據質量控制
        4.2.4 轉錄本組裝
        4.2.5 lncRNA預測
        4.2.6 lncRNA差異表達水平分析
        4.2.7 差異lncRNA與 mRNA共表達分析
        4.2.8 lncRNA共表達的mRNA GO和 KEGG富集分析
        4.2.9 差異lncRNA的 qRT-PCR驗證
        4.2.10 數據分析
    4.3 實驗結果
        4.3.1 RNA抽提結果
        4.3.2 原始數據處理檢測結果
        4.3.3 lncRNA預測
        4.3.4 lncRNA表達水平分析
        4.3.5 差異表達lncRNA分析
        4.3.6 差異表達lncRNA與 mRNA共表達分析
        4.3.7 差異lncRNA共表達的mRNA GO和 KEGG富集分析結果
        4.3.8 qRT-PCR驗證
    4.4 討論
總結與展望
參考文獻
附錄
致謝
科研成果


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3699213