西太深海海山蛇尾種群遺傳多樣性與線(xiàn)粒體基因組研究
發(fā)布時(shí)間:2022-01-08 02:10
蛇尾屬棘皮動(dòng)物,是海洋中最重要的生物類(lèi)群之一。海山是深海生物棲息地,因生物群落豐富而成為獨(dú)特的生態(tài)系統(tǒng)。人類(lèi)對(duì)于海山生態(tài)系統(tǒng)的兩大關(guān)注點(diǎn)是采礦和漁業(yè)活動(dòng),但這些活動(dòng)對(duì)海山生物群落造成了巨大破壞。本文通過(guò)多分子標(biāo)記,研究西太深海海山蛇尾的遺傳多樣性,從種群棲息地環(huán)境,海山周?chē)暮A鬟\(yùn)動(dòng)情況等解釋種群連通性水平,為研究深海海山區(qū)蛇尾連通性水平提供一定資料。另外,本文通過(guò)獲取海山區(qū)蛇尾線(xiàn)粒體基因組,揭示其基本特征,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),分析了蛇尾遺傳進(jìn)化和分類(lèi)關(guān)系。討論基因重排,利用蛋白編碼基因(PCG)進(jìn)行正選擇分析探討深海海山蛇尾的適應(yīng)性進(jìn)化機(jī)制。本文研究成果有助于了解海山生物群落的進(jìn)化過(guò)程和發(fā)展歷史,對(duì)保護(hù)脆弱的海山生物群落和生態(tài)系統(tǒng)具有重要意義,對(duì)開(kāi)發(fā)、評(píng)估、保護(hù)、管理海山資源提供了重要數(shù)據(jù)支持。保護(hù)磚蛇尾(Ophioplinthaca defensor)種群遺傳多樣性和線(xiàn)粒體基因組研究結(jié)果顯示:(1)維嘉和RC海山O.defensor種群?jiǎn)伪缎投鄻有裕℉d)較高,核苷酸多樣性(π)較低。從空間分布來(lái)看,維嘉海山南側(cè)和西南側(cè)樣本數(shù)和單倍型數(shù)都高于東側(cè)和北側(cè),ROV01的Hd和π最高,ROV...
【文章來(lái)源】:中國(guó)地質(zhì)大學(xué)(北京)北京市 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:96 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
蛇尾在全球的分布(Sthr等,2012)
第一章緒論10量測(cè)序法完成線(xiàn)粒體基因組的測(cè)序,對(duì)線(xiàn)粒體基因組進(jìn)行注釋。對(duì)線(xiàn)粒體基因組的基因圖譜進(jìn)行對(duì)比,對(duì)基因重排類(lèi)型進(jìn)行簡(jiǎn)單描述,利用分支模型、分支-位點(diǎn)模型對(duì)深海蛇尾的潛在正選擇位點(diǎn)進(jìn)行檢驗(yàn),利用Person相關(guān)性檢驗(yàn)正選擇位點(diǎn)和水深之間的相關(guān)性強(qiáng)度。圖1-1技術(shù)路線(xiàn)圖
中國(guó)地質(zhì)大學(xué)(北京)工程碩士學(xué)位論文13蛇尾樣本(圖2-1)。所有蛇尾樣品采集之后保存在90%的酒精當(dāng)中以便后續(xù)分析。采樣站位信息詳見(jiàn)表2-1。用于線(xiàn)粒體基因組分析的4個(gè)蛇尾樣品是用ROVHAIMA和ROVHAILONGIII采集自維嘉、Suda平頂海山,基于形態(tài)學(xué)和分子特征鑒定為Amphiurasp.、Ophiomusiumsp.、Ophiocamaxsp.和Ophiocreassp.(表2-2)。Amphiurasp.和Ophiomusiumsp.保存在90%的酒精中。Ophiocamaxsp.和Ophiocreassp.用液氮速凍后轉(zhuǎn)移到-80℃超低溫冰箱中保存。圖2-1海山采樣站位示意圖表2-1西太海山Ophioplinthacadefensor蛇尾樣品采樣信息匯總航次站位海山日期經(jīng)度(oE)緯度(oN)深度(m)個(gè)體數(shù)量DY35CW-DV81采薇(Caiwei)2014.7.24154.923015.683016601DY41BWJ-ROV01維嘉(Weijia)2017.9.28156.538112.694816708DY41BWJ-ROV04維嘉(Weijia)2017.9.18156.884513.024215714DY41BWJ-ROV05維嘉(Weijia)2017.9.19157.029312.884516431DY41BWJ-ROV06維嘉(Weijia)2017.9.21156.687712.7895193519DY56BG-ROV04巴澤蒂(Batiza)2019.9.11156.540420.015716991DY56RC-ROV06RC*2019.9.17161.753515.529014823DY56RC-ROV07RC*2019.9.19161.794015.495516601CW,采薇平頂海山;WJ,維嘉平頂海山;BG,Batiza平頂海山;RC,RC海山
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]深海海洋生態(tài)系統(tǒng)與海洋生態(tài)保護(hù)區(qū)發(fā)展趨勢(shì)[J]. 謝偉,殷克東. 中國(guó)工程科學(xué). 2019(06)
[2]采薇平頂海山群的多級(jí)山頂平臺(tái)及成因[J]. 張伙帶,姚會(huì)強(qiáng),楊永,張衡. 海洋地質(zhì)與第四紀(jì)地質(zhì). 2018(06)
[3]The first record of Ophioleila elegans (Echinodermata:Ophiuroidea) from a deep-sea seamount in the Northwest Pacific Ocean[J]. ZHANG Dongsheng,LU Bo,WANG Chunsheng,O’HARA Timothy D. Acta Oceanologica Sinica. 2018(10)
[4]簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)及其在海洋生物研究中的應(yīng)用[J]. 邊力,王軍. 廈門(mén)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(01)
[5]南黃海北部晚更新世以來(lái)浮游植物生產(chǎn)力和群落結(jié)構(gòu)變化的生物標(biāo)志物記錄[J]. 梅西,李日輝,張訓(xùn)華. 礦物巖石地球化學(xué)通報(bào). 2015(05)
[6]植物親緣地理學(xué)的研究現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢(shì)[J]. 白偉寧,張大勇. 生命科學(xué). 2014(02)
[7]海山生物多樣性研究進(jìn)展與展望[J]. 張均龍,徐奎棟. 地球科學(xué)進(jìn)展. 2013(11)
[8]棘皮動(dòng)物線(xiàn)粒體基因組的基因重排、分子標(biāo)記及系統(tǒng)發(fā)生分析[J]. 申欣,田美,孟學(xué)平,程漢良,閻斌倫. 海洋學(xué)報(bào)(中文版). 2013(05)
[9]麥哲倫海山鏈漂移史及可能的來(lái)源[J]. 趙俐紅,金翔龍,高金耀,李家彪,初鳳友. 海洋學(xué)報(bào)(中文版). 2010(03)
[10]更新世冰期的全球深海絕滅事件[J]. Bruce W Hayward,周立君. 海洋地質(zhì)動(dòng)態(tài). 2001(10)
碩士論文
[1]我國(guó)東南沿海厚殼貽貝群體遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)研究[D]. 葉瑩瑩.浙江海洋學(xué)院 2012
本文編號(hào):3575696
【文章來(lái)源】:中國(guó)地質(zhì)大學(xué)(北京)北京市 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:96 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
蛇尾在全球的分布(Sthr等,2012)
第一章緒論10量測(cè)序法完成線(xiàn)粒體基因組的測(cè)序,對(duì)線(xiàn)粒體基因組進(jìn)行注釋。對(duì)線(xiàn)粒體基因組的基因圖譜進(jìn)行對(duì)比,對(duì)基因重排類(lèi)型進(jìn)行簡(jiǎn)單描述,利用分支模型、分支-位點(diǎn)模型對(duì)深海蛇尾的潛在正選擇位點(diǎn)進(jìn)行檢驗(yàn),利用Person相關(guān)性檢驗(yàn)正選擇位點(diǎn)和水深之間的相關(guān)性強(qiáng)度。圖1-1技術(shù)路線(xiàn)圖
中國(guó)地質(zhì)大學(xué)(北京)工程碩士學(xué)位論文13蛇尾樣本(圖2-1)。所有蛇尾樣品采集之后保存在90%的酒精當(dāng)中以便后續(xù)分析。采樣站位信息詳見(jiàn)表2-1。用于線(xiàn)粒體基因組分析的4個(gè)蛇尾樣品是用ROVHAIMA和ROVHAILONGIII采集自維嘉、Suda平頂海山,基于形態(tài)學(xué)和分子特征鑒定為Amphiurasp.、Ophiomusiumsp.、Ophiocamaxsp.和Ophiocreassp.(表2-2)。Amphiurasp.和Ophiomusiumsp.保存在90%的酒精中。Ophiocamaxsp.和Ophiocreassp.用液氮速凍后轉(zhuǎn)移到-80℃超低溫冰箱中保存。圖2-1海山采樣站位示意圖表2-1西太海山Ophioplinthacadefensor蛇尾樣品采樣信息匯總航次站位海山日期經(jīng)度(oE)緯度(oN)深度(m)個(gè)體數(shù)量DY35CW-DV81采薇(Caiwei)2014.7.24154.923015.683016601DY41BWJ-ROV01維嘉(Weijia)2017.9.28156.538112.694816708DY41BWJ-ROV04維嘉(Weijia)2017.9.18156.884513.024215714DY41BWJ-ROV05維嘉(Weijia)2017.9.19157.029312.884516431DY41BWJ-ROV06維嘉(Weijia)2017.9.21156.687712.7895193519DY56BG-ROV04巴澤蒂(Batiza)2019.9.11156.540420.015716991DY56RC-ROV06RC*2019.9.17161.753515.529014823DY56RC-ROV07RC*2019.9.19161.794015.495516601CW,采薇平頂海山;WJ,維嘉平頂海山;BG,Batiza平頂海山;RC,RC海山
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]深海海洋生態(tài)系統(tǒng)與海洋生態(tài)保護(hù)區(qū)發(fā)展趨勢(shì)[J]. 謝偉,殷克東. 中國(guó)工程科學(xué). 2019(06)
[2]采薇平頂海山群的多級(jí)山頂平臺(tái)及成因[J]. 張伙帶,姚會(huì)強(qiáng),楊永,張衡. 海洋地質(zhì)與第四紀(jì)地質(zhì). 2018(06)
[3]The first record of Ophioleila elegans (Echinodermata:Ophiuroidea) from a deep-sea seamount in the Northwest Pacific Ocean[J]. ZHANG Dongsheng,LU Bo,WANG Chunsheng,O’HARA Timothy D. Acta Oceanologica Sinica. 2018(10)
[4]簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)及其在海洋生物研究中的應(yīng)用[J]. 邊力,王軍. 廈門(mén)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2017(01)
[5]南黃海北部晚更新世以來(lái)浮游植物生產(chǎn)力和群落結(jié)構(gòu)變化的生物標(biāo)志物記錄[J]. 梅西,李日輝,張訓(xùn)華. 礦物巖石地球化學(xué)通報(bào). 2015(05)
[6]植物親緣地理學(xué)的研究現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢(shì)[J]. 白偉寧,張大勇. 生命科學(xué). 2014(02)
[7]海山生物多樣性研究進(jìn)展與展望[J]. 張均龍,徐奎棟. 地球科學(xué)進(jìn)展. 2013(11)
[8]棘皮動(dòng)物線(xiàn)粒體基因組的基因重排、分子標(biāo)記及系統(tǒng)發(fā)生分析[J]. 申欣,田美,孟學(xué)平,程漢良,閻斌倫. 海洋學(xué)報(bào)(中文版). 2013(05)
[9]麥哲倫海山鏈漂移史及可能的來(lái)源[J]. 趙俐紅,金翔龍,高金耀,李家彪,初鳳友. 海洋學(xué)報(bào)(中文版). 2010(03)
[10]更新世冰期的全球深海絕滅事件[J]. Bruce W Hayward,周立君. 海洋地質(zhì)動(dòng)態(tài). 2001(10)
碩士論文
[1]我國(guó)東南沿海厚殼貽貝群體遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)研究[D]. 葉瑩瑩.浙江海洋學(xué)院 2012
本文編號(hào):3575696
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