簡單重復序列（Simple sequence repeats,SSRs）是一種DNA重復序列,大量存在于真核生物和原核生物的基因組中。分子生物學技術與生物信息學的飛速發(fā)展使得SSRs分子標記成為生態(tài)學應用中最流行,用途最廣泛的標記類型。不僅如此,SSRs在生物生長發(fā)育過程及適應性進化等方面也起到至關重要的作用�；赟SRs的這些特性結合目前已經(jīng)發(fā)布的植物基因組數(shù)據(jù),我們針對目前測序完成的140種植物,利用比較基因組學等生物信息學方法對其基因組SSRs進行了分析,其結果如下。1.植物基因組特征及其與SSRs特征之間的關系目前已測序完成的物種中裸子植物擁有最大的基因組（平均為16,529Mbp）,藻類植物的基因組大小差異最明顯（最大基因組是最小基因組的167倍）。蕨類植物的基因組較小,被子植物中單子葉植物基因組比雙子葉植物基因組大,雙子葉植物類群中不同科之間的基因組也存在一定差異（大小為均值比較）。使用MISA程序總共鑒定出283,867,588個SSRs。結果表明,總體而言基因組大小與SSRs的數(shù)量呈強正相關關系,而與SSRs的密度呈弱負相關關系。藻類植物的SSRs密度差異較大,而在被子... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學山東省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

各組（亞組）代表植物在系統(tǒng)發(fā)育樹中的位置

山東農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文13含有3,202,091個SSRs，其基因組大小為1,650Mbp。排在它之后的兩種物種（分別有3,163,417和3,155,742個SSRs）是蘭科的一種雜交蝴蝶蘭（Phalaenopsishybridcultivar）和錦葵科的海島棉（Gossypiumbarbadense），雜交蝴蝶蘭的基因組大小為2,550Mbp海島棉的基因組大小為2,420Mbp要大于它的基因組，甚至包括SSRs數(shù)量不在前15中的玉米（Zeamays）、林煙草（Nicotianasylvestris）、梵尼蘭（Vanillaplanifolia）、普通煙草（Nicotianaattenuata）的基因組均大于布式輪藻。圖3-2A基因組大小和SSRS數(shù)量之間的關系;B基因組大小和SSRS分布密度之間的關系Fig.3-2ARelationshipbetweengenomesizewithSSRsnumber;BRelationshipbetweengenomesizewithSSRsdensity另一方面，SSRs數(shù)量最少的15種植物中，包括1種苔蘚植物、2種蕨類植物、3種雙子葉植物和9種藻類植物。其中三角褐指藻（Phaeodactylumtricornutum）的SSRs數(shù)量最少，只有18,490個。數(shù)量最少的三種植物均為藻類植物，綠色鞭毛藻（Ostreococcuslucimarinus）SSRs數(shù)量為34,001，膠球藻（Coccomyxasubellipsoidea）SSRs數(shù)量為42,742。我們將SSRs在基因組上的分布做了標準化的統(tǒng)計，分析了SSRs的分布密度（即每Mb基因組中覆蓋的SSRs長度）。與SSRs的豐富度不同，SSRs密度與基因組大小呈弱的負相關關系（r=-0.305,P<0.01）。在基因組較小的情況下，

基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長SSRs潛在功能的初探14SSRs密度的分布較為分散，但是在基因組較大的情況下，密度趨向于變小（圖3-2B）。圖3-3六種分類群中SSRs的分布密度Fig.3-3SSRsdensitiesdistributionofsixgroups藻類植物微茫藻（Micractiniumconductrix）是SSRs分布密度排名最高的植物，其密度為58Kb/Mb即5.8%的基因組被SSRs所覆蓋，然而同樣是SSRs分布數(shù)最低的15

【參考文獻】：
期刊論文
[1]植物基因組測序的研究進展[J]. 陳勇,柳亦松,曾建國.  生命科學研究. 2014(01)
[2]微衛(wèi)星分子標記在昆蟲分子生態(tài)學研究上的應用[J]. 孫荊濤,楊現(xiàn)明,葛成,洪曉月.  南京農(nóng)業(yè)大學學報. 2012(05)
[3]DNA分子標記技術在生態(tài)學研究中的應用[J]. 楊華南,彭光旭,晏毓晨,付秀芹,顏亨梅.  生命科學研究. 2004(S1)



本文編號：3455944