近年來隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展以及一系列基因組計劃的實施,生物信息數(shù)據(jù)呈爆炸式增長,但數(shù)據(jù)本身不代表信息,從大量數(shù)據(jù)中獲取具有生物學意義的信息是生物信息學研究的主要目的。序列比對是比較基因組學中的基本手段與重要方法,它基于生物學中的化學基礎(chǔ)。多序列比對問題是序列比對問題研究中的重要部分,其廣泛應(yīng)用于序列分析、序列注釋、基因和蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能預(yù)測、系統(tǒng)發(fā)生樹分析等領(lǐng)域。多序列比對算法具有很高的專用性,不同的算法適用于不同的研究環(huán)境。目前常用的多序列比對算法是在生物信息學理論的指導下利用多個子算法裝配形成,而現(xiàn)有的研究主要針對特定算法的特定步驟,缺乏領(lǐng)域?qū)哟胃叱橄笮缘乃惴ǹ蚣苎芯?致使多序列比對算法較為繁雜且冗余過大。研究人員對序列比對算法的選擇往往會產(chǎn)生偏差,導致影響后續(xù)的研究工作。隨著多序列比對算法的不斷提出,算法軟件的可維護性和復(fù)用性問題日益顯著,會影響多序列比對算法軟件的開發(fā)效率。基于構(gòu)件的開發(fā)方法應(yīng)用了軟件復(fù)用的思想,可以提高軟件的開發(fā)效率、可靠性以及降低軟件的開發(fā)成本。軟件開發(fā)的核心在于其內(nèi)部算法的開發(fā),軟件構(gòu)件的方法學同樣可應(yīng)用在算法開發(fā)上,進一步可根據(jù)構(gòu)件組裝的形式裝配形成... 

【文章來源】：江西師范大學江西省

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

產(chǎn)生式編程的領(lǐng)域模型組成

工程碩士專業(yè)學位論文14圖2-2FODM建模方法2.3形式化方法和PAR2.3.1形式化方法形式化方法基于嚴格的數(shù)學基礎(chǔ)，采用數(shù)學工具、數(shù)學語義指導幫助計算機軟件的開發(fā)工作，對計算機軟件系統(tǒng)進行形式規(guī)約、開發(fā)和驗證，它的組成部分包括形式規(guī)約語言、形式規(guī)約、形式驗證、形式化工具等[44]。形式化方法的發(fā)展主要包括兩個角度，為程序設(shè)計提供基于數(shù)學的理論支持和為軟件開發(fā)提供無二義性的嚴格質(zhì)量保證[44]。計算機科學之父Turing在1949發(fā)表了一篇題為“Checkingalargeroutine”的論文，他在文中討論了程序的正確性問題。1962年McCarthy在IFIP上演講了“通往計算的數(shù)學科學”，進一步推進了形式語義的研究。1968年和1969年的NATO軟件工程會議先后提出要建立軟件開發(fā)生產(chǎn)的數(shù)學基礎(chǔ)，以及要確立軟件的正確性問題和概念。形式化方法在這樣的歷史背景下，成為了程序設(shè)計和軟件工程中至關(guān)重要的組成部分。國際上對形式化開發(fā)的研究工作產(chǎn)生了多種優(yōu)秀的形式化開發(fā)方法，它們都以形式規(guī)約語言為基礎(chǔ)，包括VDM[45]、Z[46]、B[47]、SOFL[48]等。形式化開發(fā)通過形式規(guī)約語言進行軟件建模并描述軟件期望擁有的性質(zhì)，為開發(fā)人員精化軟件系統(tǒng)提供方法學的支持并指導進行形式規(guī)約的一致性檢查和證明。形式化開發(fā)方法可以通過自頂向下逐步求精的方法進行開發(fā)規(guī)約序列的生成，在完善相應(yīng)的實現(xiàn)細節(jié)后，可以進一步自動生成程序。然而，由于形式化方法對開發(fā)過程及開發(fā)人員的要求過高，其應(yīng)用范圍受到了約束，最終效果及應(yīng)用方式的不確定性使工

PAR的C++生成系統(tǒng)

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3392089