發(fā)布時(shí)間：2021-09-09 12:25

　　近年來隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展以及一系列基因組計(jì)劃的實(shí)施,生物信息數(shù)據(jù)呈爆炸式增長,但數(shù)據(jù)本身不代表信息,從大量數(shù)據(jù)中獲取具有生物學(xué)意義的信息是生物信息學(xué)研究的主要目的。序列比對(duì)是比較基因組學(xué)中的基本手段與重要方法,它基于生物學(xué)中的化學(xué)基礎(chǔ)。多序列比對(duì)問題是序列比對(duì)問題研究中的重要部分,其廣泛應(yīng)用于序列分析、序列注釋、基因和蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能預(yù)測、系統(tǒng)發(fā)生樹分析等領(lǐng)域。多序列比對(duì)算法具有很高的專用性,不同的算法適用于不同的研究環(huán)境。目前常用的多序列比對(duì)算法是在生物信息學(xué)理論的指導(dǎo)下利用多個(gè)子算法裝配形成,而現(xiàn)有的研究主要針對(duì)特定算法的特定步驟,缺乏領(lǐng)域?qū)哟胃叱橄笮缘乃惴ǹ蚣苎芯?致使多序列比對(duì)算法較為繁雜且冗余過大。研究人員對(duì)序列比對(duì)算法的選擇往往會(huì)產(chǎn)生偏差,導(dǎo)致影響后續(xù)的研究工作。隨著多序列比對(duì)算法的不斷提出,算法軟件的可維護(hù)性和復(fù)用性問題日益顯著,會(huì)影響多序列比對(duì)算法軟件的開發(fā)效率�；跇�(gòu)件的開發(fā)方法應(yīng)用了軟件復(fù)用的思想,可以提高軟件的開發(fā)效率、可靠性以及降低軟件的開發(fā)成本。軟件開發(fā)的核心在于其內(nèi)部算法的開發(fā),軟件構(gòu)件的方法學(xué)同樣可應(yīng)用在算法開發(fā)上,進(jìn)一步可根據(jù)構(gòu)件組裝的形式裝配形成... 

【文章來源】：江西師范大學(xué)江西省

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

產(chǎn)生式編程的領(lǐng)域模型組成

工程碩士專業(yè)學(xué)位論文14圖2-2FODM建模方法2.3形式化方法和PAR2.3.1形式化方法形式化方法基于嚴(yán)格的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)，采用數(shù)學(xué)工具、數(shù)學(xué)語義指導(dǎo)幫助計(jì)算機(jī)軟件的開發(fā)工作，對(duì)計(jì)算機(jī)軟件系統(tǒng)進(jìn)行形式規(guī)約、開發(fā)和驗(yàn)證，它的組成部分包括形式規(guī)約語言、形式規(guī)約、形式驗(yàn)證、形式化工具等[44]。形式化方法的發(fā)展主要包括兩個(gè)角度，為程序設(shè)計(jì)提供基于數(shù)學(xué)的理論支持和為軟件開發(fā)提供無二義性的嚴(yán)格質(zhì)量保證[44]。計(jì)算機(jī)科學(xué)之父Turing在1949發(fā)表了一篇題為“Checkingalargeroutine”的論文，他在文中討論了程序的正確性問題。1962年McCarthy在IFIP上演講了“通往計(jì)算的數(shù)學(xué)科學(xué)”，進(jìn)一步推進(jìn)了形式語義的研究。1968年和1969年的NATO軟件工程會(huì)議先后提出要建立軟件開發(fā)生產(chǎn)的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)，以及要確立軟件的正確性問題和概念。形式化方法在這樣的歷史背景下，成為了程序設(shè)計(jì)和軟件工程中至關(guān)重要的組成部分。國際上對(duì)形式化開發(fā)的研究工作產(chǎn)生了多種優(yōu)秀的形式化開發(fā)方法，它們都以形式規(guī)約語言為基礎(chǔ)，包括VDM[45]、Z[46]、B[47]、SOFL[48]等。形式化開發(fā)通過形式規(guī)約語言進(jìn)行軟件建模并描述軟件期望擁有的性質(zhì)，為開發(fā)人員精化軟件系統(tǒng)提供方法學(xué)的支持并指導(dǎo)進(jìn)行形式規(guī)約的一致性檢查和證明。形式化開發(fā)方法可以通過自頂向下逐步求精的方法進(jìn)行開發(fā)規(guī)約序列的生成，在完善相應(yīng)的實(shí)現(xiàn)細(xì)節(jié)后，可以進(jìn)一步自動(dòng)生成程序。然而，由于形式化方法對(duì)開發(fā)過程及開發(fā)人員的要求過高，其應(yīng)用范圍受到了約束，最終效果及應(yīng)用方式的不確定性使工

PAR的C++生成系統(tǒng)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于動(dòng)態(tài)規(guī)劃的雙序列比對(duì)算法構(gòu)件設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[J]. 石海鶴,周衛(wèi)星.  計(jì)算機(jī)研究與發(fā)展. 2019(09)
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[3]基于SP目標(biāo)函數(shù)的多序列比對(duì)參數(shù)改進(jìn)[J]. 李滿枝,王洪濤,龍海俠.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(05)
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[6]第二代測序技術(shù)的發(fā)展及應(yīng)用[J]. 張丁予,章婷曦,王國祥.  環(huán)境科學(xué)與技術(shù). 2016(09)
[7]Transaction在PAR平臺(tái)中的實(shí)現(xiàn)方法及應(yīng)用研究[J]. 朱小征,薛錦云,徐華珍.  計(jì)算機(jī)與數(shù)字工程. 2015(10)
[8]ABC:一種全生命周期軟件體系結(jié)構(gòu)建模方法[J]. 梅宏,黃罡,張路,張偉.  中國科學(xué):信息科學(xué). 2014(05)
[9]基于PAR的軟件服務(wù)外包開發(fā)過程應(yīng)用研究[J]. 吳剛,薛錦云.  計(jì)算機(jī)與現(xiàn)代化. 2013(11)
[10]第三代測序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 張得芳,馬秋月,尹佟明,夏濤.  中國生物工程雜志. 2013(05)

碩士論文
[1]并發(fā)分布式事務(wù)處理機(jī)制在PAR平臺(tái)中的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D]. 夏鯨.江西師范大學(xué) 2018



本文編號(hào)：3392089