遼寧爪鯢（O.zhaoermii）隸屬于兩棲綱（Amphibia）,有尾目（Caudata）,小鯢科（Hynobiidae）,爪鯢屬（Onychodactylus）。遼寧爪鯢是中國(guó)的特有種,只分布于遼寧省鞍山岫巖和遼陽(yáng)市大黑山地區(qū)。本次研究采用簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)采自4個(gè)采樣地點(diǎn)（分別是遼寧岫巖左溝、遼寧岫巖中溝、遼寧大黑山水溝和遼寧大黑山長(zhǎng)嶺子）的16個(gè)遼寧爪鯢進(jìn)行SNP分子標(biāo)記的發(fā)掘,并進(jìn)行群體內(nèi)部遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性分析,為遼寧爪鯢的保護(hù)提供理論依據(jù)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果測(cè)序共獲得高質(zhì)量序列數(shù)據(jù)量為22.3Gb,平均每個(gè)樣本為1.3Gb,經(jīng)過(guò)條件為測(cè)序深度2×、Miss0.5、次要等位基因頻率（MAF）>0.05的過(guò)濾最后獲得的高質(zhì)量SNP位點(diǎn)總數(shù)為18338。對(duì)高質(zhì)量SNP位點(diǎn)進(jìn)行遺傳多樣性研究顯示:遼寧爪鯢的雜合度和核苷酸多樣性平均值Pi分析結(jié)果顯示,遼陽(yáng)大黑山地區(qū)的遺傳多樣性大于遼寧岫巖地區(qū)。并且通過(guò)分子方差計(jì)算可以得到4個(gè)地理單元的群體多態(tài)性均勻,沒(méi)有群體差異,只有個(gè)體間的變異。群體遺傳結(jié)構(gòu)研究顯示:主成分分析PCA結(jié)果顯示四個(gè)地理種群個(gè)體之間沒(méi)有明顯的聚合現(xiàn)象,呈散亂分布;并... 

【文章來(lái)源】：沈陽(yáng)師范大學(xué)遼寧省

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GBS策略（引自張羽等，2019）

基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序遼寧爪鯢（Onychodactyluszhaoermii）群體遺傳學(xué)研究15圖2.1樣本采樣地點(diǎn)圖Figure2.1specieslocalitymap2.1.2實(shí)驗(yàn)試劑2.1.2.1試劑盒基因組DNA提取試劑盒（DP304，天根生化科技（北京）有限公司）；普通DNA產(chǎn)物純化試劑盒（DP204，天根生化科技（北京）有限公司）；普通瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒（DP209，天根生化科技（北京）有限公司）。2.1.2.2電泳試劑DNAMarker500bp分子量標(biāo)記（生工生物工程（上海）股份有限公司）；DNAMarker2000bp分子量標(biāo)記（生工生物工程（上海）股份有限公司）；TE緩沖液（生工生物工程（上海）股份有限公司），用超純水配比例為1：10；瓊脂糖（生工生物工程（上海）股份有限公司）；EB替代品、Loadingbuffer（10×）、雙蒸水。2.1.2.3建庫(kù)試劑

基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序遼寧爪鯢（Onychodactyluszhaoermii）群體遺傳學(xué)研究17要選擇近緣參考基因組做酶切評(píng)估實(shí)驗(yàn)，基于已知的近緣參考基因組的遺傳信息，對(duì)酶切位點(diǎn)信息進(jìn)行模擬，預(yù)測(cè)得到酶切位點(diǎn)的標(biāo)記的數(shù)量，選擇最適合的限制性內(nèi)切酶，將DNA切成300～500bp長(zhǎng)度的限制性內(nèi)切片段，選擇內(nèi)切酶時(shí)兼顧可能得到的標(biāo)記數(shù)量，以及判斷是否可以獲得足夠多的多態(tài)性酶切位點(diǎn)進(jìn)行后期遺傳分析。經(jīng)過(guò)酶切評(píng)估的實(shí)驗(yàn)，我們最后選取了NlaIII和HaeIII兩種酶進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。酶切完成后配置30μL連接體系，從而使酶切產(chǎn)物與barcode接頭能夠有效連接（每個(gè)樣本所用的barcode接頭序列都為GGATGACT，GGCAATCA），連接反應(yīng)完成后，將一定量樣品混合成池后經(jīng)過(guò)試劑盒純化、PCR擴(kuò)增、再純化、文庫(kù)片段檢測(cè)等步驟完成文庫(kù)的構(gòu)建。將檢測(cè)合格的GBS文庫(kù)及親本文庫(kù)樣品利用IlluminaHiSeq測(cè)序平臺(tái)，進(jìn)行雙末端（Paired-End）150測(cè)序，建庫(kù)流程見(jiàn)圖2.2。圖2.2測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建流程Figure2.2Constructionofsequencinglibrary2.2.3上機(jī)測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建完成后放置于帶有冰袋的保溫箱內(nèi)，送至北京諾禾致源生物信息科技有限公司進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序上機(jī)前要進(jìn)行文庫(kù)的檢測(cè)工作，文庫(kù)檢測(cè)的第一步是

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)早熟棉中miRNA的鑒定與分析[J]. 董章輝,朱青竹,趙麗芬,眭書(shū)祥,李增書(shū),張艷麗,王虎,郭永召,姚則羊,趙國(guó)忠.  華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2019(S1)
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碩士論文
[1]中國(guó)分布兩種爪鯢：吉林爪鯢Onychodactylus zhangyapingi和遼寧爪鯢O.zhaoermii的遺傳多樣性研究[D]. 欒東岳.沈陽(yáng)師范大學(xué) 2018
[2]基于下一代測(cè)序的玉米高通量SNP開(kāi)發(fā)及關(guān)聯(lián)分析[D]. 羅昕.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[3]小鯢科動(dòng)物眼睛的形態(tài)學(xué)比較研究[D]. 呂云云.河南科技大學(xué) 2015
[4]基于RAD簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)的13種中國(guó)地方優(yōu)良雞品種SNPs多態(tài)性圖譜構(gòu)建及群體遺傳學(xué)分析[D]. 翟正曉.上海交通大學(xué) 2014
[5]狹域分布的六盤(pán)齒突蟾高度遺傳變異現(xiàn)象分析[D]. 于浩.陜西師范大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3113929