發(fā)布時(shí)間：2021-01-20 05:59

　　隨著CRISRP-Cas技術(shù)的普及,對(duì)CRISPR-Cas起抑制作用的Acr也逐漸得到關(guān)注和研究,以Acr為對(duì)象進(jìn)行研究分析有其重要意義:（1）有研究表明Acr可以有效降低CRISPR-Cas技術(shù)的脫靶效應(yīng),針對(duì)Acr的研究有助于提升CRISPR-Cas技術(shù)的可用性和推廣其應(yīng)用領(lǐng)域。（2）雖然Acr研究較為熱門,但目前已發(fā)現(xiàn)的Acr序列較少�；谝延械臄�(shù)據(jù)分析其特征,這有利于識(shí)別更多其他類型的Acr,無(wú)疑推動(dòng)了對(duì)Acr的基礎(chǔ)研究和應(yīng)用研究。本文研究主要圍繞Acr以及Cas與Acr的關(guān)系進(jìn)行。從文獻(xiàn)數(shù)據(jù)收集開(kāi)始,截止2020年3月,Acr數(shù)據(jù)庫(kù)總共有3627條序列,這包含了69條實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的序列和1253條預(yù)測(cè)序列,剩余的序列是我們基于驗(yàn)證序列同源搜索篩選得到的。這些序列屬于8種不同類型,來(lái)自46個(gè)不同的Acr家族。關(guān)于序列的相關(guān)信息則統(tǒng)計(jì)在6張數(shù)據(jù)表格中,包含了序列編號(hào)、Acr類型、Acr家族以及相關(guān)基因信息和蛋白結(jié)構(gòu)信息等。我們?cè)谶@些數(shù)據(jù)信息的基礎(chǔ)上建立了一個(gè)在線數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站AcrBank（http://cefg.uestc.cn/AcrBank）,該網(wǎng)站主要幫助用戶能深入全面地了解其A... 

【文章來(lái)源】：電子科技大學(xué)四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：52 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

AcrBank數(shù)據(jù)庫(kù)中各類型Acr分布圖

第二章AcrBank數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建13圖2-2AcrBank數(shù)據(jù)庫(kù)中各數(shù)據(jù)表關(guān)聯(lián)圖2.5本章小結(jié)本章節(jié)先描述了從發(fā)現(xiàn)CRISPR系統(tǒng)到應(yīng)用CRISPR-Cas技術(shù)的重要過(guò)程，其中伴隨了CRISPRdb數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。這反映了與CRISPR系統(tǒng)關(guān)系緊密的Acr也會(huì)經(jīng)歷相似的過(guò)程，借此說(shuō)明了Acr為什么成為了研究熱點(diǎn)以及建立在線數(shù)據(jù)庫(kù)的重要性。接著講解了如何查找文獻(xiàn)和收集序列的相關(guān)信息，以及我們構(gòu)建網(wǎng)站所用的語(yǔ)言和技術(shù)。最后描述了數(shù)據(jù)庫(kù)中數(shù)據(jù)是如何存放管理。目前數(shù)據(jù)庫(kù)中除了預(yù)測(cè)Predict序列之外，其他所有序列都有文獻(xiàn)支持，并不是憑空編造，數(shù)據(jù)庫(kù)中不僅存儲(chǔ)了每條序列的基本信息，如Acr類型、家族和序列，還包含了該序列的編碼基因和蛋白結(jié)構(gòu)互作信息等，有助于用戶能更全面系統(tǒng)地了解。該數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站是完全免費(fèi)開(kāi)放，不需要注冊(cè)會(huì)員且支持?jǐn)?shù)據(jù)下載共享，建設(shè)該網(wǎng)站的初衷也是為Acr研究提供數(shù)據(jù)支持，從而更好地推動(dòng)該領(lǐng)域的發(fā)展。

第三章AcrBank網(wǎng)站介紹和使用15圖3-1AcrBank網(wǎng)站Home主頁(yè)3.1.2AcrBank瀏覽頁(yè)面網(wǎng)站的核心內(nèi)容用兩個(gè)頁(yè)面進(jìn)行展示，一個(gè)頁(yè)面是browse預(yù)覽頁(yè)面（具體界面見(jiàn)圖3-2），網(wǎng)址為http://cefg.uestc.cn/AcrBank/browse.php，該頁(yè)面展示的是目前搜集序列的簡(jiǎn)要信息，包括anti-CRISPR編號(hào)、家族、類型、狀態(tài)、物種來(lái)源、評(píng)論描述以及文獻(xiàn)Pubmed號(hào)等，其中狀態(tài)信息有三種，Verified序列是已經(jīng)得到了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，Literature序列是文獻(xiàn)中預(yù)測(cè)了但未得到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，第三種序列標(biāo)為Predict，這是課題組自己預(yù)測(cè)的候選序列，同樣也是沒(méi)有得到實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。我們選數(shù)據(jù)表中第一條序列來(lái)串聯(lián)說(shuō)明以上字段信息，當(dāng)錄入第一條序列，編號(hào)定為anti_CRISPR0001，該序列來(lái)自AcrF1家族，它抑制的CRISPR-Cas系統(tǒng)屬于I-F類型，目前為已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，來(lái)源于假單胞菌噬菌體JBD30菌株，文章評(píng)論該蛋白高效抑制銅綠假單胞菌Ⅰ-F型CRISPR-Cas系統(tǒng)，這篇文章的PMID編號(hào)為23242138。其中anti-CRISPR編號(hào)和文獻(xiàn)Pubmed編號(hào)隱藏了兩個(gè)跳轉(zhuǎn)鏈接，為顯著區(qū)分標(biāo)記其為藍(lán)色，點(diǎn)擊anti-CRISPR編號(hào)會(huì)跳轉(zhuǎn)到序列詳細(xì)信息頁(yè)面，而文獻(xiàn)Pubmed編號(hào)會(huì)跳轉(zhuǎn)到對(duì)應(yīng)文獻(xiàn)網(wǎng)頁(yè)。Acr和數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹導(dǎo)航欄相關(guān)分析工具AcrBank更新日志目前的序列數(shù)量

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]人類基因組計(jì)劃與后基因組時(shí)代[J]. 駱建新,鄭崛村,馬用信,張思仲.  中國(guó)生物工程雜志. 2003(11)



本文編號(hào)：2988518